2014年2月19日、2ちゃんねるの実質的管理権限が何らかの理由により「ジム」に移転、「ジム」が2ちゃんねるの実質的管理者となる。「ジム」と思われる人物の主張によれば「『N.T.Technology』会長ジム・ワトキンスがサーバー料金の未払いを理由に、当時の運営陣であるひろゆきらを全員解任し、管理人にワトキンス本人とその親族が就任する」という主旨の発表であった[45]。

同年4月1日、ひろゆきは運営から外されたことについて「違法な乗っ取り行為である」と宣告し、2ちゃんねる（「2ch.sc」。略称「sc」）という名称の電子掲示板を設立し、自身が管理人に就任した[10]。2ch.scについては「2ちゃんねる (2ch.sc)」を参照

これに対しワトキンスは「2ch.net」のドメインは「Race Queen Inc.」が所有し、現在の運営体制にも違法性はないとした上で、ひろゆきに対する法的対応を検討すると応酬した。「ひろゆき氏側とは協議を続ける意向だが、何ら司法判断が存在しない状態で、Race Queen inc.と商取引（広告掲載契約等）をすることに違法性があるということは法的には誤った判断」と批判し、「かかる商行為に違法性があるとの西村博之さんの主張は、Race Queen Inc. の名誉を著しく毀損するものであり、法的対応を検討せざるをえません」としている[46]。

一方でひろゆきは、2009年1月に2ちゃんねるを名義上シンガポールの「パケットモンスター社」に譲渡し、同5月には著書『僕が2ちゃんねるを捨てた理由』を扶桑社から出版し「2chを手放した」と公言していた[47][48]ため、2ちゃんねらーたちは「西村は嘘つきだ」とバッシングをした[49][50]。

2015年9月、ひろゆきは4chanのQ＆Aセッションでワトキンスを相手取り、日本において2ちゃんねるの所有権をめぐる訴訟を提起したことを表明[51]。

2016年5月 - 7月、日本国内における「2ch」「2ちゃんねる」の商標権をひろゆきが取得した[52][53]。一方で世界知的所有権機関（WIPO）は、ひろゆきからの「『2ch.net』のドメインが不法占拠されている」という申し立てを却下した[54]。これを受け、Race Queen Inc. は「2ch.net」のTOPページにおいて「西村氏によるこれまでの一連の主張は全くもって虚偽で、2ch.scを含む西村氏の言動は運営を妨害する違法行為なので今後厳正に対処する」とコメントした[55]。結果として、日本国内における「2ch」「2ちゃんねる」の商標権はひろゆきが、ドメイン「2ch.net」の登録権限は Race Queen Inc.が管理している状況となった[56]。

この時期、特許庁はRace Queen Inc.が申請していた「2ch」「2ちゃんねる」の商標登録の無効審判請求を棄却した[57]。この判決を受けて、ワトキンスは同年10月1日、2ちゃんねるを「Race Queen Inc.」から「Loki Technology社」に譲渡すると発表した。ワトキンスは「西村博之からの妨害行為により、ユーザーに安全かつ快適な利用を提供することが困難になったため」としている[58]。譲渡先とされた「Loki Technology社」は、「権利関係で無用な紛争を生じさせないため、掲示板を新たに『5ちゃんねる（5ch.net）』として運営する」ことを発表した[59]。ちなみに「5ちゃんねる」および「5ch」は、2ちゃんねるの技術担当者であり、8chan（現・8kun）の元管理人であるCode Monkey★が日本国内で権利を有する商標である[60][61][62]。

2018年6月22日、ひろゆき（東京プラス株式会社）が2ちゃんねるの所有権をめぐり「NTテクノロジー社」を相手取った民事訴訟で、NTテクノロジー社の債務不履行を認め、同社に損害賠償および前払いのサーバー使用料の返還を命じる東京地裁判決が出た[63]。翌2019年4月25日には、「8chan（8ch.net）」のTwitterアカウント（@infinitechan）において「東京高等裁判所にて一審判決を破棄し、東京プラス社の請求がすべて棄却された」という趣旨の発表がなされた[64][65]。2019年12月4日、「5channel (5ch.net)」のTwitterアカウント（@5chan_nel）において「最高裁判所での上告棄却により、東京プラス社の請求がすべて棄却された東京高裁判決が確定した」という趣旨の発表がなされた[66]。

