2006（平成18）年7月18日に公開された国務省編纂の外交史料集によると、冷戦時代にはアメリカ政府の反共政策に基づき日本の親米勢力や、民社党などの野党内保守・右派勢力に秘密資金を提供していた[21]。秘密資金の提供を受けたのは岸信介、池田勇人両政権下の自民党有力者と社会党右派（後に民社党を結党する勢力）とみられている。この結果、右派が民社党をつくり、日本社会党は弱体化することになった[22][23]。

冷戦終結まで、児玉を通じて日本の指定暴力団・韓国のヤクザなどともコネクションを持っており、暴力装置などとして使用していた[24]。また日本共産党には、岸の系列から韓国の統一協会へ関与していると主張された[25]。

冷戦終結後は双子の赤字に苦しむ連邦政府による人員や経費の削減等のため危機に直面したCIAは、日本などの友好国の経済情報などの非軍事分野での情報収集と分析を始めた。1990年（平成2年）4月には長官のウェブスターが「日本やヨーロッパ諸国の経済上の競争相手に対する情報戦略を扱う企画調整室を設けた。」と発言し、1992年（平成4年）4月には長官のゲーツが「業務の約4割、予算の2/3は経済分野に当てる。」と演説した[26]。2011年には、上級オフィサーで2000年に没したロバート・クロウリーが遺した協力者一覧「クロウリーファイル」には、船橋洋一と、「C」の節に、コロンビア大学教授のジェラルド・カーティスが掲載されている事が明らかになり、協力者の一人であると名指しされている[27]。

CIA日本支局を立ち上げたのは前身のOSS（戦略情報局）スイス支局でアレン・ダレスの部下だったポール・ブルームで、彼が来日後に最初に連絡をとったのが笠信太郎であり、以降ブルームと笠は日本の指導的知識人を糾合する目的の座談会を主催するなどして親米論調の涵養を図っていた。また、野村吉三郎（元海軍大将・駐米大使）に資金提供して海上警備隊（海上自衛隊の前身）を創設させ、野村の参院選出馬を支援している[28]。反ソ・反鳩山の緒方竹虎を首相にするための工作活動を展開するとともに、緒方の「日本版CIA構想」を支援していた[29]。正力松太郎を使って日本全土を縦断する一大反共軍事通信網を構築する構想があったとされる[30][31]。（→正力マイクロ波事件）

吉田則昭、山本武利、加藤哲郎らは2008年（平成20年）4月から9月、アメリカ国立公文書記録管理局で2005年（平成17年）に機密解除され2007年（平成19年）1月12日に一般公開されたCIA公開資料を収集し、1年間をかけてその分析に共同であたった。2009年（平成21年）7月25日に早稲田大学20世紀メディア研究所の第51回研究会で中間報告を行い、2009年（平成21年）7月26日の毎日新聞で1面2面の大きな記事として報道された[32][33][34][35][36][37]。日本での活動拠点にニュー山王ホテルがある。
歴史

第二次世界大戦中の1942年に情報調整局から改組設立された戦略情報局（オフィス・オブ・ストラテジック・サービス、OSS）がセントラル・インテリジェンス・グループ（CIG、中央情報グループ）及び政策調整局（OPC）を経て1947年に成立した国家安全保障法により改組されて発足した。

第二次世界大戦終了後にアレン・ダレスはドイツからテオドール・ゼーフェッケなど多数のナチス将校を招聘した。またCIAのソ連など東欧での情報収集と工作活動の本格化を図った。「ベノナ」も参照

1950年代から1960年代にかけては、社会主義・共産主義化しつつあったイラン・グアテマラ・コンゴ・キューバなどに対してクーデター・要人暗殺などを含んだ工作活動を積極的に展開した。

1999年4月26日にCIA長官を務めた経歴を持つ第41代アメリカ合衆国大統領ジョージ・H・W・ブッシュの功績を称えてCIAの旧本部と新本部からなる複合施設はジョージ・ブッシュ情報センター（英語版）と命名された[38]。

2001年よりジョージ・W・ブッシュ政権ではCIAは機能が発揮されていないという指摘もある。ブッシュ政権で権勢を振るうネオコンは、CIAからの情報を軽視しており（プレイム事件など）、アメリカ国防総省傘下の国家安全保障局（NSA）や国防情報局（DIA）を重視して、CIAはインテリジェンス・コミュニティーの主流派から外され、国家情報長官が設置され、副長官にはNSA長官だったマイケル・ヘイデンが就任した。こうした流れは、2010年頃まで続いた[39]。ブッシュ政権でCIA長官だったポーター・J・ゴスは、それまでの最上級幹部を全て辞めさせ、大統領の政策に異議を唱えることを禁じる命令を出した。これによって、CIAの職員は2005年までに総員の半数が5年以下の経験しか持たない組織になった[15]。一方で子ブッシュ政権下でもブラック・サイトでの拷問や無人攻撃機による暗殺などの秘密工作活動でCIAは暗躍した[40][41][42]。

2018年、ジーナ・ハスペルが初めての女性長官になる[43]。
組織

職員数 - 約20,000人（非正規職員や派遣職員、契約職員など雇用形態が曖昧なため、はっきりした数字は定まらない。）
諜報活動を行うチームは、情報収集管理担当官を中心とする、エージェント、工作員、分析官、警備担当、スタッフ・オペレーション・オフィサー、管理担当、その他職員らで構成されており、職員はそれぞれ専門の担当があり、全員が全てスパイという訳ではない。CIAに勤務する“職員”は“オフィサー”、工作員の募集職員のことを“エージェント”または“アセッツ”と呼称する。また、海外でのCIAの警備業務などを行うGRS（Global Response Staff）と呼ばれる業務委託された部署・職員も存在する。

情報収集管理担当官 (Collection Management Officer)

工作担当官 (Case Officer)

工作補佐担当官 (Staff Operations Officer)

準軍事工作担当官 (Paramilitary Operations Officer)

作戦本部

ヒューミントに従事する。英語名はDirectorate of operations（作戦総局）。本部長はDeputy Director of CIA for operations（作戦担当副長官）で、略称はDDO,DO,DD/Oなどを用いている。

以前は計画本部（1951-73）、作戦本部（1973-2005）、国家秘密工作本部（2005-2015）と称されていた[44]。

黎明期にはOSO（戦略作戦局、Office of Strategic Operations、情報収集担当）、OPC（政策調整局、Office of Policy Coodination、秘密工作担当）に分かれていた。