問題点・不満点は以下の通り。

「In App Purchase（アプリ内課金）のアイテムが最大1,000個」という制限があり、電子書籍アプリにとっては制約が多い[23]。アイテム数の制限は、2010年6月に3,000個、2012年6月に1万個と拡大されている。

消費者の利用が短期で、広告モデルが難しい[24]。

細かい仕様が不明[25]。

審査プロセスの進度にばらつきが大きく、早い場合もあれば遅々として進まないこともある[26]。

大量のアプリケーション（2015年6月現在150万以上）に埋没してしまう[25]。

単価の低下[27]。

大半のアプリが不人気[28]でインストールすらされず、元が取れないと言われ、儲かるのはごく一部という意見もある[29]。

ベータ版やプレビュー版など未完成状態でのリリースが禁止されており[30]、アプリが完成するまでは審査してもらえない。却下されると修正を迫られ、リリースが遅れ開発費がかさむリスクがある。

審査が通って公開したあとも、Appleが公開を取り消すことがある。

ウェブブラウザはWebKitを使わないといけない、ストリーミングはApple HTTP Live Streamingを使わないといけないなど、技術面でも制約をかけている。そのため、たとえば、標準ブラウザよりも高速なブラウザを作っても公開できず、技術的なイノベーションに抑制をかけている。

2010年2月ごろからアプリケーションの選別（審査基準）が厳しくなり、性的なコンテンツを含んでいたり[8]、非公開APIを使用するなど、技術上問題があるアプリケーションがApp Store上から姿を消した。また、2021年に「アプリのトラッキングの透明性」（ATT）のプロンプトの導入を義務付けたため、導入を拒否した約42万個のアプリがストア上から削除されている[31]。
商標か普通名詞か[ソースを編集]

アマゾンが2011年3月、Android向けに「Amazon Appstore for Android」というサービスを立ち上げると、Appleが商標権の侵害を主張し、アマゾンが「app store」という用語をアプリケーションポータルの名称として使うことを禁止させる裁判所命令を求めた。これに対し、アマゾン側は「app store」は普通名詞に過ぎないと反訴した[32]。

同7月、米連邦裁判所はApple側の要求を却下。しかし、その裁定はあくまで、Apple側が「各種競合ブランドとの間にある混乱の可能性を実証していない」という理由に基づくものであり、「app store」は純粋に汎用的な用語だとするアマゾン側の主張に同意するわけではないともしている[33]。
海賊版販売問題[ソースを編集]

2010年11月上旬ごろからApp Storeにおいて、村上春樹や東野圭吾等の小説や漫画を権利者に無断で電子書籍化した海賊版が、Appleの事前審査を通り販売されはじめた。権利者が海賊版の削除要請しても大半が違法配信され続ける、ひとつの海賊版が削除されてもまた新たに（Appleの審査を通り）配信されるなど、Appleの権利侵害行為に対する対応に関して、日本書籍出版協会、日本雑誌協会、日本電子書籍出版社協会、デジタルコミック協議会の4団体は2010年12月14日に声明を発表[34][35]。
著者や出版社以外からの提供は強く疑われるべきものとし、アプリの内容について事前審査（暴力や性的なものなど）しているにもかかわらず明白な著作権侵害行為をチェックしていない、権利侵害が発覚しても削除されず海賊版の販売が続けられている、削除要請窓口や削除手順を公開していない、違法配信によって直接利益を得ているにもかかわらず販売データを公開しないなどの問題点を上げ、「違法行為のほう助であり、それ自体が違法と判断せざるを得ない」と強く非難している[36]。
Appleは「知的所有権を保護する重要性を理解している」と見解を示したうえで、申し立てがあれば対処するが、確認に手間と時間がかかるため、著作権侵害かを事前審査する考えはない（Appleの日本法人の関係者）としている[37]。


2012年3月18日、中国の作家団体がApp Storeで著作を無断販売されたとして、Appleに損害賠償を求めた訴訟の請求額が計5,000万元に達したと新華社通信は報じた。Appleは「知財権保護の重要性は理解している」とし、提訴には「適切に対応する」としている[38]。