かなり早い段階から取り組んでおり、かつては1999年（平成11年）からインターネットによるストリーミング配信を行っていたが、著作権関係の問題により休止した。

2005年（平成17年）4月に難聴地域をストリーミング配信によって補うことを目的とした検証実験「サイマルラジオ」を、神奈川県葉山町の湘南ビーチFM・埼玉県鴻巣市のフラワーラジオとともに開始したが、同年10月に配信を停止した。

その後はサイマル放送の環境が整備されるまで、当局のサイマル配信は行われていなかったが、2012年（平成24年）11月9日より『SimulRadio』に復帰し、サイマル放送の配信を再開した。
主な番組

※ 太字は自社制作番組。放送時間はすべてJST（2022年（令和4年）4月現在）。現在放送中の番組

FMいるか朝の歌（毎日 6:55 - 7:00） - 開局時より流れているFMいるかのステーション・ミュージック。作曲は明石隼汰（北海道教育大学函館校出身）。開局当初は7:54:30 - 7:59:30の放送であったが、1994年（平成6年）前後に放送開始時刻が8:00 → 7:00に繰り上げられたのに伴い6:54:30 - 6:59:30の放送となり、数年間の休止（後述）を経て現在の放送時間になる。開局当初 - 2005年（平成17年）4月3日は、曲の後に波の音をバックに局名告知と放送開始アナウンスを行っていた。2005年（平成17年）4月4日の24時間放送開始から数年間は休止していた時期があった[注 5]。また、2018年（平成30年）1月8日 - 2019年（平成31年）3月29日までは月曜日 - 金曜日 6:56 - 7:00枠で『函館讃歌de若返り体操』放送に伴い、平日は6:51 - 6:56に放送していた。

おはようさわやかさん（月曜日 - 金曜日 7:00 - 9:56、生放送） - 2013年（平成25年）4月1日放送開始。当初は月曜日 - 木曜日の放送だったが、2014年度より金曜日に拡大。また、金曜日のみ、7:00 - 11:00に放送されていた時期もあった。

オトノハにのせて（月曜日 - 木曜日 10:00 - 12:55、生放送） - 2018年（平成30年）4月2日放送開始。開局当初からの伝統あるコーナー「人ネットワーク」はこの番組内、毎週月曜・水曜 11:10 - 11:45前後に放送。

Friday Labo（金曜日 10:00 - 12:55、生放送） - 2022年（令和4年）4月1日放送開始。2022年（令和4年）10月より第4金曜は『ウェルネスラボ』として放送。2023年（令和5年）12月より第1金曜は12:00より「北斗市防災ラジオ」の起動試験放送を実施。

函館讃歌de若返り体操（月曜日 - 金曜日 12:55 - 13:00） - 2018年（平成30年）1月8日放送開始。当初は月曜日 - 金曜日 06:56 - 7:00と12:45 - 12:50の1日2回放送だったが、2019年（平成31年）4月より朝枠が廃止され、昼枠のみでの放送（12:45 - 12:50）となり、2020年（令和2年）4月より現在の放送時間となる。2021年（令和3年）7月 - 2022年（令和4年）6月までは『お家でフィットネス』と隔日で放送していた。

ごごたす 1時4時（月曜日 - 木曜日 13:00 - 15:56、生放送） - 2024年（令和6年）4月1日放送開始。パーソナリティ2人による掛け合いトーク番組。

Musik（ムジーク）（月曜日 - 木曜日 16:00 - 16:56） - 2018年（平成30年）4月2日放送開始。ノンストップ・ノンDJの音楽番組。2023年（令和5年）4月7日より金曜日13時台にも拡充されたが、金曜日枠は1年で終了となり、2024年（令和6年）4月5日よりMUSIC BIRD制作『リメンバー・ミュージック（洋楽90?2000年代）』を放送している。

皆方流 THEナイト（月曜日 - 木曜日 17:00 - 20:56、生放送） - 2015年（平成27年）10月5日放送開始。情報・バラエティ・リクエスト番組。なお、20:15 - 20:30前後に放送されている聴取者からのネタ投稿コーナー（月曜日「皆流いちゃもん言っちゃうもん」、火曜日「ありえへんクラブ」、水曜日「皆流5・7・5倶楽部」、木曜「皆方総研」）は2015年（平成27年）9月まで月曜日 - 木曜日午後に放送されていた『ご機嫌レディオ!皆方流』を引き継いでいる。また、水曜日 17:47 - 17:59に「福島和可菜のSmileちょい足し」を放送。また、新型コロナウイルス感染拡大時の特別番組編成では19:56までの短縮版となっていた（その際、ネタ投稿コーナーは19時台に放送）。

スーパー満腹バラエティ 山下家（やましたや）（金曜日 14:00 - 20:56、生放送） - 2024年（令和6年）4月5日放送開始。

パルナッソスの女神たち（土曜日 08:00 - 09:00[注 6]） - 2022年（令和4年）4月2日に放送開始した週末朝のクラシック音楽番組。かつて放送されていた『あなたへの招待席』『アポロンの竪琴』を統合した番組ではあるが、内容的には『アポロンの竪琴』に近い。

