世界中に幾多も存在する魔導士ギルド。そこは、魔導士達に仕事の仲介などをする組合組織である。立派な魔導士を目指す少女ルーシィは、ひょんなことから火を食べ火を吐き火を纏う滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）ナツと喋る青い猫ハッピーと出会い、彼らの所属するギルド「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」に加入する。王国最強と謳われながらも問題児だらけの「妖精の尻尾」だが、ルーシィはナツとハッピーとチームを組んで様々な依頼に挑んでいく。
鉄の森（アイゼンヴァルト）編（2巻 - 3巻）
闇ギルド「鉄の森（アイゼンヴァルト）」が呪歌（ララバイ）を使って各ギルドマスターの暗殺を企んでいることを知り、ナツ達は「妖精の尻尾」最強の女魔導士であり「妖精女王（ティターニア）」の異名を持つエルザや氷の造形魔導士グレイと共に、その阻止に向かい、最強チームも結成する。
ガルナ島編（4巻 - 6巻）
ナツとハッピーがギルドから勝手に持ち出したS級クエストにより、ガルナ島に行くことになったルーシィ。そこに彼らを止めに来たグレイも成り行きで同行することになり、そこで突如紫色の月により悪魔に変貌した村人達の呪いを解いてほしいという依頼を受けることになる。しかし、島には月の雫（ムーンドリップ）によりグレイと因縁のある悪魔デリオラを復活させようと企む彼の兄弟子リオンがいた。
幽鬼の支配者（ファントムロード）編（6巻 - 9巻）
ガルナ島から帰還した最強チームは、ギルドが「幽鬼の支配者（ファントムロード）」に所属する鉄の滅竜魔導士ガジルによって壊滅状態になった姿を目の当たりにする。それに加え、仲間たちを傷つけられた怒りからナツ達は「幽鬼の支配者」との全面抗争を起こすが、「幽鬼の支配者」マスタージョゼの本当の目的はハートフィリア財閥の令嬢であるルーシィだった。
楽園の塔編（10巻 - 13巻）
ロキの計らいでアカネのリゾートに行くことになったナツ達だが、エルザがかつて奴隷として働かされていた楽園の塔に連れて行かれてしまう。そこでエルザの過去や塔の支配者として君臨するジェラールとの因縁が明かされる。
バトル・オブ・フェアリーテイル編（13巻 - 16巻）
楽園の塔の事件が終わった後、最強チームを待っていたのは改修されたギルドと新たに仲間として加わった元「幽鬼の支配者」のガジルとジュビアの姿だった。しかし、「妖精の尻尾」マスターマカロフの実孫であるラクサスが現状にしびれを切らして、配下の雷神衆と共にギルド最強を決める「バトル・オブ・フェアリーテイル」を開催する。
ニルヴァーナ編（16巻 - 20巻）
バラム同盟の一角である闇ギルド「六魔将軍（オラシオンセイス）」を壊滅させるため、ナツ達は一夜を初めとする「青い天馬（ブルーペガサス）」、聖十大魔道の一人ジュラや改心したリオンをはじめとする「蛇姫の鱗（ラミアスケイル）」、天空の滅竜魔導士ウェンディやハッピーと似た白い猫シャルルが所属する「化猫の宿（ケット・シェルター）」の3つのギルドと共に「連合」を組むことになる。「六魔将軍」はワース樹海に封印された光と闇を入れ替える超反転魔法ニルヴァーナを手に入れて光の世界の崩壊を目論み、彼らの元には楽園の塔の件で生死不明になっていたジェラールの姿もあった。
エドラス編（20巻 - 24巻）
「六魔将軍」の目論見を阻止したナツたちだが、戦いの後にジェラールは評議院に逮捕され、「化猫の宿」を失い行き場を失ったウェンディとシャルルは「妖精の尻尾」に迎え入れられる。しかし、ギルドはナツ、ハッピー、ウェンディ、シャルルを除き、マグノリアと共に突如消滅してしまう。その原因がエクシードであるハッピーとシャルルの故郷・別世界エドラスにあることを知り、ナツたちは仲間を取り戻すためエドラスへ向かう。
