以下の理由により国・地域からの出場クラブ数が不足する場合は、繰り上げは行われない（当該国・地域からの出場クラブ数がそのぶん減る）。

リーグ戦・カップ戦の成績によりACL出場圏内となったクラブで、かつACL出場資格を満たしたにもかかわらず、出場を辞退した場合

出場枠の変遷

2002-03年大会は、予選などを経て16チームが選出された。

2004年大会から2008年大会までは、2002-03年の第1回大会では一部の国のクラブが参加辞退したケースが目立ったため、2004年にはAFC所属国の中の国別ランキング（通称AFCランキング、UEFAランキングと同様にクラブの成績によって算出）上位14ヶ国・地域にそれぞれ2クラブの出場権を与える形となった。ちなみに、AFCランキング15位?28位の国・地域に所属する優勝クラブはAFCカップ、更に29位以下の国・地域の優勝クラブについてはAFCプレジデンツカップにそれぞれ出場する。

2009年大会から2011年大会までは、出場チームが29チームから32チームへ拡大された。以下にあげる32チームに本大会の出場権が与えられる。

今までのACLでの実績、および参加チーム数、経済規模や昇降格の有無などリーグ運営の点で評価の高い国から東西15チームずつ、計30チーム

東西各地区のプレーオフ優勝チーム、計2チーム。プレーオフには、東西それぞれ4チームが参加する。なお、プレーオフ敗者チームには、AFCカップへの出場権が与えられる。

本大会出場枠は、東地区が日本、中国、韓国から各4チーム、オーストラリアから2チーム、インドネシアから1チーム。西地区がサウジアラビア、イランから各4チーム、UAEから3チーム、ウズベキスタン、カタールから各2チーム。プレーオフへの出場枠（各地区優勝チームが本大会出場）は、東地区がインドネシア、タイ、シンガポール、ベトナムから各1チーム。西地区がUAE、インドから各1チームと前年度の西地区のAFCカップの上位2チーム。インド、シンガポールは2008年度までのACLに参戦しておらず、新規の参戦となる。またタイ、ベトナムは1?2枠から実質0.25枠へと大きく減枠されることとなった。これらの国々はそれまでのACLでの実績の有無にかかわらず、リーグ運営の点において問題点が多いとAFCに指摘されている。また、イラク、クウェート、シリアは直接の出場枠がなくなった（出場のためにはAFCカップを勝ち抜かなければいけない）。

ACLへの出場を満たす条件として、｢アジアにおいて一定の実力を有すること｣、｢国内リーグがプロリーグであること｣、｢昇降格制度があること（韓国Kリーグはこの制度が有名無実化していたことから、AFCから昇降制導入を勧告されている）｣などが挙げられる。これを満たさない国は、出場枠が大幅に少なく、満たせていれば一定の出場枠が与えられるといえる。その例として、2008年のカタールの出場枠が増加したことも、カタールの国内リーグがプロ化を行った結果である。

2012年大会から2014年大会までは、出場チーム32チーム。2011年までから、各国の本大会出場枠、プレーオフ出場枠を変更した。

今までのACLでの実績、および参加チーム数、経済規模や昇降格の有無などリーグ運営の点で評価の高い国から東西14チームずつ、計28チーム

東西各地区のプレーオフ上位2チーム、計4チーム。プレーオフには、東西それぞれ5チームが参加する。なお、プレーオフ敗者チームには、AFCカップへの出場権が与えられる。

本大会出場枠は、東地区が日本から4チーム、中国、韓国から各3チーム、オーストラリアから2チーム、タイから1チーム、ウズベキスタンから1チーム。ウズベキスタンは本来は西地区だが、出場枠3チームの内、1チームは東地区に割り振られる。西地区がカタールから4チーム、サウジアラビア、UAEから各3チーム、ウズベキスタン、イランから各2チーム。ウズベキスタンは2チームが西地区、1チームが東地区、計3チームが本大会出場となる。プレーオフへの出場枠（各地区上位2チームが本大会出場は、東地区が韓国、中国、オーストラリア、タイ、インドネシアから各1チーム。西地区がイランから2チーム、サウジアラビア、ＵＡＥ、ウズベキスタンから各1チーム

