墜落した船内に保存されていたフェイスハガーが獲物を求めて外に飛び出し、瀕死の傷を負いながらもガントレットで救難信号を発したプレデターはプレデリアンに止めを刺される。狩猟中に森に墜落した宇宙船を目撃した親子がフェイスハガーに寄生され、地球上での成体エイリアンの増殖が始まった。

一方で、ガントレットからの救難信号を受信したプレデターの本星から、エイリアンの駆除・及び自分達の具体的な存在痕跡の抹消を生業とするプレデターであるザ・クリーナーが地球へ送り込まれる。クリーナーは宇宙船とプレデターの遺体を消滅させ、エイリアンの追跡を開始するが、プレデリアンをはじめとしたエイリアン軍団は下水道の入り口に住む浮浪者達を襲って町へ接近する。ザ・クリーナーは下水道内でエイリアン軍団をようやく捉えるが、プレデターの戦闘能力と知能を継承したプレデリアンを相手に苦戦し、両者の交戦は街中へ発展してしまう。

街中に侵入したエイリアン達は学校のプールや、一般民家など様々な場所で人間を惨殺しはじめ、パニックに陥った住民達は町からの脱出を目指し、武器を求めて銃砲店に集まった。その頃、保安官事務所からの救援要請を受けた州軍部隊が街に到着するが、すでに相当数に増殖したエイリアン軍団の襲撃を受けて全滅してしまう。

州軍の装甲車に残されていた軍用無線機で司令部と交信した保安官達は街の中心部で救出ヘリを待てと誘導されるが、不安を感じた若者達とイラク帰還兵の女性は病院にあるヘリで脱出を試みることを決め、保安官達と別れる。保安官が誘導された街の中心部は、避難民とエイリアンの戦場と化していて、保安官達は救出ヘリの到着を信じて必死の抗戦を続けた。

