1995年にはオリジナル曲を持って次々と各地の大会へ出場する。同年秋には藤原が高校を中退し本格的に音楽活動へのめり込むようになっていた。藤原初の単独での作詞・作曲となったオリジナル曲「DANNY」（後に隠しトラックの形で収録）や「BUMP OF CHICKENのテーマ」（結成20周年記念 Special Live 「20」のLIVE CDに収録）などもこの頃に完成する。その後、増川が正式にギター担当としてバンドへ迎え入れられた。

1996年2月11日、現メンバーとなり、バンド名を「BUMP OF CHICKEN」（バンド名は“弱者の反撃”という意味を持って名付けられた）に改名後初めての大会出場をティーンズ・ミュージック・フェスティバル'96で果たす。後にバンドはこの日を「結成記念日」とするようになった[注 2]。

その夏にはBeat Brust in Japan に「ガラスのブルース」（後のアルバム『FLAME VEIN』収録曲）でエントリー、全国大会でグランプリを獲得。その後都内でのライブや千葉県内ツアーを経験した後に初の音源となる「BUMP OF CHICKEN（のテーマ）」「DANNY」「ガラスのブルース」等を収録したデモテープの製作・配布を開始。

この頃、デビュー前のTRICERATOPSと対バンで共演し、槇原敬之やTRICERATOPSの音楽プロデューサーの木崎賢治にスカウトされる。木崎は現在彼らが所属する事務所の取締役であり、エグゼクティブプロデューサーである。

増川と升の大学受験のための一時活動休止期間を経てからは1998年6月に劇団「すいっち」公演のミュージカル『はしるおんな』に生バンド役としてメンバーが出演。藤原も6曲ほど公演のために書き下ろす（藤原曰く、最初の「MOTOO FUJIWARA名義での活動」はこれであるとのこと）[9]。

1998年10月24日には自身初のCD作品となるデモ『BUMP OF CHICKEN』を500枚限定で発売。その後わずか1か月で完売。
1999年 - 2000年:『FLAME VEIN』『THE LIVING DEAD』

1999年3月にハイラインレコーズからデビューアルバム『FLAME VEIN』をリリースした。多忙の合間を縫って強行的に行なわれたレコーディング期間はわずか3日間であった。同年春に、浪人していた増川が大学に合格。

2000年3月にアルバム『THE LIVING DEAD』を同じくハイラインレコーズからリリース。上記の2つのアルバムは共に廃盤となっており、2004年4月に再発盤が発売されている[注 3]。なお、この再発盤『FLAME VEIN』には「バトルクライ」が隠し的要素で収録され、それに伴い『FLAME VEIN+1』と表記変更された。
2000年 - 2002年:『jupiter』

2000年9月20日に1stシングル「ダイヤモンド」をリリースし、トイズファクトリーからメジャーデビューを果たす。2001年3月14日に発売された2ndシングル「天体観測」が、累計で55万枚(2023年3月現在95万枚)以上を売り上げる大ヒットとなりバンドの知名度が大きく上昇。この楽曲から着想を得たテレビドラマ『天体観測』も2002年夏に放送された[注 4]。

同年10月17日リリースの3rdシングル「ハルジオン」を経て、2002年2月20日に発売されたメジャー1作目となるスタジオ・アルバム『jupiter』は、バンド初のオリコンアルバム週間チャート初登場1位を記録した。また『jupiter』発売に伴い、2002年3月23日から4月21日にかけてツアー「POKISTA 21」を開催した。
2002年 - 2004年:『ユグドラシル』

アルバム『jupiter』発売後にBUMP OF CHICKEN主催の対バンツアー『BAUXiTE page1』を開催。旧友のSyrup16g、BURGER NUDS、ハックルベリーフィンらと全国3か所を回る。そして、同年12月18日には4thシングル「スノースマイル」を発売。

2003年3月12日に5thシングル「ロストマン/sailing day」を発売。「sailing day」はアニメ映画『ONE PIECE THE MOVIE デッドエンドの冒険』の主題歌となった[注 5]。その後2003年春から翌2004年までは、アルバム『ユグドラシル』のセッションとレコーディングが行なわれ、夏以降は表立った活動は行われなかった。

