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アムボレラ目 スイレン目 アウストロバイレヤ目 センリョウ目 カネラ目 コショウ目 クスノキ目 モクレン目 ショウブ目 オモダカ目 ヤマノイモ目 タコノキ目 ユリ目 キジカクシ目 ダシポゴン科 ヤシ目 イネ目 ツユクサ目 ショウガ目 マツモ目 キンポウゲ目 アワブキ科 ヤマモガシ目 ツゲ目 ヤマグルマ目 グンネラ目 ハマビシ目 ニシキギ目 キントラノオ目 カタバミ目 マメ目 バラ目 ウリ目 ブナ目 フウロソウ目 フトモモ目 クロッソソマ目 ムクロジ目 フエルテア目 アブラナ目 アオイ目 ブドウ目 ユキノシタ目 ビワモドキ科 ベルベリドプシス目 ビャクダン目 ナデシコ目 ミズキ目 ツツジ目 ガリア目 リンドウ目 シソ目 ナス目 モチノキ目 セリ目 キク目 マツムシソウ目
APG III
APG III は、APG体系の、2009年に公表された第3版である。 従来の APG II（第2版、2003年）に比較すると、以下の点で変更がある。 科レベルまで（所属不明の一部属を除く）記されている。一部の科は目レベルでの所属は不明として、目に入れていない。
変更点
所属不明とされていた科・属の多くについて所属が確定された。
科の範囲として「広義または狭義のいずれを採用してもよい」とされていた群について、科の範囲が確定された（多くは広義、一部は狭義）。
一部は所属が変更された（例えば単子葉類でないことが判明したヒダテラ科など）。新たに設定された科・目もある。一部の科については所属目不明確ため目を設定していない。
APG体系（APG）と古典的植物分類体系の比較については「APG体系」を参照
注釈
*：新たな位置に置かれた科（他科から分割された科も含む）。
†：APG植物分類体系で新たに採用された目。
§：範囲が変更された科（分割または併合を含む）。
$：広い範囲で定義された科（APG II で§印表示されていた科で、カッコ[+ ]内に書かれていた科を含めた）。
$$：狭い範囲で定義された科（APG II で§印表示されていた科を分割し、カッコ[+ ]内に書かれていた科を独立させた）。なお、APG II に比較して範囲が変更された科で、科の学名と和名の対応が不適切となった場合がある。以下に記載した和名にはこれを考慮した仮称が含まれ、まだ確定的ではない。
被子植物 angiosperms
†アムボレラ目 Amborellales
アムボレラ科 Amborellaceae
†スイレン目 Nymphaeales
$$ハゴロモモ科 Cabombaceae
*ヒダテラ科 Hydatellaceae
$$スイレン科 Nymphaeaceae
アウストロバイレヤ目 Austrobaileyales
アウストロバイレヤ科 Austrobaileyaceae
$マツブサ科 Schisandraceae（シキミ科Illiciaceaeを含む）
トリメニア科 Trimeniaceae
†センリョウ目 Chloranthales
センリョウ科 Chloranthaceae
モクレン類 magnoliids
カネラ目 Canellales
カネラ科 Canellaceae
シキミモドキ科 Winteraceae
コショウ目 Piperales
ウマノスズクサ科 Aristolochiaceae
ヒドノラ科 Hydnoraceae
ラクトリス科 Lactoridaceae
コショウ科 Piperaceae
ドクダミ科 Saururaceae
クスノキ目 Laurales
アセロスペルマ科 Atherospermataceae
ロウバイ科 Calycanthaceae
ゴモルテガ科 Gomortegaceae
ハスノハギリ科 Hernandiaceae
クスノキ科 Lauraceae
モニミア科 Monimiaceae
シパルナ科 Siparunaceae
モクレン目 Magnoliales
バンレイシ科 Annonaceae
デゲネリア科 Degeneriaceae
エウポマティア科 Eupomatiaceae
ヒマンタンドラ科 Himantandraceae
モクレン科 Magnoliaceae
ニクズク科 Myristicaceae
単子葉類 monocots
ショウブ目 Acorales
ショウブ科 Acoraceae
