舎利殿（金閣）は古社寺保存法に基づき1897年（明治30年）12月28日に「特別保護建造物」に指定され、1929年（昭和4年）7月1日の国宝保存法施行に伴い（旧）国宝に指定された。また、1904年（明治37年）から1906年（明治39年）に解体修理が行われた。庭園は史蹟名勝天然紀念物保存法（文化財保護法の前身の1つ）により1925年（大正14年）10月8日に史跡・名勝、文化財保護法により1956年（昭和31年）7月19日に特別史跡・特別名勝に指定されている。

1935年（昭和10年）には、満洲国の皇帝である愛新覚羅溥儀が、国賓として来日した際、鹿苑寺を訪れている。

1950年（昭和25年）7月2日未明、放火により国宝の舎利殿（金閣）と安置されていた仏像等を焼失する（金閣寺放火事件）。文部省文化財保護委員会と京都府教育委員会で協議が行われ、国宝指定の解除と金閣再建の援助が決定された。再建費用として、政府からの補助や全国各地からの寄付により約3000万円（当時）が集められ[17]、1952年（昭和27年）着工、1955年（昭和30年）竣工。同年10月10日に落慶法要が営まれ、創建当時の姿に復元された。

1986年（昭和61年）から1987年（昭和62年）に金閣の「昭和大修復」が行われたほか、1997年（平成9年）に茶室「夕佳亭」の解体修理、2005年（平成17年）から2007年（平成19年）に方丈の解体修理も行われている。

1994年（平成6年）12月、当寺が構成要素のひとつとなったユネスコ世界遺産（文化遺産）「古都京都の文化財」が登録された。

2003年（平成15年）茶室「常足亭」 にチタン屋根を用い、最新技術を伝統建築に融合させた代表例となっている。

鏡湖池と金閣

雪化粧した神秘的な金閣

金閣（北東から）

舎利殿（金閣）

焼失前の金閣

焼失前の金閣（1893年）

焼失前の金閣をデザインした絵葉書（1905年）

焼失直後の金閣（1950年7月2日）

建築形式と間取り

金閣は木造3階建ての楼閣建築で、鹿苑寺境内、鏡湖池（きょうこち）の畔に南面して建つ。屋根は宝形造、?（こけら）葺きで、屋頂に銅製鳳凰を置く。3階建てであるが、初層と二層の間には屋根の出を作らないため、形式的には「二重三階」となる。初層は金箔を張らず素木仕上げとし、二層と三層の外面（高欄を含む）は全面金箔張りとする。三層は内部も全面金箔張りである（床面を除く）。初層と二層の平面は同形同大で、正面5間、側面4間とする（ここで言う「間」は、長さの単位ではなく、柱間の数を表す）。初層と二層は通し柱を用い、構造的にも一体化している[18]。三層は一回り小さく、方3間である。

初層は「法水院」と称し、正面の一間通りを吹き放しの広縁とし、その奥は正面5間、側面3間の1室とする。正面の5間は等間ではなく、西から2間目（本尊を安置する位置）の柱間が他より広くなっている[19]。この室の正面は5間とも住宅風の蔀戸とし、両側面（東・西面）はそれぞれ前寄り1間を板扉、後寄り2間を土壁とする。背面（北面）は5間とも土壁である。以上の土壁には腰貫を通す。うち、北面の腰貫は建物の外側から見えるが、東・西面の腰貫は室内側にしか現れない[20]。

初層の西側には、池に張り出して、「漱清」と称する方1間、切妻造、吹き放しの小亭が付属する。初層室内は1室とするが、天井に設けられた仕切りによって、西側の間口3間の部分と東側の間口2間の部分とに、ゆるやかに区切られる[19]。西寄り3間の部分は、奥に須弥壇を設け、壇上中央に宝冠釈迦如来坐像、向かって左に法体の足利義満坐像を安置する[21]。床は板敷、天井は鏡天井とする[21]。

