そして、50年の時を越えて当時の姿のまま彼らは何故か1人ずつ帰還しては凄惨な事件を引き起こす。かくして63年組（受刑者＋看守）＋黒幕vsレベッカらの戦いの火蓋は切られた。63年組の捕縛および謎の解明、彼らを地下に建設した"現代のアルカトラズ"収監を任務とするサウザー率いるFBIの特殊部門であるレベッカらの道のりは険しく遠い。
キャスト
レベッカ・マドセン
演 - サラ・ジョーンズ、日本語吹替 - 皆川純子サンフランシスコ市警の女性刑事。ある殺害現場に残された指紋がアルカトラズに収容されていた囚人のものであったことに興味を惹かれ、ドクとエマーソンと共に独自の捜査を開始する。祖父はかつてアルカトラズ刑務所に収監されたトミー・マドセン。
ドクター・ディエゴ・"ドク"・ソト
演 - ホルヘ・ガルシア、日本語吹替 - 高戸靖広レベッカの相棒。刑事司法の博士号を持つ、アルカトラズ研究の第一人者。アルカトラズに関する本も出版しており、アルカトラズの歴史、収容されていた囚人に関する知識が豊富で顔や名前のみならず、犯罪の手口まで熟知している。
エマーソン・ハウザー
演 - サム・ニール、日本語吹替 - 小川真司レベッカをスカウトした張本人で、部門のリーダー。FBIのエージェントと名乗っているが、ドクによれば彼の名は職員リストにはないという謎多き存在。一連の事件について有力な情報を知っていてその目的のために動いていると思われるのだが、レベッカやディエゴに明かさないために2人からは不審がられている。1963年、サンフランシスコ市警の若き警官として、全囚人と看守が消えた直後のアルカトラズを発見している数少ない当事者の一人。
ルーシー・バナジー
演 - パーミンダ・ナーグラ、日本語吹替 - 兼田奈緒子エマーソンの右腕として政府組織で働く。分析と心理学の権威。現代（2010年代）では第2話で狙撃犯コブに撃たれて昏睡状態に陥った。
エドウィン・ジェームズ
演 - ジョニー・コイン（英語版）、日本語吹替 - 菅生隆之1960年代のアルカトラズ刑務所所長。凶悪な囚人たちからも恐れられる存在。
E・B・ティラー
演 - ジェイソン・バトラー・ハーナー、日本語吹替 - 川本克彦1960年代のアルカトラズ刑務所副所長。ジェームズ所長からの信頼が厚い。
レイ・アーチャー
演 - ロバート・フォスター、日本語吹替 - 藤本譲トミー・マドセンの弟。看守としてアルカトラズに入った初日にトミー・マドセンに襲われ額を割られる。レベッカの両親の死後、親代わりとしてレベッカを育てる。
複数回出演

トミー・マドセン
演 - デヴィッド・ホフリン（英語版）、日本語吹替 - 井木順二

ミルトン・ボーレガード
演 - レオン・リッピー、日本語吹替 - 玉野井直樹

ニッキー
演 - ジーナン・グーセン

ジャック・シルヴェイン
演 - ジェフリー・ピアース（英語版）、日本語吹替 - 津田健次郎
ゲスト出演

ジョー・エジェンダー

マイケル・エクランド

エリック・ジョンソン（英語版）

ジェームズ・ピッツィナート

アダム・ローゼンバーグ（英語版）

グレアム・シールズ

トラヴィス・アーロン・ウェイド

テオ・ロッシ

マハーシャラ・アリ

ラミ・マレック

グレッグ・エリス

ブレンダン・フレッチャー

ジム・パラック（英語版）

フランク・ホエーリー

ロビー・アメル

エピソード

No.タイトル監督脚本放送日プロダクション
コード合衆国視聴者数
（百万人）
1"アルカトラズの闇"
"Pilot"ダニー・キャノンスティーヴン・リリアン、ブライアン・ウィンブラント & エリザベス・サーノフ2012年1月16日 (2012-01-16)29679010.05[4]
アルカトラズ島で囚人消失事件が発生して数十年後、FBI捜査官のエマーソン・ハウザーとサンフランシスコ市警刑事のレベッカ・マドセンは殺人事件容疑者のジャック・シルヴェインを追っていた。捜査により、シルヴェインはアルカトラズの元受刑者であることが判明する。
2"狙撃犯 コブ"
"Ernest Cobb"ジャック・ベンダーアリソン・バリアン2012年1月16日 (2012-01-16)2J605210.05[4]