天狼島編（24巻 - 30巻）
ナツ達がエドラスから帰還してしばらく経った後、「妖精の尻尾」におけるS級魔導士昇格試験が開かれ、ナツを初めとする8人の参加者が選ばれる。参加者の一人であるカナはある事情からS級魔導士を目指していることをルーシィに明かし、ルーシィもカナをS級魔導士にするためパートナーとして参加することを決める。しかし、試験会場である「妖精の尻尾」の聖地天狼島に何故かナツのことを知る伝説の黒魔導士ゼレフと、彼を狙うバラム同盟の一角「悪魔の心臓（グリモアハート）」が現れる。
大魔闘演武編（31巻 - 40巻）
突如襲撃してきた漆黒の竜アクノロギアによって天狼島は消滅し、ナツ達が行方不明になってから7年の年月が経ったX791年、「妖精の尻尾」は主力メンバーを失って弱体化していた。だが、ナツ達は初代「妖精の尻尾」マスターメイビスが発動した「妖精の球」で歳を取ることなく生存しギルドに復帰し、バトル・オブ・フェアリーテイルで破門されていたラクサスも再びギルドの一員となる。その後、フィオーレ一のギルドを決める大魔闘演武が開かれることを知ったナツ達は「妖精の尻尾」の名声を取り戻すため参加を決める。祭までの3ヶ月の間に7年のブランクを取り戻すため各地で修行に励むが、ナツ達はその最中にウルティア達の手引きで脱獄したジェラールが結成した独立ギルド「魔女の罪（クリムソルシエール）」から毎年大魔闘演武で感じる「ゼレフに似た魔力」の調査を依頼される。大魔闘演武には「青い天馬」や「蛇姫の鱗」をはじめ、「四つ首の番犬（クワトロケルベロス）」「人魚の踵（マーメイドヒール）」「大鴉の尻尾（レイヴンテイル）」、そして二人の滅竜魔導士スティングとローグを有する現フィオーレ最強のギルド「剣咬の虎（セイバートゥース）」が参加する。さらには祭を開催しているフィオーレ王国が裏で建造しているエクリプスやゼレフ、竜といった様々な因縁が絡み合った事態へと発展していく。
冥府の門（タルタロス）編（40巻 - 49巻）
大魔闘演武に優勝してかつての名声を取り戻した「妖精の尻尾」には、仕事の依頼が殺到していた。そんな中、ナツとグレイに聖十大魔道でイシュガルの四天王の一人であるウォーロッドから凍りついた巨人達が住む太陽の村を救ってほしいという依頼が入る。太陽の村の氷を溶かすことに成功したナツ達は、そこで大魔闘演武後のエクリプス騒動で共闘した炎竜アトラスフレイムと再会し、彼から氷の滅悪魔導士（デビルスレイヤー）の存在とゼレフ書最凶最悪の悪魔ENDのことを知る。その後、評議院がゼレフ書の悪魔で構成されたバラム同盟の一角「冥府の門（タルタロス）」に襲撃され、現評議員はおろか元評議員も狙われる事態になってしまう。それに伴い、ラクサスや「雷神衆」も「冥府の門」の襲撃に巻き込まれて重傷を負ってしまい、仇を討つためにナツ達は「冥府の門」との戦いに挑む。その最中で「冥府の門」の目的が評議院が保有する兵器フェイスの封印を解いて大陸中の魔力を消滅させることだと知り、ギルド同士の抗争から魔導士の存亡をかけた戦いに突入する。
黒魔術教団（アヴァタール）編（49巻 - 51巻）
「冥府の門」との戦いが終わった後、ナツはイグニールとの誓いによりさらに強くなるためハッピーと共に1年間の修行の旅に出るが、同時にマカロフから「妖精の尻尾」解散命令が下される。「妖精の尻尾」の解散から1年後のX792年、ルーシィは週刊ソーサラーの見習い編集者として働いていたが、その年の大魔闘演武でナツやハッピーと再会し、「妖精の尻尾」復活のため仲間探しの旅に出る。マーガレットの街で「蛇姫の鱗」に所属していたウェンディやシャルルと合流した後、アメフラシ村で暮らしていたジュビアからグレイが失踪したことを聞き、「剣咬の虎」で彼が所属していると思われるゼレフを信仰する「黒魔術教団（アヴァタール）」の存在を突き止める。