2004年3月31日、ファーストアルバム『FLAME VEIN』から「アルエ」をリカットシングルとして発売。5月29日には地元の佐倉市民体育館にて完全招待制フリーライブを行い、スペースシャワーTVで全国に生中継された。同年7月7日には『ユグドラシル』からの先行シングルとなる8thシングル「オンリー ロンリー グローリー」を発売し、初となるオリコンシングル週間チャート1位を獲得[10]。8月25日に発売されたメジャー2作目となるスタジオ・アルバム『ユグドラシル』もオリコン週間アルバムチャートで初登場1位を獲得し[11]、収録曲のうち「車輪の唄」が同年12月1日にシングルカットされた。

『ユグドラシル』発売に伴い、同年9月17日から11月20日にかけて全国ツアー「MY PEGASUS」を開催。12月には幕張メッセで2日間で3万人を動員する単独ライブとしては最大規模のライブ（全国ツアー「MY PEGASUS」の最終公演「PEGASUS YOU」）を行い、初日にはNHKの番組『スーパーライブ』用の収録も行われる（地上波テレビとしては初の大々的な露出）。この後、年末には韓国でのライブも行っている。
2005年 - 2007年:『orbital period』

2005年7月21日に発売された10thシングル「プラネタリウム」で自己最高の初動売上を記録。この記録は同年11月23日に発売された11thシングル「supernova/カルマ」でさらに更新し、自身最大のヒット曲である「天体観測」に迫る50万枚近い売り上げを記録。2006年度オリコン年間シングルチャートで9位にランクインしてシングル・アルバム通じて初の年間TOP10入りを果たす。

2006年3月22日、藤原が書き下ろした、ゲーム『テイルズ オブ ジ アビス』用のサウンドトラック集『SONG FOR TALES OF THE ABYSS』（MOTOO FUJIWARA名義）が発売される。同年9月20日には楽曲「ギルド」の世界観をテーマにしたオリジナル無声映像作品『人形劇ギルド』をリリース。そして、同年11月22日に12thシングル「涙のふるさと」を発売し、「オンリー ロンリー グローリー」以来2年5か月ぶりとなる2度目のオリコンシングル週間チャート第1位を獲得した[12]。

2007年7月16日にインディーズ時代に所属していたハイラインレコーズの10周年記念イベントにシークレットゲストとして登場し、498日ぶりにライブ復帰。夏のイベントにも出演した。同年10月24日にはシングル「花の名」「メーデー」を2枚同時リリースし、「花の名」は2作連続通算3作目のオリコンシングル週間チャート第1位を獲得、「メーデー」も2位となり史上7組目の1位・2位独占を達成した[13]。「花の名」は映画「ALWAYS　続・三丁目の夕日」の主題歌に採用された。

同年12月19日には前作『ユグドラシル』より3年4か月ぶりとなるスタジオ・アルバム『orbital period』を発売。自己最高の初動売上を記録した。12月26日には全国FM放送協議会（JFN）主催の「FM FESTIVAL RADIO AWARD IN JAPAN "LIFE MUSIC 2007"」で「花の名」が大賞（LIFE MUSIC OF THE YEAR）を受賞した。また、『SPACE SHOWER Music Video Awards 2008』においても「BEST VIDEO OF THE YEAR」、「BEST YOUR CHOICE」、「BEST GROUP VIDEO」を受賞。同一年での三冠達成は史上初となった。

アルバム『orbital period』の発売の伴い、翌2008年1月10日から2月13日にかけてライブハウスツアー「ホームシック衛星」を、また2008年2月23日から７月5日にかけてアリーナツアー「ホームシップ衛星」を開催した。5月18日に行われた埼玉公演は特別番組としてNHKにて放送された。
2008年 - 2010年:『COSMONAUT』

2008年6月18日に、いままで発売されたシングルのカップリングに新曲「プレゼント」を収録したアルバム『present from you』を発売。2008年にリリースした作品はこのアルバムのみで、シングルは発売されなかった。

2009年11月25日、約2年ぶりとなる両A面シングル「R.I.P./Merry Christmas」をリリース。2009年にリリースしたCD作品はこのシングルのみとなった。

2010年4月14日には16thシングル「HAPPY」を、4月21日には17thシングル「魔法の料理 ?君から君へ?」をリリース。オリコンチャートで「HAPPY」と「魔法の料理 ?君から君へ?」の異なる作品で、2週連続1位を獲得した[注 6]。「HAPPY」はBUMP OF CHICKENの作品では初となるオリコン月間1位を獲得し、「魔法の料理?君から君へ?」も月間2位を獲得したため、1位・2位を独占した。同年4月10日には「BUMP OF CHICKEN SECRET」として自身初のシークレットライブを六本木ヒルズアリーナで開催。

同年10月13日に18thシングル「宇宙飛行士への手紙/モーターサイクル」をリリース。