貝の一部に「貝毒」と言って毒素を持つ藻類の毒を蓄積するものがある。直接貝類を食す以外にも、ハタなどの貝を餌とする魚を食べて貝毒に当たる場合がある。
フグは一般に内臓にテトロドトキシンを持っている。
病原性微生物・寄生虫
魚介類に含まれる細菌は冷蔵庫の温度では活動を抑えることができないため、食肉に比べ劣化しやすく食中毒のリスクが高い。例えば、サバ属の魚は冷蔵不十分な状態にあるとヒスタミン産生菌が増殖しヒスタミン中毒を起こす場合がある。貝類はその食生から細菌やウイルスを吸着しやすく、コレラや腸チフスの感染源となる場合がある。
魚介類を宿主とする寄生虫で人体に有害なものはアニサキスやサナダムシなど50種以上存在する。寄生虫は加熱や冷凍に弱いため、60℃以上の加熱調理するか、-35℃で15時間もしくは-27℃で7日間冷凍すれば完全に死滅する。同様の加熱調理で細菌も死滅させることができるが、ヒスタミン中毒のように調理以前に細菌が出した化学物質自体は加熱調理では除けない場合もある。
他
なお、あまりに火であぶりすぎて炭のように黒焦げにすると発がん性物質が発生することがあるが、これはすべての食品について言えることで、魚介類に限った話ではない。 魚介類の漁獲・加工・流通などを行う産業を（総合的に）研究対象としているのが水産学であり、それを研究しているのは水産学者である。 この節には独自研究が含まれているおそれがあります。問題箇所を検証し出典を追加して、記事の改善にご協力ください。議論はノート 魚介類は、分類上、複数の門にまたがる。
学問
生物分類.mw-parser-output .ambox{border:1px solid #a2a9b1;border-left:10px solid #36c;background-color:#fbfbfb;box-sizing:border-box}.mw-parser-output .ambox+link+.ambox,.mw-parser-output .ambox+link+style+.ambox,.mw-parser-output .ambox+link+link+.ambox,.mw-parser-output .ambox+.mw-empty-elt+link+.ambox,.mw-parser-output .ambox+.mw-empty-elt+link+style+.ambox,.mw-parser-output .ambox+.mw-empty-elt+link+link+.ambox{margin-top:-1px}html body.mediawiki .mw-parser-output .ambox.mbox-small-left{margin:4px 1em 4px 0;overflow:hidden;width:238px;border-collapse:collapse;font-size:88%;line-height:1.25em}.mw-parser-output .ambox-speedy{border-left:10px solid #b32424;background-color:#fee7e6}.mw-parser-output .ambox-delete{border-left:10px solid #b32424}.mw-parser-output .ambox-content{border-left:10px solid #f28500}.mw-parser-output .ambox-style{border-left:10px solid #fc3}.mw-parser-output .ambox-move{border-left:10px solid #9932cc}.mw-parser-output .ambox-protection{border-left:10px solid #a2a9b1}.mw-parser-output .ambox .mbox-text{border:none;padding:0.25em 0.5em;width:100%;font-size:90%}.mw-parser-output .ambox .mbox-image{border:none;padding:2px 0 2px 0.5em;text-align:center}.mw-parser-output .ambox .mbox-imageright{border:none;padding:2px 0.5em 2px 0;text-align:center}.mw-parser-output .ambox .mbox-empty-cell{border:none;padding:0;width:1px}.mw-parser-output .ambox .mbox-image-div{width:52px}html.client-js body.skin-minerva .mw-parser-output .mbox-text-span{margin-left:23px!important}@media(min-width:720px){.mw-parser-output .ambox{margin:0 10%}}
脊索動物 - 魚類（軟骨魚類、硬骨魚類）、哺乳類（クジラ）、無顎類（ヤツメウナギ）、ホヤ
軟体動物 - 貝類、頭足類（タコ、イカ）
棘皮動物 - ウニ、ナマコ
節足動物 - 甲殻類（エビ、カニ）
刺胞動物 - クラゲ
出典[脚注の使い方]^ a b c 「魚介類」『広辞苑』第6版
^ a b 塩田雄大 (2003年6月1日). “魚介類？ 魚貝類？ - 最近気になる放送用語
^ a b c ⇒seafood Encyclopaedia Britannica
^ Sea 1.2 Lexico
^ 国内銀行初、横浜銀行の社員食堂に「サステナブル・シーフード」導入、食堂運営受託のグリーンハウスと協働 食品産業新聞社 ニュースWEB（2019年6月13日）2020年3月1日閲覧
^ 生鮮食品品質表示基準 2006年2月28日、農林水産省告示第210号
^ 例： ⇒農林水産省・農林水産物円滑化推進事業・海外貿易制度等調査報告書・ロシア編・市場特性
^ ⇒商標法・類似商品役務審査基準・第29類
^ ⇒The State of World Fisheries and Aquaculture 2016（国際連合食糧農業機関 FAO）pdfファイル。