魔法少女が感情に基づいて行動するのに対し、マスコットは理性の役割をし、彼女たちをたしなめ諭そうとする。両者はしばしば喧嘩するが、魔法少女は助言から学ぶことで感情を制する術を身につけていき、マスコットの側も感情から出た行動が困難であっても正しい道に通じることを理解していく。ここで重要なのは、ほとんどのマスコットが男性であることである（複数マスコットの場合は必ず男性が含まれるが、『美少女戦士セーラームーン』の「ルナ」など例外もある[注 5]）。

魔法少女とマスコットの関係は、夫婦や親友同士のように、意思の疎通と理解こそが良好な関係を築く秘訣であることを示している[4]が、『魔法少年マジョーリアン』に登場する「ジェン太」と「ダー子」や、『魔法少女まどか☆マギカ』（2011年）の「キュゥべえ」のような、魔法少女を言葉巧みに誘導して己の目的を果たさせようとする、邪悪なマスコットも存在するので、その関係性は元来の友達的な単純な構造ではなくなりつつある[注 6]。

また、1990年代の『美少女戦士セーラームーン』以降、「バトル」をメインとした（またはバトル要素も含む）魔法少女も確立された。『スーパードール★リカちゃん』（1998年-1999年）のように主人公が戦わず、マスコットである「ドールナイツ」が代わりに戦う作品や、『魔法騎士レイアース』（1993年-1996年）のように巨大ロボットが登場して戦う作品もある。
能力の制限と決別

魔法の力には制限が課せられていることがある。使える期間は1年間だけ、秘密を知られてはならない、などの例がある[4]。逆に『ミンキーモモ』（「空モモ」「海モモ」）のように、現世へ枯渇しつつある魔法の力を復興させようと働くこともあるが、健闘空しく、途中で魔法の力が失われてしまい、魔法能力を喪失する事例もある。

魔法少女が特別な力を捨てて普通の女の子に戻ることを望む場合がある。これは、「普通」で「平均的」であることは決して悪いものではなく、ただ「自分であること」が何よりすばらしいことなのだ、という理想を示している[5]。そして『魔法のスターマジカルエミ』（1985年-1986年）の「香月舞」のように、他者から授かった魔法の力に頼らず、「己の力で夢を叶えるため」に魔法少女を辞める例も多い。

また『奥さまは魔法少女』（2005年）や『美少女戦麗舞パンシャーヌ』（2007年）のように、魔法少女が引退後、成人になった後、何等かの原因で再び魔法少女となる作品もある（中には『魔法少女さんだいめっ』（2018年）の「ぷるりら☆遥奈」みたいに、成人後も引退せずに母親になっても魔法少女を続けている例も）。この場合、魔法少女へ変身する際に自分の正体を隠す必要から起こる夫婦生活[注 7]や、自分の産んだ子供に対するジレンマなどが主なテーマになることが多い。
「魔女っ子」という表現

「魔法少女」と同義として用いられる「魔女っ子」については、東映アニメーションが2002年6月に商標登録出願し、2003年5月に登録商標として認められている（登録4673664）。このため固有名詞扱いとして放送メディアではこの言葉が使われる機会が少なくなっているが、世間一般では一般名詞的に使われているだけでなく、作品名でも『魔女っ子モモカ』（磁ロックス作、2007年）あるいは「魔女っ娘」「魔女っこ」と「子」の表記を変えた作品が発表されている[6]。
魔法少女ジャンルの歴史
1960 - 1970年代

日本の魔法少女作品は、横山光輝原作で、東映動画によりアニメ化された『魔法使いサリー』（1966年）がジャンル第一作であるとされている[7]。『サリー』では、人間の世界にやってきた大魔王の娘「サリー」を取り巻く人間模様と、魔法を使っての人助けを軸とした人情ドラマをメインとしている。『サリー』を皮切りに、東映製作で1980年代初頭まで断続的に放送された魔法少女作品群は、現在では「東映魔女っ子シリーズ」と総称されている。

サリーに続いて東映動画でアニメ化された赤塚不二夫原作の『ひみつのアッコちゃん』（漫画1962年、アニメ1969年）では、鏡の精から魔法のコンパクトを授かった人間の少女「鏡アツ子」（後の作品では「加賀美あつ子」）が登場する。ここに、『サリー』の「異世界からの訪問者」という設定に対し、『アッコ』の「魔法の力を授かった人間の少女」という設定が示され、以後の魔法少女アニメに於ける「先天型魔法少女」「後天型魔法少女」の二大主流ジャンルの原型が確立された。もっとも、同時期に流行した「変身ヒーロー」が人間から超人へ変身する以外に設定上の共通点を持たないように、東映の魔女っ子アニメは「魔女っ子＝不思議な力を持つ少女」つまり「魔法少女の類型」を踏襲した少女が活躍するエブリデイ・マジック作品であった事実は後々まで様々な派生作品（戦闘美少女系を含む）を生み出す源になる。

また、『魔法使いサリー』のすぐ後にこちらはアメリカ映画『メリー・ポピンズ』の影響で同じ横山光輝原作（原画）の『コメットさん』（1967年）[注 8]が実写メディアで製作されている。この時期、児童向けの映像作品はアニメーションと実写の児童向けドラマも同様に展開されており、NETでは1969年に『ひみつのアッコちゃん』と平行して土曜には『魔女シリーズ』として魔法少女アニメの祖となったドラマ『奥さまは魔女』を放送し、同放送枠で海外魔法ドラマ『かわいい魔女ジニー』【第2シリーズ】や松竹製作の『魔女はホットなお年頃』（1970年）と2年にわたって魔法物のドラマを放送した。この枠は『仮面ライダー』にとってかわられるが、その影響を受ける形で『仮面ライダー』の作者の石ノ森章太郎原作の『好き! すき!! 魔女先生』（1971年）において、魔法少女に入るのかは微妙だが（主人公の「月ひかる」は若いが、成人かつ超能力宇宙人なので）、アニメに20年先駆けて美少女戦士（アンドロ仮面）が登場している。