この記事は検証可能な参考文献や出典が全く示されていないか、不十分です。出典を追加して記事の信頼性向上にご協力ください。（このテンプレートの使い方）
出典検索?: "2000年代のJRダイヤ改正" ? ニュース ・ 書籍 ・ スカラー ・ CiNii ・ J-STAGE ・ NDL ・ dlib.jp ・ ジャパンサーチ ・ TWL（2010年7月）

2000年代のJRダイヤ改正（2000ねんだいのジェイアールダイヤかいせい）では、2000年代にJRグループ各社線で行われた各ダイヤ改正について記す。
2000年（平成12年）
1月22日

東日本では、営団東西線（2004年4月1日より東京メトロ東西線）で妙典駅が開業したことに伴い、行徳駅発着の全列車が妙典駅発着に改められた他、中央・総武線各駅停車の時刻修正が行われた。

九州では、筑肥線で下山門駅 - 筑前前原駅間の複線化によるダイヤ改正が行われた。増発用としてJR九州が開発した車両で初の直流型電車となる303系が投入された。
3月11日

各地でダイヤ改正。
新幹線
山陽新幹線で、従来の700系から仕様を若干変更した700系7000番台により、「ひかり」をてこ入れする目的で「ひかりレールスター」が運転を開始した。これにより「ウエストひかり」は一部を除き「ひかりレールスター」に置き換えられた（この時点でビュフェも営業終了）。100系V編成（「グランドひかり」）の食堂車の営業が終了した。
北海道
宗谷本線でキハ400系・480系による札幌駅 - 稚内駅間の急行「宗谷」・「サロベツ」・「利尻」をキハ183系と新たに開発されたキハ261系を使用して特急に格上げし、「スーパー宗谷」・「サロベツ」・「利尻」として運転を開始した。宗谷本線系統では初の特急列車である。これに伴い旭川駅 - 稚内駅間の急行「礼文」が廃止され、北海道から昼行急行が姿を消した。
東日本
新造のE751系により、特急「スーパーはつかり」が運用を開始した。中央・総武線各駅停車・宇都宮線では、E231系が投入された。仙石線では仙台駅 - 陸前原ノ町駅間が地下化され、あおば通駅が設置された。
西日本（アーバンネットワーク）
新快速が全列車223系に統一され、130km/h運転を全列車に拡大した。これに伴い京都駅での毎時0・15・30・45分発が崩れた。日中の快速は芦屋駅 - 東灘信号場間で外側運転に変更した。大阪方面の大半の快速が東加古川駅で通過待ちを行うようになったほか、夕方の姫路方面の快速も土山駅で通過待ちを行うようになった。大阪発備前片上行きの外側快速が廃止された。阪和線・JR宝塚線に221系が転属し、快速の速達化を図った。運用も効率化され、宝塚線は外側快速、阪和線は和歌山線経由で送り込むようになった。阪和線では関空快速・紀州路快速を除く日中の快速が221系に統一され、この時間帯の御坊駅への乗り入れが廃止された（和歌山駅で系統分割）。JR宝塚線・福知山線では日中の大阪駅発着の快速を「丹波路快速」と命名し、この時間帯は篠山口駅で乗り換えになった。221系が福知山駅まで来るようになった。関西発着の寝台特急も整理されることになり、「彗星」と「あかつき」が門司駅まで併結運転になり、「あかつき」の佐世保駅発着編成も消滅した。これにより佐世保駅への寝台特急列車の乗り入れがなくなった。
西日本（その他）
広島地区では、山陽本線に前空駅が開業した[1]。
九州
885系が運転開始した。主に「かもめ」で使用され、長崎本線・佐世保線の特急から485系の運用から離脱した。また、「みどり」・「ハウステンボス」には、783系が投入された。「にちりん」が削減され、延岡駅 - 南宮崎駅・宮崎空港駅で「ひゅうが」が運転を開始した。博多駅 - 門司港駅間の通勤特急に「きらめき」の愛称が与えられた。久大本線に久留米大学前駅が開業した。肥薩線・吉都線（えびの高原線）経由で運行されていた急行「えびの」が廃止された。
4月21日

山陽新幹線で「ひかりレールスター」用の700系7000番台の所定の編成がそろったため、「ウエストひかり」の運転が終了した。これに伴い、0系のグリーン車が運用を離脱した。
9月23日

西日本の嵯峨野線（山陰本線）を中心にダイヤ改正。嵯峨野線の二条駅 - 花園駅間に円町駅が開業し[1]、日中のダイヤが大幅に改編された。この時間帯に京都駅 - 園部駅間の快速列車を設定したほか、普通列車も増発された[2]。
10月1日

東海道新幹線でダイヤ改正。「のぞみ」が新横浜駅に増停車（16→32本）し、東京駅発着の山陽新幹線直通の「のぞみ」が下り岡山行きの1本を除きすべて新横浜駅に停車することになった。また、朝時間帯に「のぞみ」1往復（41・42号）を増発したほか、700系の増備に伴って「のぞみ」の700系充当列車を増発し、前述の41･42号を除く「のぞみ」の全列車を700系・500系に統一した。
12月2日

東日本を中心にダイヤ改正。
東日本
E351系のリフレッシュ工事に伴い、特急「スーパーあずさ」の一部が183・189系「あずさ」に変更された。京葉線では、快速の一部が千葉みなと駅にも停車するようになった。武蔵野線では、南船橋駅発着列車の一部が海浜幕張駅まで延長された[3]。常磐線各駅停車 - 地下鉄千代田線では、小田急電鉄との直通列車を増発した。五能線では、陸奥黒崎駅が白神岳登山口駅に改称された。
貨物
総武本線 - 新金貨物線 - 常磐線 - 武蔵野線のルートで運転されていた千葉方面発着の貨物列車の大部分を京葉線・武蔵野線経由に変更し、所要時間が大幅に短縮された[3]。
2001年（平成13年）
3月1日

西日本では、ユニバーサル・スタジオ・ジャパン (USJ) のプレオープンに伴って桜島線にユニバーサルシティ駅が開業し[1]、3月1日・2日は桜島線と大阪環状線が特別ダイヤで運転された。