一方、プレデリアンもまた病院に乗り込み、入院中の妊婦達に幼生を寄生させ、エイリアンの繁殖を図っていた。そんな中に、装甲車で乗り付けてしまった若者達は、ヘリのある屋上を目指してエイリアンの巣窟となった病院に突入してしまう。プレデリアンを追跡していたザ・クリーナーも病院へ突入し、人類とエイリアン、プレデターの3つ巴の戦いが始まった。
登場人物
ダラス・ハワード
本作の主人公。窃盗の常習犯でリッキーの実兄。保安官のエディとは顔なじみである。窃盗の刑期が終わり、街に帰ってきた。性格は冷静沈着だが、リッキーを虐めたデイルにバットで殴りかかろうとするほどの報復を仕掛けようとしてリッキーに制止させられるなど、弟同様に血の気の多い一面もある。作中では窃盗犯だった頃のスキルを生かして銃砲店の鍵をこじ開けたり、クリーナーの落としたスキャッターガンを見様見真似で発砲、リーダー的存在として街からの脱出を計画する。中盤、プレデターのワイヤートラップにかかりエイリアンの餌にされた際にも冷静に対処して難を逃れたり、終盤で病院の屋上にて一行をヘリに乗り込ませるために単身囮になりウォーリアー・エイリアンを倒すなど機転が利き、応用力がある。ケリーと同じく軍の用意した脱出プランに違和感を覚え、街はずれにある病院の医療ヘリを使った脱出を考える。その後、病院においてクリーナーとプレデリアンの戦いに乗じて、医療ヘリに乗り込み、墜落するも街からの脱出に成功。その後、展開していた米軍にスキャッターガンを引き渡し、ケリー、モリー、リッキーと共に保護された。
エディ・モラレス保安官
舞台となる街 ガリソン市の保安官で、ダラスとは顔なじみの友人。市長家族や街の住民たちからも絶大な信頼を得ている。市長親子が失踪する事件をきっかけにエイリアンとプレデターの戦いに巻き込まれる。作中ではザ・クリーナーを最初に目撃した部下（レイ）をクリーナーに殺害されており、銃砲店に置かれていた無線機で州兵部隊の要請や、スティーブンス大佐に救援要請を行う。作中中盤ではダラスとケリーの説得もむなしく、市長夫人のダーシーと共に広場へ向かい、迫ってくるウォーリアー・エイリアンを相手に避難していた大勢の市民を守るために必死の攻防を繰り広げたが、その奮闘は報われることなく、最期は避難していた市民やエイリアンの群れ、そして街もろとも空軍が投下した可変威力型核爆弾『B83』によって爆死する。
ケリー・オブライエン
アメリカ陸軍の兵士でモリーの母親。休暇で実家に帰宅するも、プレデターの宇宙船墜落の翌日の夜にウォーリアー・エイリアンの襲撃に遭い、夫のティムを失う。その後、銃砲店でダラスたちと合流し、脱出に協力する。作中では陸軍兵士のスキルを生かして移動中には装甲車やヘリコプターを操縦。交戦中はM4カービンで取り囲んだウォーリアー・エイリアンを排除、ポイントマンとして先導する。性格は冷静かつ男勝りだが、娘のモリーを始め家族には愛情を持って接している。また、作中中盤ではダラス同様、軍の用意した脱出プランに不安を覚え、救援場所になっている街の広場に向かうか、ヘリのある病院へ向かうかという選択では真っ先に病院へ行こうと呼びかける。最後は無事、医療ヘリで街から脱出し、モリー、ダラス、リッキーと共に米軍に保護された。
モリー・オブライエン
ケリーの愛娘。休暇で帰って来たケリーの荷物に入っていた暗視ゴーグルをいたく気に入り、そのままプレゼントとして貰う。エイリアン襲撃の夜、一向に眠れず気晴らしに暗視ゴーグルで外を眺めた際にウォーリアー・エイリアンを発見し、悲鳴を上げてケリーに助けを求めた。その後、ケリーと共に街の外に脱出するためにケリー、ダラス、リッキーらと行動を共にする。次々に襲ってくるエイリアン達に終始怯え、悲鳴を上げていたが、最終的に辛うじて母のケリー、ダラス、リッキーと共に街からの脱出に成功し、生還した。
ティム・オブライエン
ケリーの夫。軍隊に勤めている妻に代わって男手ひとつでモリーの面倒を見ていた。久しぶりに帰省した妻を暖かく迎えるも、その夜にウォーリアー・エイリアンに襲われ、妻と娘に逃げる様に促しながら、殺害された。
リッキー・ハワード
高校生でダラスの実弟。ピザ配達のアルバイトをしており、学校のマドンナ的存在のジェシーに片想いしている。そのため、ジェシーと交際しているデイル率いる不良グループからは目の敵にされ、嫌がらせや虐めを受けている。性格は非常に短気かつ喧嘩っ早いが、弟を信用しているダラスが傍にいることで落ち着いた行動をとる事が出来ている。エイリアン襲撃の夜、学校の室内プールでジェシーと密会中に、デイル達に見つかりプール内で取っ組み合いになるが、その最中にウォーリアー・エイリアンの襲撃に遭う。作中終盤の病院でジェシーがクリーナーのレイザー・ディスクで壁に串刺しにされて即死したのを目の当たりにし、ダラスの制止の声を聞かず怒りに身を任せて猛然とクリーナーに発砲し、クリーナーを怯ませ、エイリアンごと撃退する。直後にプレデリアンの尻尾で肩を貫かれ負傷してしまうも、ダラスに助けられ幸いにも致命傷には至らなかった。終盤で離陸寸前の医療ヘリを襲おうとしたエイリアンを拳銃で撃退し、一行の脱出に貢献した。
ジェシー・サリンジャー
リッキーの通う学校のマドンナ的存在。本名はジェシカ。デイルと交際しているが、粗暴な彼の事に半ば辟易しており、自身に片思いしているリッキーに気移りしており、学校のプールでキスをした。リッキーとの密会中にエイリアンの襲撃に遭う。銃砲店ではショットガンに銃弾を装填する作業を行うなど、銃に関しての知識を持っている。ダラスたちと共に病院へ向かうも、病院内の階段でドリューが突然エイリアンの襲撃に遭ったことでパニックに陥り、院内を逃げ惑う。その時偶然クリーナーがウォーリアー・エイリアンを倒すために使用したレイザー・ディスクの直撃に遭い、壁に串刺しにされ即死。リッキーの目の前で身体が真っ二つに割かれるという凄惨な最期を遂げる。