アルバレス帝国編（52巻 - 63巻）
「黒魔術教団」壊滅後、かつてのメンバーが集結し再び「妖精の尻尾」が結成される。ギルド復興中の最中、ナツ達は長年評議院に潜入していたメストから「マカロフを助けてほしい」と頼まれ、彼からマカロフがギルドを解散した理由が「妖精の尻尾」の最高機密であるルーメン・イストワールを狙うアルバレス帝国から自分達を守るためと知る。同時に評議院再結成の時間稼ぎのための交渉でマカロフがアルバレス帝国皇帝スプリガンに会いにアルバレスに渡ったことを聞かされ、ナツ達はマカロフ救出のためにアルバレスへの潜入を決める。一方マカロフはスプリガンと対面するが、その正体はナツとの因縁深き黒魔導士ゼレフだった。潜入の末、マカロフ奪還に成功したナツ達はギルドに帰還し「妖精の尻尾」は完全復活を遂げる。これから侵攻してくるであろうアルバレスに向けて戦うことを決意するが、そこでメイビスが自身とゼレフとの関係、それが切っ掛けで生まれたルーメン・イストワールの正体である秘匿大魔法「妖精の心臓（フェアリーハート）」の秘密を語り始める。さらには双方の戦いを感じ取ったアクノロギアも動き出し、ナツとゼレフ、メイビス、「妖精の尻尾」、アクノロギア、様々な想いが交錯して400年前に起こった最終決戦である竜王祭が再び始まろうとしていた。そしてナツは単身ゼレフとの一騎討ちに挑むが、そこで彼から自らの出自と正体を知らされてしまい、戦争の最中でナツはその運命に立ち向かうことになる。
100 YEARS QUEST
エルミナ編（1巻 - 3巻）
ゼレフとアクノロギア討伐・消滅後、「妖精の尻尾」最強チームメンバー達は北大陸ギルティナの「魔陣の竜（マギア・ドラゴン）」ギルドが発行する「100年クエスト」に乗り出す。ギルドのマスターであるエレフセリアは、ナツ達にアクノロギアに匹敵すると噂されている「五神竜」を征服するように依頼する。ナツを含む最強チームは、水神竜であるメルクフォビアを求めてエルミナの街に移動し、彼を喰うことでメルクフォビアの魔法を手に入れようとする、第五世代の滅竜魔導士ドラゴンイーター達が集まる魔導士ギルド「ディアボロス」のドラゴンイーターの三人組に遭遇する。「ディアボロス」の三人組は、ナツ達を打ち負かし、メルクフォビアを傷つけその力のために白魔導士を標的にすることを計画していた。ブランディッシュ・μの助け借りてルーシィと投獄されたナツ達は、「ディアボロス」を退却させる。その直後、メルクフォビアは自身のコントロールを失い、エルミナを無意識に攻撃し、ナツ達を彼の魔力で圧倒した。一方、ギルドの方では、ジェラールがトウカを白魔導士だと非難するが、ラクサスは彼女を弁護する。「妖精の尻尾」がトウカの身元に疑問を呈し始めると白魔導士は、トウカ内の別の人格であることを明らかにし、ジェラールを攻撃しようとするが、トウカに抑圧されガジルに捕えられた。トウカが「妖精の尻尾」のギルドホールで尋問されている途中、白魔導士が再び眠りから覚め、ギルドホールの全員の魔法を盗む。その頃、エルミナでは、イグニールの実の息子や炎神竜であるイグニアによってメルクフォビアから救出させる事に成功する。イグニアは将来の対決のためにナツを強化するつもりで、ナツを説得して炎神竜の魔力を染み込ませた炎を食べさせた後、自身は飛び去っていった。ナツは一時的な魔力により、メルクフォビアを倒すことが出来たが、暴走しそうになってしまうも、ルーシィがナツを沈静化させた。感覚を取り戻したメルクフォビアは生き残り、彼の敗北によって永久に無力となった人間と化した。こうして、「妖精の尻尾」の使命の一部を果たしたのだ。
ドラシール編（3巻 - 7巻）
