進級後しばらくして、零は川本家の次女・ひなたがいじめ問題に巻き込まれたことを知る。いじめられていた同級生をかばったことで、今度は自身がいじめの標的になり、それでも自分がしたことは間違っていないと叫ぶひなたを見て、幼いころ抱えた心の傷から救われた零は、何があっても彼女を守ると誓う。

同じころ、新人王トーナメントの対局中に二海堂が倒れ、重い病気（慢性の腎臓病）を隠しながら将棋を指し続けていたことを知った零は、自身の力を尽くさず、千日手に持ち込んで二海堂を棄権に追いやった行為に怒りを燃やし、山崎を決勝で破り新人王になる。

その後、ひなたのいじめ問題も一応の解決を見、新人王を獲得して将科部の面々から祝福を受けた零は、名人位のタイトルホルダーである宗谷との記念対局に臨んだ。夏休みに入り、零が通う高校への進学を決意したひなたのため、零は家庭教師としてひなたの受験勉強を支援する。ひなたは無事合格し、高校生活のスタートを切った。
第9巻 - 第11巻

入学後すぐに友人もでき、明るく楽しげなひなたの様子に、零は遠くから見守りつつ安堵する。

しかし、川本家の祖父・相米二が不整脈で入院した直後に、家を出て行ったはずの3姉妹の実父・誠二郎が突然姿を現し、一緒に暮らそうと提案する。誠二郎の魂胆は、3姉妹を家から追い出し、そこに新たな妻子を移り住まわせることにあると、3姉妹の伯母・美咲から聞いた桐山は、教師の林田や先輩の野口の助けを借りて情報を集め、あまりに無責任な誠二郎の実態を知る。

誠二郎の目論みを阻止するため、零はそれを川本家に暴露したうえ、自分は「ひなたの婚約者」であると宣言する。誠二郎を一旦引き下がらせることには成功したものの、ひなたには零自身の想いが伝わっておらず、その後も足踏み状態が続くこととなる。

それでもあきらめない誠二郎は、零が大阪で藤本雷堂との対局の間に川本姉妹を言いくるめようとする。対局を急戦で勝った零は、三月町に戻り誠二郎と会う。誠二郎は川本姉妹の異母妹を連れてくるという強硬手段に出るものの、あかりとひなたからの絶縁宣言を受け入れざるをえず、異母妹とともに帰っていった。
第12巻 - 第17巻

相米二からあかりが抱える心の問題を聞かされた零は、解決策としてあかりの伴侶を探すことを思い立つ。川本家の夏祭りの手伝いの中、その場に居合わせた島田と林田に、あかりの伴侶としての可能性を見いだした。並行して、二海堂とともに東洋新聞社オープントーナメントの本戦に挑むが、絶好調の辻井に手も足も出ず早々に敗退してしまう。それに対して、二海堂が宗谷名人相手に善戦したのを目の当たりにし、嫉妬を覚えるとともに名人の視界に留まるための修練を改めて誓った。

トーナメント戦の終了後、零は川本家との魚釣りに島田・林田を誘うなど、あかりとの接点を持たせようと立ち回る。ひなたと仲良く振る舞う零であったが、当のひなたは零とあかりが付き合うべきと島田たちに漏らしてしまう。

林田らの職団戦と学校生活最後の文化祭が重なったことを残念に思う自分に気付いた零は、自分の世界がいつの間にか広がっていたことを自覚する。ひなたは再度「おねいちゃんと零ちゃんはお似合い」と口にするが、それは父のときのように、零の心をあっけなく失うのではないかという恐れが言わせるものであった。

島田や横溝の計らいで文化祭後半に間に合った零は、後夜祭の中、ひなたに改めて自身の想いを告白。結婚宣言以来の互いの認識のズレを解き、告白を受け入れた彼女と、恋人同士としての交際を進めていく。

時を同じくして、獅子王戦の予選を勝ち進む零は、準決勝で野火止あづさ、決勝で彼の師匠の田中太一郎と対局する。辛くも両名を退けて本戦出場を決めるが、対局中「真っ暗な部屋」に放り込まれる感覚が、以前よりも早まっていることに恐怖を覚える。零自身は、原因として「強い棋士と当たる機会が増えた」「他の棋士が、自分への研究を深めてきた」「『居場所を求めるが故の、将棋の神様との偽りの契約』に対する報い」「ひなたとの交際による心のバランスの変化」である、と考えた[注 3]。零は一人で解決しようとしていたが、ひなたに諫められ、二人で一緒に問題に向き合うことを約束する。その後、「真っ暗な部屋」に放り込まれる感覚から解放された零は、島田研究会のメンバーがひしめき合う獅子王戦の決勝トーナメントで、二海堂との久々の公式戦に臨み、熱戦の末勝利を収める。対局後は、二海堂に対して真に心を開くようになる。

零が獅子王戦の決勝トーナメントを勝ち進むのと時を同じくして、あかりは三日月堂の3代目として新たな業務形態を模索する中、建設業者の2代目青年との繋がりを得る。
登場人物

声はテレビアニメ、演は実写映画のもの。
主人公
桐山零（きりやま れい）
声 - 河西健吾、内山夕実（幼少期） / 演 - 神木隆之介[13]、大西利空（少年時代）本作の主人公。作中では史上5人目となる中学生でプロ入りした若手棋士。物語開始時点で順位戦C級1組、五段。単行本9巻以降はB級2組、六段。年齢は物語開始時点で17歳。身長はテレビアニメ第1期時点で170センチメートル[14]。幼いころに交通事故で両親と妹を失い、父の友人である棋士の幸田柾近に内弟子として引き取られる。幸田の実子との軋轢により家庭内で居場所がないため将棋に没頭し、15歳でプロ棋士となる。幸田の娘・香子が家を出ようとするのを引き止めるため、自分が家を出ることを決意し、中学卒業後、東京都内にある架空の町、六月町で1人暮らしを始める。当初は精神的に投げやりで荒んだ生活を送っていたが、川本家や放課後将棋科学部（将科部）などとの関わりを経て少しずつ心境に変化が生じ、将棋界でも島田への憧憬の念に突き動かされ、研究会に入ったり将棋部を作ろうとしたりするなど自分の閉じた世界を開いてゆく[注 4]。