二層は鎌倉時代の武家造りの建築様式で「潮音洞」とよばれ、四周に縁と高欄をめぐらし、外面と高欄を全面金箔張りとする。西側は正面の間口3間、奥行1間分を吹き放しの広縁とし、その奥に位置する方3間を仏間とする。東側は正面2間、側面4間の1室とし、仏間との間は遣戸で仕切られる。仏間正面は中央間が両開き板戸、両脇間は上部を格子窓、下部を腰壁とする。仏間内部は、須弥壇上に観音菩薩坐像（岩屋観音）を安置し、須弥壇周囲には四天王像が立つ[22]。壁と床面は黒漆塗とし、天井には飛天像を描く。広縁は床を黒漆塗とし、天井には鳳凰を描く[23]。東側の室は、正面側2間と広縁境を舞良戸とする。東室の内部には初層から三層をつなぐ階段があり、上り階段は三層の北側の縁に通じている。二層の東面と西面はすべて板壁とし、北面は西から2間目（須弥壇の背後）を板扉とするほかは板壁とする。

三層は唐様の禅宗仏殿造で「究竟頂」（くっきょうちょう）とよばれ、方3間の1室で、仏舎利を安置する。初層が蔀戸を用いた寝殿造風、二層が舞良戸、格子窓、長押を用いた和様仏堂風であるのに対し、三層は桟唐戸、花頭窓を用いた禅宗様仏堂風とする。高欄も二層のそれが和様であるのに対し、三層のそれは逆蓮柱を用いた禅宗様である[24]。三層の柱間装置は東西南北とも同じで、中央間を桟唐戸、両脇間を花頭窓とする。三層は天井や壁を含め内外ともに金箔張りで、縁と内部の床面のみ黒漆塗とする[25][26]。「究竟頂」の扁額は後小松天皇の宸筆である。

修繕の様子（1955年秋）

三層の桟唐戸、火灯窓、禅宗様高欄

屋上の鳳凰像

初層内部（宝冠釈迦如来像と足利義満像がみえる）

放火事件（昭和25年7月2日）からの再建

鹿苑寺金閣は国宝保存法により国宝に指定されていたが、1950年（昭和25年）7月2日未明、学僧・林承賢（当時21歳）の放火により炎上（金閣寺放火事件）。国宝金閣（舎利殿）は全焼、国宝足利義満坐像、伝運慶作の観世音菩薩像、春日仏師作の夢窓疎石像等10体の木像等も焼失した。林は寺の裏山で自殺を図ったが一命を取り留めた。彼の母親は事情聴取のために京都に呼ばれ、その帰りに保津峡で投身自殺した。この事件は川端龍子の日本画『金閣炎上』、三島由紀夫の小説『金閣寺』、水上勉の小説『五番町夕霧楼』・『金閣炎上』の題材にもなっている。なお、頂上にあった鳳凰及び「究竟頂」の額は火災以前に取り外されていたため、焼失を免れて現存し、このうち金銅鳳凰は1999年（平成11年）に京都市指定文化財に指定されている[27]。なお、当事件にいち早く取材に駆け付けたのは、産経新聞京都支局の福田定一（後の作家・司馬遼太郎）記者である。

再建金閣は、消失後に故・村上慈海住職らの再建托鉢に始まり、やがて村田治郎らの指導で1952年（昭和27年）から再建に着手し、1955年（昭和30年）に落慶したものである。焼失前の金閣は1904年（明治37年）から1906年（明治39年）にかけて解体修理が行われていた。再建金閣は、この解体修理時に作成された図面をもとにして、焼失前の建物の構造・意匠を基本的に踏襲している。

焼失前の金閣は三層のみに金箔が残り、二層には全く金箔が残っていなかったが、再建金閣では三層のみならず二層の外面も全面金箔貼りとしている[28]。これは、次のような根拠に基づくものであった。明治時代の金閣の解体修理の後、再使用されなかった二層の隅木（屋根の四隅に用いられる斜材）の部分が別途保存されており、花入れに加工されて別途保存されていた。昭和25年の金閣炎上後は、この花入れ（旧二層隅木の一部）が唯一の焼け残った部材となり、この部材に金箔が押されていたことから、再建金閣では二層も金箔貼りとすることになった。建築史家の宮上茂隆は、もっとも風雨にさらされやすい部材である隅木のみに金箔が残っているのは不自然であるとし、二層には本来金箔は貼られていなかったとする[29]。また、焼失前の金閣では二層の東面と西面の中央に連子窓が設けられていたが、再建金閣では二層の東・西面はすべて壁となっている[30]。

現在の金閣は、前述のように明治37年から39年の解体修理の際に作成された旧建物の詳細な図面や写真・古文書・焼損材等の資料を基に、昭和27年3月22日から3年を掛けて復元再建されたもので[31]、昭和30年10月10日に落慶法要が営まれた。