エルミナの事件も解決し、水神竜を無事に封印することが出来たナツ一行は木神竜がいると言うドラシールと言う街に向かう。しかし、そこで待っていたのは白魔導士トウカ率いる洗脳された「妖精の尻尾」のメンバーだった。
エレンティア編（8巻 - 10巻）
無事、木神竜を倒したナツ達はドラシールを監視していた街ドラミールで休息を取っていた。白魔導士とエクシードの少女トウカの目覚めを待つナツ達。そんな時、ナツ達の体が光り出し、突如として何処かへ飛ばされてしまう。そこに辿り着いたのは、かつてのエドラスだった。
ディアボロス編（10巻 - 14巻）
エレンティアの大事件を解決させたナツ達は、一度エレフセリアの元へ戻って来るが、ナツ達と敵対している魔導士ギルド「ディアボロス」が、エレフセリアの心臓が眠るドラグ大迷宮に侵入しようとしていた。そこは、六頭目の五神竜が眠る地でもあった。
錬金術師ギルド編（14巻 - ）

登場人物詳細は「妖精の尻尾」および「FAIRY TAILの登場人物」を参照
ナツ・ドラグニル
声 - 柿原徹也、MAKO（少年時代）演 - 宮崎秋人本作の主人公。「火竜（サラマンダー）」の異名を持つ滅竜魔導士で、「妖精の尻尾」一の問題児。
ルーシィ・ハートフィリア
声 - 平野綾演 - 愛加あゆ本作のヒロイン。ハートフィリア財閥の令嬢で星霊魔導士。
ハッピー
声 - 釘宮理恵ナツの相棒で、人間語を話す猫に似たエクシードという生き物。
グレイ・フルバスター
声 - 中村悠一、喜多村英梨（少年時代）演 - 白又敦氷の造形魔導士で、ナツとは喧嘩仲間。
エルザ・スカーレット
声 - 大原さやか、二ノ宮愛子（赤ん坊時代）演 - 佃井皆美「妖精女王（ティターニア）」の異名を持つS級魔導士。
ウェンディ・マーベル
声 - 佐藤聡美演 - 桃瀬美咲天空の滅竜魔導士である幼い少女。
シャルル
声 - 堀江由衣ウェンディの相棒で、ハッピーと同じくエクシード。未来を予知する能力を持つ。
ギルド.mw-parser-output .side-box{margin:4px 0;box-sizing:border-box;border:1px solid #aaa;font-size:88%;line-height:1.25em;background-color:#f9f9f9;display:flow-root}.mw-parser-output .side-box-abovebelow,.mw-parser-output .side-box-text{padding:0.25em 0.9em}.mw-parser-output .side-box-image{padding:2px 0 2px 0.9em;text-align:center}.mw-parser-output .side-box-imageright{padding:2px 0.9em 2px 0;text-align:center}@media(min-width:500px){.mw-parser-output .side-box-flex{display:flex;align-items:center}.mw-parser-output .side-box-text{flex:1}}@media(min-width:720px){.mw-parser-output .side-box{width:238px}.mw-parser-output .side-box-right{clear:right;float:right;margin-left:1em}.mw-parser-output .side-box-left{margin-right:1em}}この項目には、一部のコンピュータや閲覧ソフトで表示できない文字（外伝『FAIRY TAIL ZERO』のOは正確にはスラッシュ付きO）が含まれています（詳細）。