コレクト．（土曜日 9:00 - 11:56、生放送） - 2024年（令和6年）4月6日放送開始。タイトルは好きな音楽を「Collect（寄せ集める）」と、答えがひとつとなる「Correct（正解）」の両方の意味を合わせたものとなっている。

はまチャンネル（日曜日 9:00 - 11:56、生放送） - 2022年（令和4年）4月2日放送開始。当初は土曜日 9:00 - 11:56の放送だったが、2024年（令和6年）度より日曜日同時間帯に移動。

GLAYtaste HITS（土曜日 15:00 - 16:00[注 7]） - 「GLAY Special Live 2013 in HAKODATE GLORIOUS MILLION DOLLAR NIGHT」の開催に合わせ、2013年（平成25年）4月6日より放送開始。当初は2013年（平成25年）9月までの放送を予定していたが、好評だったため、2023年（令和5年）現在まで放送を継続。

キャンパスデイズ!（土曜日 12:00 - 15:00、生放送） - 北海道教育大学函館校、函館大谷短期大学、公立はこだて未来大学、北海道大学水産学部、函館工業高等専門学校、函館大学の学生パーソナリティが週替わりで出演。14:45 - 14:56に『天国への手紙』、14:56 - 15:00に『函館200景』を内包している。

函館200景（月曜日 - 木曜日 9:56 - 10:00・15:56 - 16:00・16:56 - 17:00・20:56 - 21:00、金曜日 9:56 - 10:00・13:56 - 14:00・20:56 - 21:00、土曜日・日曜日 14:56 - 15:00） - 函館・道南の素晴らしい風景・名所や旧跡を紹介するミニ番組。また、一時期は聴取者（リスナー）から「お気に入りの200景」を募集していたことがあった。

檜山ラジオ紀行（土曜日・日曜日 11:56 - 12:00） - 檜山地方の名所や旧跡を紹介するミニ番組。『函館200景』の檜山地方版。

大山慎介の「復活」北海道（室蘭まちづくり放送（FMびゅー）制作、土曜日 16:00 - 17:00[注 8]）

過去に放送されていた番組

※ 2023年（令和5年） 3月31日時点。

モーニング・アヴェニュー

モーニングプラザ

おしゃべりラジオラウンジ

いるかの日めくりワイド（月曜日 - 木曜日：10:00 - 11:56）

SKY BALOON

夢中にチューズデイ

Smooth Wednesday

Mr. Hobby Time


夕方ナビゲーション

暮らしつづれおり - 2004年（平成16年）4月 - 2018年（平成30年）3月放送。

金曜特集 - 2004年（平成16年）4月 - 2005年（平成17年）3月放送。


ティーチャールパン&インベのめったにないことがざらにある（土曜夜）

元町倶楽部のじろじろ大学（日曜夜） - 1993年（平成5年）10月 - 2007年（平成19年）3月放送。

ナイト・クルージング・リクエスト（平日：17:00 - 18:00）

HOt MILk HEARt（平日夜）

リクエストパーク・ラジ友（2003年（平成15年）4月 - 2006年（平成18年）3月放送、月曜日 - 木曜日 19:00 - 22:00）

はこだてパワーポケット（土曜日 20:00 - 21:00）

週刊まち日和

トワイライト・スクエア

プレミアム・スタッフ

Smoothie Delight（金曜日 7:00 - 11:00） - 2013年（平成25年）4月5日 - 2014年（平成26年）3月28日放送。

カルデサック?音楽の隠れ家 - 現在でも年末年始特別編成時に『新春カルデサック』として放送している。

くりーん☆ひっと（土曜 9:00 - 11:56） - 2020年（令和2年）4月4日 - 2022年（令和4年）3月26日放送。

Chill Song List（日曜 17:00 - 18:00） - 2020年（令和2年）4月5日 - 2022年（令和4年）3月27日放送。

Golden Beat Pops - 2017年（平成29年）4月7日 - 2023年（令和5年）3月26日放送。

Hello! I am "みか?る"!! - 2018年（平成30年）4月7日 - 2023年（令和5年）3月26日放送。当初は30分番組だったが、2020年（令和2年）4月より1時間番組に拡大。

Daytime Radio - 2015年（平成27年）10月5日 - 2024年（令和6年）3月28日放送。

金曜スクランブル - 2021年（令和3年）4月2日 - 2024年（令和6年）3月29日放送。FMおたるで放送されている同名の番組とは無関係。

WILL - 2019年（平成31年）4月6日 - 2024年（令和6年）3月31日放送。最初の1年間は土曜日・日曜日の放送であったが、2020年（令和2年）度より日曜日のみの放送となった。

Music Junk - 2020年（令和2年）4月4日 - 2024年（令和6年）3月31日放送。

&Saturday - 2023年（令和5年）4月1日 - 2024年（令和6年）3月30日放送。

など多数あり。
共同制作

AM放送のHBCラジオ函館放送局と共同でミニ番組を平日に放送している。

放送時間と番組（月曜日 - 金曜日、両局共通）

12:30 - 12:34：道南街角安全ニュース（函館中央・函館西警察署管内の地域安全ニュース[注 9]）