1977年4月、ESDラボラトリの水島俊雄が第1回ウェスト・コースト・コンピュータ・フェアで見かけたApple IIに興味を持ち、交渉の末、日本での独占販売権を獲得。同年11月頃に輸入販売を開始。ESDラボラトリは理化学機器のマイコン制御化に取り組んでいたベンチャー企業で、Apple IIと同じCPU（MOS 6502）を利用した測定器を開発しており、当初はそのソフトウェア開発の経験を活かしてApple IIを工程管理システムとして販売する狙いがあった[294]。Apple IIはESDラボラトリから柏木研究所やBMCインターナショナルなどの卸売業者を通して販売されるはずだったが、実際には独占販売契約に反する形でApple本社から直接仕入れて販売する小売店も存在した[295][296]。
1980年7月、Apple本社は日本語版Apple IIであるApple II J-plusの発売と同時に従来の代理店契約を切り、東レを総代理店とした。しかし、東レ自身もメーカーとしてパソコン事業への参入を企図しており、1982年7月に総代理店契約を更新せず撤退[297]。再びESDラボラトリが総代理店となる[296]。
1983年6月、日本にAppleの完全子会社としてアップルコンピュータジャパンを設立。同年10月11日、キヤノン販売がアップルコンピュータジャパンと販売提携したことを発表。また、20日よりキヤノン販売が日本総代理店となり、Lisaを日本語化する方針を発表した[298]。二転三転する代理店契約を巡りアップルとESDラボラトリ経営陣との間に確執が生じ、撤退を懸念したESDラボラトリのアップル事業部従業員が株式会社ハイテックスを設立して独立[297]。
1984年5月、キヤノン販売の子会社であるキヤノン営研が新宿に直営店「ゼロワンショップ」を開店し、Macintoshを含む情報機器の展示販売を開始した[299]。1985年までにキヤノン販売の代理店としての位置づけはESDラボラトリやハイテックスなどの直販系販売店と同列に格下げされた[300]。
1989年10月3日、アップルコンピュータジャパンとキヤノン販売およびその代理店などが並行輸入業者に対して広告活動やパソコンの修理を妨害したとして、独占禁止法違反の疑いで公正取引委員会から立ち入り調査を受けた[301]。1990年11月に公正取引委員会は、容疑の事実は認められなかったとしつつも、両者に注意を通告した[302]。一般消費者向け量販シリーズであるPerfomaシリーズが発売された1993年頃より大手家電量販店に販路を拡大、Macintoshの販売はこちらが主体となり、キヤノン販売は2002年ごろまでにApple製品を含む一般向けコンピュータ販売事業（ゼロワンショップ）から撤退した[要出典]。
1999年12月7日、AppleはiMacやiBookの販売価格を小売店に指示したという独占禁止法の違反容疑で公正取引委員会から立ち入り調査[303]を受け、2000年10月3日には独占禁止法違反の疑いで警告[304]を受けている。
歴代社長
1983.6 - 1985 福島正也[305]
1985 - 1989 ロバート・コーリー[306]
1989.3 - 1994.7 武内重親[307][308]
1994.7 - 1995.7 三田聖二[309]
1995.7 - 1997.4 ジョン・フロイサンド[310][311]（代表取締役会長）
1996.6 - 1997.4 志賀徹也[312]
1997.4 - 2004.2 原田泳幸[313]
2004年10月より以下の2人が就任（代表取締役はティム・クック[314]）
2004.10 - 2006.7 前刀禎明マーケティング担当（米Vice President兼任）
2004.10 - 2009.9 山元賢治セールス担当（米Vice President兼任）前職は日本オラクルの取締役であった。
2009.10 - 2010.2 ジェニファー・ベーリー[315]（現・Vice President of Apple Pay）
2010.3 - 2014.5 ダグラス・ベック（現・Vice President, North America and Northeast Asia Sales[316]）
2014.5 - 2018.9 ダニエル・ディチーコ 元BMG Japanの代表取締役社長、コーチジャパンCEO[317][318]
2018.10 - 秋間亮[319][320]
取扱店
Apple Shop
Apple Japanはこれまで米国法人直営のApple Storeが展開してきた全ラインアップの展示・販売方法のスタイルを継承した店舗を、家電量販店のビックカメラ有楽町店本館5階にオープンさせた。今後も家電量販店内への出店を進める予定。Apple Shopに立つAppleスタッフとして[321]店頭販売スペースのレイアウトや商品知識など、直接のガイドラインの指導が行われApple Solutions Consultantが専任スタッフとして常駐している。
Apple Value Added Reseller
Appleと、システム構築を含めたApple製品のソリューション販売を行う契約を結んでいる正規代理店。法人・公共機関向けの導入はApple Business VAR