6月には東芝クレーマー事件が起き、発言の場を求めるネットユーザーが多く、また、あめぞうのサーバーが不調であったことから、2ちゃんねるにも利用者が集まった。2000年5月3日には西鉄バスジャック事件が起き、犯人が2ちゃんねるの利用者であったことから、マスコミで取り上げられ、急激な利用者の増加を招く。2001年8月には転送量の増加により運営が困難になり、多くの掲示板が停止される事態になったが、掲示板システムの改良により閉鎖は免れた（「8月危機」）[1]。
この頃からサーバーの運営費を稼ぐため、2ちゃんねるは事業化の道を進む。2002年5月には有料登録システム2ちゃんねるビューアが導入され、他にも検索サービス（2ちゃんねる検索）、プロバイダー事業[4]も手がけるようになった。
設立数年で2ちゃんねるの利用者は急増したが、それとともに犯罪予告なども多く見られるようになったことに対応して、匿名掲示板を謳い利用者のIPアドレスなどの接続情報を記録しない方針は転換され、2003年1月8日に利用者のIPアドレスを記録する方針を発表し、完全な匿名掲示板ではなくなっている[1]。
管理権限紛争「西村博之#2010年代―2ちゃんねるの管理権限紛争と4chan管理人への就任」および「西村博之#2ちゃんねるの商標権をめぐる損害賠償請求訴訟」も参照
2014年2月19日、2ちゃんねるの実質的管理権限が何らかの理由により「ジム」に移転、「ジム」が2ちゃんねるの実質的管理者となる。「ジム」と思われる人物の主張によれば『「N.T.Technology」会長ジム・ワトキンスがサーバー料金の未払いを理由に当時の運営陣である「ひろゆき」らを全員解任し、管理人にワトキンス本人とその親族が就任する』と言う主旨の発表であった[5][6]。
4月1日、「ひろゆき」は運営から外されたことについて「違法な乗っ取り行為である」と宣告し、「2ちゃんねる（2ch.sc）」という名称の電子掲示板を設立。自身が管理人に就任した[7][8][注 3][注 4]。
2015年9月、「ひろゆき」はジム・ワトキンス（以下「ジム」）を相手取って日本において訴訟を起こしたことを表明した[14]。
2016年5月-7月、日本国内における「2ch」「2ちゃんねる」の商標権を「ひろゆき」が取得し[15][16] た。そのいっぽうで、世界知的所有権機関（WIPO）は「2ch.net」のドメイン不法占拠の「ひろゆき」による申し立てを却下した[17][注 5]。これにより、日本国内における「2ch」「2ちゃんねる」の商標権は「ひろゆき」が、ドメイン「2ch.net」の管理権限は「Race Queen」が保持している状況となった[17]。
2017年10月1日、「ジム」は、2ちゃんねるを「Loki Technology社」に譲渡すると発表した。西村博之からの妨害行為により、ユーザーに「安全かつ快適な利用を提供することが困難になったためとしている[19][リンク切れ]。譲渡先とされた「Loki Technology社」は、『権利関係で無用な紛争を生じさせないため、掲示板を新たに「5ちゃんねる（5ch.net）」として運営する』ことを発表した[20]。これにより2ちゃんねる（「2ch.net」）は5ちゃんねる（「5ch.net」）へと名称およびドメイン名が変更された。
2018年6月22日、「ひろゆき」が代表取締役を務める「東京プラス株式会社」が原告となり「NTテクノロジー社」を相手取った民事訴訟で、NTテクノロジー社の債務不履行を認め、同社に損害賠償および前払いのサーバー使用料の返還を命じる東京地裁判決が出る[21]。
2019年4月25日、8chan（8ch.net）のツイッターアカウント（@infinitechan）が「東京高等裁判所にて一審判決を破棄し、東京プラス社の請求がすべて棄却された」と言う趣旨のコメントを発表した[22][23]。
2019年12月4日、5ちゃんねる (5ch.net）のツイッターアカウント（@5chan_nel）が「最高裁での上告棄却により東京プラス社の請求がすべて棄却され、東京高裁の判決が確定した」と言う趣旨のコメントを発表した[24]。
一連の訴訟についてルポライターの清義明は、確定判決に決定的な影響を及ぼしたのは「ひろゆき」と「ジム」の間に契約書が存在しなかったという事実であり、これによって「『ひろゆき』から『ジム』への送金は『サーバー使用料の支払い』ではなく『仲間内での収益の分配の延長』と判断することもできる」という判決が出たと分析している[25]。
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