2015年大会以降は、本大会から出場するのは東西12チームずつ（計24チーム）とし、残りの東西4チームずつ（計8チーム）をプレーオフにより決定することとした。本大会出場枠は協会別ランキング（AFCクラブコンペティションランキング）により決定され、原則として東西各地区の上位2協会が3枠ずつ、次の2協会が2枠ずつ、次の2協会が1枠ずつを得る。2015年大会は以下の通りの配分となった。東地区は韓国・日本から各3チーム、オーストラリア・中国から各2チーム、タイ・ベトナムから各1チーム。西地区はサウジアラビア・イラン・ウズベキスタンから各3チーム、UAEから2チーム、カタールから1チーム（本来は西地区6位のイラクが1枠を得られるところ、ACL参加資格を満たせず、その1枠はウズベキスタンに加増された）。プレーオフは、協会別ランキングで東西各地区の上位12協会までに出場枠が与えられている。1回戦、2回戦、3回戦（プレーオフラウンド）の3回戦で行われる。

2021年大会以降は本大会出場枠が32から40に拡大された[13]。東西各地区について、1位から6位までの協会の出場枠は従前の通りとし、7位から10位の協会について（予選出場枠ではなく）本大会出場枠を1ずつ与えられる。グループステージは4チームを東西5組ずつ（計10組）とする。また、予選出場枠として前年のAFCチャンピオンズリーグ優勝チームならびにAFCカップ優勝チームの枠を設ける。
その他の変更

2008年大会までは、ACLでの背番号の上限は30番までであったが、2009年大会よりこの規定は撤廃された。2008年以前において、国内リーグで31番以上の背番号を付けていた選手が、ACLでは同じ背番号で出場できないという事例も存在した（例えばJリーグでも31番以上は認めていた）。

2013年より、AFCが加盟各国に「クラブライセンス制度」の導入を要請。ACL出場クラブ決定に際しては、国内最上位リーグでAFCが定める要件を満たすクラブライセンス制度が設けられており、かつ出場クラブについても一定レベル以上のクラブライセンスが与えられていることが絶対条件となる。例えば2018年大会の場合は、クラブライセンス制度を設けていないクウェートならびに、クラブライセンス制度を設けているもののACLで定める要件を満たしていないイラク・レバノン・シリアは出場枠を認められなかった[14]。日本の場合は、「Jリーグ1部基準を満たすとしてライセンスを与えられたクラブ（J1ライセンス取得クラブ）」がその対象となり、J1ライセンスを持っていればJ2およびJ3所属でも出場できる。

スタジアムについて、2016年度までは「個別席を完備したスタジアムの使用を強く勧告する」としていたが、2017年度からは、「個別席で、背もたれが30cm以上あるもの。なおかつそれを5000席以上設置すること」を開催場として義務付けることになり、椅子席でも規格外のもの、立見・芝生席の使用は禁止されることになった[15]。
対戦方式

2002-03年大会

グループステージは4チームずつ4組（東アジア・西アジア2組ずつ）に分かれ、集中開催方式で行われた。各組1位のチームがノックアウトステージへ進出。

ノックアウトステージは4チームによるホーム・アンド・アウェー（H&A）方式で行われた。


2004年大会 - 2008年大会

28チームを東部と西部に分けてグループステージを実施。東部地区（東アジア・東南アジア地域）では12チームを3グループに、西部地区（中央アジア・西アジア・中東地域）では16チームを4グループにそれぞれ抽選によって振り分けた。それぞれのグループでH&Aによる総当たり戦を行い、各組1位がノックアウトステージへ進出。

ノックアウトステージでは、各組1位の7チームに前回の優勝チームを加え、決勝まで一貫してH&Aでのトーナメント方式で行われる。


2009年大会・2010年大会

グループステージは東アジアが1組増（全8グループ）となった。また、各組上位2チームの計16チームがノックアウトステージに進出することとなった。

ノックアウトステージ1回戦（ラウンド16）はグループステージ各組1位チームのホームでの一発勝負、準々決勝から東西を混合して行う。準々決勝と準決勝は従来通りホーム・アンド・アウェー方式で、決勝は中立地での一発勝負となる。


2011年大会・2012年大会

基本的に2010年までと同様だが、決勝戦は準々決勝以降の抽選時にあらかじめ指定したトーナメント表の「山」側から決勝に進出したクラブのホームで一発勝負となった。


2013年大会

ノックアウトステージ1回戦（ラウンド16）が東西別にグループステージ各組1位対別組2位のホーム・アンド・アウェー方式に変更され、決勝戦もホーム・アンド・アウェー方式となった。


2014年大会 - 2020年大会

準決勝までが東西地域別で行われ、それぞれの準決勝勝利クラブ同士によって決勝戦を争う方式となった。（全試合ホームアンドアウェーは変更なし）

2020年大会は新型コロナウイルス感染症の世界的流行の影響で大会方式が中途変更され、グループステージの一部が集中開催となり、ノックアウトステージは集中開催且つ一発勝負となった。