1998年、演歌部門を廃止。これに伴い、全所属演歌歌手が移籍。
1999年7月、株式会社BMGジャパンが株式会社ファンハウスを吸収合併。ベルテルスマン資本による株式会社BMGファンハウス[注釈 10]が発足、ファンハウス創業者の新田は同社副社長に就任。新田は2001年8月、武市智行と共同でドリーミュージックを設立、BMGの経営から退いた。
2003年、ゾンバ・レコーズ・ジャパンを吸収合併。
2004年8月、親会社が、合併によりソニーBMG・ミュージックエンタテインメント（Sony BMG Music Entertainment, Inc. 現：米国ソニー・ミュージックエンタテインメント）となる。
2005年10月、株式会社BMGファンハウスから株式会社BMG JAPANへ社名変更。[3]21年半続いたファンハウスの名称が消滅。
2008年10月、株式会社ソニー・ミュージックエンタテインメントの完全子会社となる[4]。
2009年6月、社内カンパニー制の導入。以後、国内制作部門をアリオラジャパン、洋楽部門をRCA/JIVEグループと呼称する[5]。
2009年10月、国内制作部門を新設分割により設立されるアリオラジャパンへ、撤退前に制作された演歌・歌謡曲部門等の音源をソニー・ミュージックダイレクト（現：株式会社ソニー・ミュージックレーベルズ）、RCA/JIVEグループを吸収分割によりソニー・ミュージックジャパンインターナショナル（現：ソニー・ミュージックレーベルズ）へそれぞれ承継する形で、BMG JAPANはソニー・ミュージックエンタテインメントに吸収合併され解散[1]。旧日本ビクター・RCAレコード事業部時代から通算して41年に及ぶ歴史に幕を下ろし、規格品番も本来の「BV」、小田和正のプライベートレーベル"Little Tokyo"にて利用されているファンハウス時代からの「FH」共に、アリオラジャパンを経て今日のソニー・ミュージックレーベルズへ引き継がれた。
補足
RCA、およびFUN HOUSE等の各種ロゴ（レーベル）がその後、諸般の事情により使用できなくなったのに伴い、旧RVC → BMGビクター → BMGジャパン → BMGファンハウス → BMG JAPAN時代より発売されているアルバムやCD選書などの旧譜は随時GT Music、またはCS RECORDS等の各種レーベルに置き換えられ、更に制作・発売元のクレジットがソニー・ミュージックダイレクトを経て、ソニー・ミュージックレーベルズに変更された上で、製造出荷されている。また、上記のRCA、およびFUN HOUSE等の各種レーベルからリリースされた楽曲の原盤権は2024年現在、ソニー・ミュージックレーベルズが承継している。 ※いずれもBMG JAPAN解散時のもの。BMG JAPAN解散時まで所属していたアーティストは2024年4月現在、ソニー・ミュージックレーベルズ（旧アリオラジャパン、および旧ソニー・ミュージックジャパンインターナショナル、旧ソニー・ミュージックダイレクト）等が管理。 etc…
レーベル
ability
Akimo（秋元康プロデュース・レーベル）
air RECORDS（1979年、小杉理宇造が創立。第1弾アーティストは山下達郎）
ariola
Arista
Augusta Records（2002年設立、オフィスオーガスタ所属アーティスト専用レーベル。2017年4月にレーベル毎ユニバーサルミュージックに移管）
BELO
BERG（1998年設立、2003年消滅。ビーイング専用レーベル）
DANTREX
Dear Heart（RVC時代。1984年レーベルごとミディに移管）
EBONY STONE
ファンハウス
EXPRESS（ファンハウス発足当初の1984年のみ、東芝EMIとの共用レーベル。1985年より再び東芝EMI専用レーベルに変更された）
Little Tokyo（リトルトーキョー／1989年創立の小田和正のプライベート・レーベル。独立時代のファンハウス内のレーベルだった）
Rhythm Suite（リズム・スイート）
HAPPY SONG RECORDS（THE HIGH-LOWS、ザ・クロマニヨンズのプライベート・レーベル）
LIPOP RECORDS（キャラクターソングを含むアニメソング専用レーベル）
NANA
Om（オーン：1988年 - 1994年）／iDEAK（イデアック：1995年 - ）（ともに角松敏生のプライベート・レーベル）
RCA
Rhythmedia Tribe（Rhythmedia所属アーティスト専用レーベル）
TRAPIT
W.A.A.A.
ZIG
ZAG
所属アーティスト
日本国内
AZU（アズ）（2007年?2009年）
Astro（2006年?2009年）
BUCK-TICK（ビクターインビテーション → ユニバーサルミュージックから移籍）（2004年?2009年）
CHEHON（2008年?2009年）
DEEN（ビーイング系） - B-Gram RECORDS → BERG（2003年まで）（2004年?2009年）（2013年に同じソニー・ミュージックグループのエピック・レコードジャパンへ移管）
GO!GO!7188（東芝EMIから移籍）（2007年?2009年）
LADY BiRD（2009年）
LITTLE（ユニバーサルミュージックから移籍）（2007年?2009年）
MAKAI（2008年?2009年）
MCU（2004年?2009年）
マツリルカ（2005年?2006年）
MISIA（ARISTA JAPAN/BMGジャパン → エイベックス → BMG JAPAN）（1998年?2001年、2007年?2009年）
orange pekoe（ → キングレコード）（2002年?2009年）
RUB-A-DUB MARKET（2006年?2009年）
SBK（スケボーキング）（2008年?2009年）
SEAMO（シーモ）（ → ユニバーサルミュージック）（2005年?2009年）
S.E.N.S.（センス）（2002年?2009年）
THE NEATBEATS（2004年?2009年）
8otto（2007年?2009年）
浅井健一（2006年?2009年）
あみん（2007年?2009年）
伊東ゆかり（ユニバーサルミュージックから移籍）
小田和正（1999年?2009年）
角松敏生（RVC時代の1981年デビューから在籍）（1981年?2009年）
杏子（ユニバーサルミュージックから移籍）（2003年?2009年）
ザ・クロマニヨンズ（2006年?2009年）
スガシカオ（ユニバーサルミュージックから移籍）（2003年?2009年）
スキマスイッチ（2003年?2009年）
大橋卓弥
秦基博（2006年?2009年）
松たか子（BMGジャパン → Polydor／UNIVERSAL J → BMG JAPAN）（1997年?1998年、2006年?2009年）
ミトカツユキ（2007年?2009年）
!wagero!（2005年?2009年）
旧所属アーティスト
access（1992年?1995年）
arp（2003年?2005年）（ → ジェネオン エンタテインメント）