シャッフルユニットとは、日常別々のグループに所属するメンバーを入れ替えて活動するユニットの形態をさす。

主にハロー!プロジェクトのシャッフルユニットを指し、本項ではそれについて詳述する。
ユニットと参加メンバー

グループの枠を超えての組み合わせが特徴であり、ユニットは毎年特定のテーマに基づいて命名される。

2003年までは基本的に全員参加だが、モーニング娘。を卒業したメンバーは参加せず、それ以外にもデビュー直後のメンバーなどの不参加者がいる。

2004年は、「H.P.オールスターズ」として当時の所属者46名全員で出したCDがシャッフルユニットとして扱われた。なお、このCDの他の収録曲（2曲）は翌2005年のシャッフルユニットと同様に選抜されたメンバーによるものとなっている。

2005年は、選抜されたメンバーのみの参加となっている。

2000年：色ユニット

黄色5：安倍なつみ、保田圭、平家みちよ、本多RuRu（T&Cボンバー解散後は加護亜依）、アヤカ

青色7：飯田圭織、市井紗耶香（市井紗耶香卒業後は辻希美）、矢口真里、稲葉貴子、小湊美和（T&Cボンバー解散後は石川梨華）、ミカ、レフア

あか組4：中澤裕子、後藤真希、信田美帆（T&Cボンバー解散後は吉澤ひとみ）、ダニエル（ダニエル卒業後は前田有紀）

※メロン記念日、カントリー娘。、三佳千夏は選抜されていない。
備考

プロデューサーのつんく♂は、当初この組み合わせのままで第2弾以降の曲を発売する可能性を示唆していた。また、メンバーがハロー!プロジェクトからの卒業により欠ける事になった場合には代わりのメンバーを入れていたが、この最初のケースである市井紗耶香の卒業により辻希美が入る事になった青色7に関しては、『ハロー!モーニング。』と『モーニング娘。のへそ』の2番組（共にテレビ東京系）により「青色7を救え」という連動企画が実施されていた。また、本多RuRuの卒業により加護亜依が入る事になった黄色5、小湊美和の卒業により石川梨華が入る事になった青色7、及び信田美帆の卒業により吉澤ひとみが入る事になったあか組4については、2001年3月4日に放送された「ハロー!モーニング。スペシャル」でのつんく♂のインタビューで決定された。

2000年6月24日に日本テレビ系列で放送された単発スペシャル番組『スーパースペシャル2000　天国か!?地獄か!?あか・青・黄大激突inハワイ』（通称「ハワイスペシャル」）に於いては、この組み分けをベースに、さらにメロン記念日を加えた以下の3組でゲームなどの対抗戦を行っていた。この時の追加メンバーは、ゲームの開始時に元からそれぞれのグループにいたメンバーが選んだ事になっているが、モーニング娘。の4期メンバーに関しては後に交代要員として決定した所属と同じである。

スーパーあか組7：あか組4に加え吉澤ひとみ、村田めぐみ、斉藤瞳

スーパー青色9：青色7に加え石川梨華、辻希美、柴田あゆみ（この時点で市井紗耶香は不在）

スーパー黄色7：黄色5に加え加護亜依、大谷雅恵


2001年：祭ユニット

三人祭：石川梨華、加護亜依、松浦亜弥

7人祭：平家みちよ、矢口真里、後藤真希、アヤカ、レフア、あさみ、柴田あゆみ

10人祭：飯田圭織、安倍なつみ、保田圭、吉澤ひとみ、辻希美、ミカ、りんね、村田めぐみ、斉藤瞳、大谷雅恵