2020年10月27日、8chan（現・8kun）創設者でありワトキンスのビジネスパートナーであったフレドリック・ブレンナンは「5ちゃんねる」への名称およびドメイン変更の理由について「西村博之はUFMJRA（統一外国金銭判決承認法。アメリカ合衆国法）を用いた2ちゃんねるの差し押さえを画策しており、それを回避するための物だった」という見解を述べている[67]。

ジャーナリストの清義明は、ウェブサイトの持つ所有権の不透明性を利用して「2ちゃんねるは脱法ビジネスのごとく運営されてきた」と指摘しつつ、管理権紛争をめぐる判決結果をもとに「2ちゃんねるとは誰なのか」ということについて次のように総括した。2ちゃんねるは、サーバーに蓄積されたデータのことなのか、それともサイトのドメインのことなのか、または商標のことなのか、それとも西村博之本人のことなのか。仮に会社が運営しているとしたら、パケットモンスター社というペーパーカンパニーなのか。ウェブサイトとは誰なのかという不透明性を利用して、様々な脱法ビジネスが繰り広げられたということである。この正解は誰にもわからない。ただ最高裁までいった2ちゃんねる乗っ取り裁判では、サーバーの所有者でありドメインも保有しているジム氏に軍配があがった。この判例が現在はすべてである。 ? 清義明 (2021年3月26日). “Qアノンと日本発の匿名掲示板カルチャー【2】西村博之とジム・ワトキンスの2ちゃんねる骨肉の争い／下”. 論座（RONZA）. 朝日新聞出版. 2021年3月26日時点のオリジナルよりアーカイブ。2022年9月22日閲覧。

この間、ひろゆきは2ちゃんねるの所有権をめぐる訴訟以外に、2ちゃんねるの商標権をめぐる損害賠償請求をワトキンス（Race Queen Inc.）に起こしている。これは、ひろゆきが所有する「2ch」「2ちゃんねる」の商標権をRace Queen Inc.が2014年のサイト乗っ取りから2017年にサイト名を改称するまでの間、不当に侵害していたとして損害賠償1億7500万円、およびドメイン名（2ch.net）の使用を中止するまで月額500万円を支払うように求めたものである[68]。

2019年12月24日、「Race Queen Inc.」のTwitterアカウント（@RQueeninc）は「西村博之側の請求が棄却されるとともに、2ちゃんねるの商標法上の先使用権が認められた」という趣旨の発表を行った[69]。

翌2020年、Race Queen Inc.が「2ちゃんねる」の名称を使うことを禁ずる判決が出た。しかし、それ以外の損害賠償請求は棄却されたため、これを不服としたひろゆきは判決直後に控訴した。この裁判は2023年現在も両者間で係争中である。なお、この裁判ではジム側の証人として当時の2ちゃんねる関係者がサイトの運営実態にまつわる赤裸々な証言を行っており、たとえば「FOX★」こと中尾嘉宏は陳述書の中で、2ちゃんねるが転送量増大でサーバーが落ちかけたのをUNIX板の住人が救った2001年の「8月危機」について「事実と異なる部分が多数あります」とし、実際はジムと提供してきたサーバーが広告料の見返りに合わず、サーバーを落としたのが真相だと述べている[68]。
まとめサイト・転載禁止

2007年12月、ニュース速報板に立てられたスレッド（スレ）を、アフィリエイト広告などを設置して営利目的で無断転載するまとめブログが増え、スレ住人の間でその是非を巡る議論が高まったことを受け、当時の2ちゃんねる管理人であるひろゆきがニュー速（嫌儲）板を新設した。

2012年5月、情報の真偽を確認せず2ちゃんねるの書き込みを転載し、間違った情報を広めてしまうまとめサイトに対して未だ抗議があった[70]。またスレッドの文脈を無視した編集がされる場合があり、時には本来存在しなかった書き込みが捏造される場合もあった。これについて当時の2ちゃんねる管理人であったひろゆきは、特に悪質とされた複数のまとめサイト[注釈 2]に対し、名指しで転載禁止の処置を取った[71][72]。