NASAや政府関係者がエリオットの家に拠点を作った後、E.T.を救おうとする役として、USC医療センターに勤務する医師たちが採用された。スピルバーグは、俳優が専門的な医療用語のセリフを演じると不自然になると考えた。そこでスピルバーグは、ポストプロダクションの段階で、ハリソン・フォードがエリオットの学校の校長役で登場するシーンをカットすることにした。ハリソン・フォードは、エリオットの学校の校長として登場し、生物の授業でのエリオットの行動を叱責し、未成年者の飲酒の危険性を警告するシーンだった。その際、E.T.がガーティーと一緒に「電話」機器を浮かせて階段を上っている間に、エリオットの椅子が床から浮かび上がってくるので、彼はびっくりしてしまう。フォードの顔は見ることが出来ない[23]。
撮影

1981年9月、ロサンゼルス郡とサンフェルナンド・バレーの近隣地域で撮影が開始された[24]。このプロジェクトは、スピルバーグが誰かに発見されてプロットを盗用されることを望まなかったため、『A Boy's Life』というカバーネームで撮影された。俳優たちは密室で台本を読み、撮影現場では全員がIDカードを身につけなければならなかった。撮影はカルバーシティ高校での2日間から始まり、スタッフはその後11日間かけてノースリッジとトゥジュンガのロケ地を移動した。次の42日間はカルバーシティのレアード・インターナショナル・スタジオでエリオットの家の内装を撮影した[25]。最後の6日間は北カリフォルニアのクレセントシティ近くのレッドウッドの森で撮影した。ハロウィーンの外壁のシーンと「空飛ぶ自転車」のチェイスシーンはポーターランチで撮影された[26]。

スピルバーグは、キャストから説得力のある感情的な演技を得るために、この映画をほぼ時系列に沿って撮影した。また、子役たちの負担を軽減するためにも行われた。スピルバーグは、子供たちが最後に本当にE.T.に別れを告げるのであれば、この映画はより心に響くだろうと計算した。マイケルがE.T.と初めて出会うシーンでは、E.T.の登場によりマクノートンが飛び退き、後ろの棚を倒してしまった。時系列で撮影することで、若い俳優たちがE.T.との絆を深めることで、隔離されるシーンがより感動的なものになった。スピルバーグは、本物の宇宙人がいるかのような錯覚を維持するために、人形師をセットから遠ざけるようにした。スピルバーグのキャリアの中で初めて、映画のほとんどの部分で絵コンテを描かなかったのは、演技が自然に行われるようにするためだった[24]。この映画は、テックス・アヴェリーのカートゥーンへのオマージュとして、ディー・ウォレス以外の大人は前半では腰から上が見えないように撮影された。

スピルバーグによると、E.T.がエリオットのクローゼットの中でぬいぐるみに変装するシーンは、監督仲間のロバート・ゼメキスがスピルバーグから送られてきた脚本のドラフトを読んで提案したものである[27]。

撮影は、予定より4日早い61日で終了した。
音楽

スピルバーグ監督の長年のパートナーであり、本作の音楽を担当したジョン・ウィリアムズは、このような異形の生物に共感を与えるような音楽を作ることの難しさを語っている。これまでのコラボレーション同様、スピルバーグはウィリアムズが作曲したすべてのテーマを気に入り、収録してもらったという。最後のチェイスの音楽は、スピルバーグが気に入って編集したほどだ[28]。ウィリアムズはモダニズム的なアプローチをとっており、特に多調（2つの異なる鍵盤を同時に演奏したときの音）を用いている。リディア旋法は、多調的な使い方もできる。ウィリアムズは、多調とリディア旋法を組み合わせて、神秘性、夢想性、英雄性を表現した。ハープ、ピアノ、チェレスタなどのキーボードや打楽器などの色彩的な楽器を強調したテーマは、E.T.の子供らしさや彼の「機械」を示唆している[29]。
テーマ

スピルバーグは、この映画のストーリーを両親の離婚から描いた[30]。ワシントン・ポスト紙のゲイリー・アーノルドは、この映画を「本質的にはスピリチュアルな自叙伝であり、並外れて熱烈で神秘的な想像力によって隔てられた典型的な郊外の子供としての映画監督の肖像である」と評している[31]。随所に彼の子供時代への言及が見られる。エリオットはランプの電球に体温計を当てて病気を装うが、これは若き日のスピルバーグがよく使っていたトリックである[32]。マイケルがエリオットをいじめるのは、スピルバーグが妹たちをからかっていたことを反映しているし、マイケルがいじめる側から守る側になるのは、父親が去った後にスピルバーグが妹たちの面倒を見なければならなかったことを反映している。

批評家はE.T.の人生と父親を失って「疎外された」エリオットとの類似性に注目している[33][34]。ニューヨーク・タイムズ紙のA・O・スコットは、E.T.が「より明白で絶望的な孤児である」のに対し、エリオットは「家が欲しくて自分なりに苦しんでいる」と書いている[35]。