体が傷ついても時間が経てば回復する。雪中でも生命を維持し、放射能も平気、潰されたり切り刻まれたりと、どんな姿に変形させられても生気さえ失われていなければ生来の驚異的な再生能力で自然回復できる。左目だけは再生していないが、この左目についても赤子の際に水木によって潰された説と、生まれつき潰れていたという説が存在する。のびあがりによって木にされた際も、本来ならば身動きできない筈が、自ら木に花と実を咲かせてその中から割って出た[65]。自分を食べた敵を操る事は容易で、敵の毛穴から汗として脱出、復活という離れ業を披露したことも。

逆にこうした能力を持つために、陥る危機は他のヒーローとは桁違いに過酷なものも少なくなく、カマボコにされてしまったことさえある。なお、上記のような再生能力が追いつかないほどの重傷を負った場合は恐山の妖怪病院に入院する。
身体能力・生命力

人間とは比較にならない身体能力を持ち、怪力、ジャンプ力、走力、耐久力等を発揮する場面はこれまで度々見られた。設定上では肺は水中でも呼吸できるとされ、真空状態でも活動可能だといわれている[66]。肺活量も尋常でなく、体がバルーン状になり浮遊するほどに空気や水を取り込んだり、逆に風に吹かれて飛ばされるほどに薄く潰されても平気である。目は地上から火星の生物を見ることができ、心臓は永久に動くとされる[67]。

上記の通り、妖怪の常識からも逸脱した不死身に等しい生命力[注 62]と驚異的な再生力、肉体変化と能力の多様性を持つ。体内のエネルギー袋なる器官にエネルギーを蓄えることで、1ヶ月の絶食状態でも通常と同様の力を発揮できる[66]。原作『鬼太郎国盗り物語』では目玉おやじ共々、飲まず食わずで十年間もの間活動できることが明らかになっている[68]。
怪力
人間を遥かに上回る怪力や身体能力を発揮する場面はこれまでに多々見られている。いくつかの事例を挙げると、『最強妖怪軍団!日本上陸!!』では画皮[注 63]を大岩に叩きつけて気絶させ、第4作14話では蟹坊主と共に巨大海竜みずちの動きを綱引きの状態で足止めしたり、第5作47話では地獄の鍵を無断で使用した罰として天狗ポリスの規則を破った黒鴉と共に巨岩を何日も持ち上げさせられていたが談笑する程度の余裕は見せていた[注 64]。
パンチ
第6作では、ちゃんちゃんこをグローブ代わりにしてパンチをする場面が多い。素手のパンチも48話で地面を陥没させるほどの威力を見せた。
手刀
その名の通り手刀（チョップ）で物を叩き斬る。『鬼太郎国盗り物語』で使用[69]。
穴掘り / モグラの術
地中に瞬時に潜って相手の攻撃を避ける。「猫仙人」で多数の猫たちに襲われた時に初使用。「妖怪城」のたんたん坊戦でもこれを使って痰攻撃から逃れた。第4作20話では人食い島に踏まれた状態から脱出する為に水中で使用しており、第5作41話でも舞首に潰される寸前に使用した。
血・精気の吸収
敵の血や妖力などを吸い取りダメージを与えて自分が回復する[70]。
肉体の一部を使った能力
肉体変形
手足を伸ばしたり膨らむ、紙のように薄くなったり、ダンゴ虫のように丸まる、顔を変えるなど自由自在に変形する。足首など体の一部（『おりたたみ入道』）や豆粒状（『国盗り物語』第21話）の形に体を縮められるが、普段の人型のまま縮められるかまでは判明していない。潰されたり首を切り落とされても死なず、そこから復活したり、胴体だけで行動もできる。頭や顔面だけで行動することも可能だが、地獄編で魔人（ミミズ男）に首を切り落とされた際には、首だけでは戦う力が残っていないので油すましの魂を借りて戦った[注 65]。
変化
『逆さ首』では、念力による細胞のコントロールで人間の少女・よし子に擬態し、逆さ首三姉妹の策略で食らったマムシの毒入りの血を彼女達に吸わせる事で退治している。第4作58話でも、顔面をねずみ男そっくりに変えていた。トランクなど道具に変身する場面もある。
液体化
さざえ鬼に食われた後に毛穴から汗として脱出・復活したり、第4作111話では八百八狸軍団の操る妖怪獣（蛟竜）を胃液で倒した際に自力で復活した。
氷流し
液体化して相手の脳に入り込み、操って北極の氷に閉じ込める。『妖怪獣』で大なまずに対して使用。反動として、鬼太郎は自力で復帰できないばかりか赤子の姿に戻る。
妖怪風船 / 強風・水鉄砲
バルーン状に膨れるほどの大量の空気や水を体内に取り入れて吐き出す。前者は第5作75話「見上げ入道の妖怪学校」、後者は第26話「妖怪アイドル!?アマビエ」などで使用している。
空気ポンプの術
空気を吸って丸く膨らむ。その逆で、潰されてペラペラになっても限定的に行動できる場合もある。応用して（膨らんだ状態でもペラペラでも）空も飛べる。『磯女』で使用。アニメ第5作では使用後に体が萎んでしまうが、空気を吸うと元に戻る。
硬質化
後述の通り、火炎放射を行う際に鬼太郎の体は鉄や鋼よりも頑丈になる。
究極防御ダンゴ型
『妖怪千物語』での術。磯女の胃液でも消化されない鬼太郎の究極の防御形態。空気ポンプの術に似ているが、自身で術を解くことはできず、さらに24時間以内に術を解かなければ死んでしまう。
秘術・亀の首
アニメ版地獄編第2話（第3作110話）で使用。首を斬られたと見せかけて胴に引っ込める。
八幡巻き
「カニ妖怪」で使用。一年に一度しか使えない捕縛技。アニメ第4作97話「追撃! 西洋妖怪四天王」でも、グリマルキンに対して似た技を使って捕縛し妖気を直接補充した。
カメレオンの術
擬態。保護色で周囲と同化できる。敵に察知されなくなる上、擬態化していない時ほどではないものの鬼太郎の側からはある程度攻撃できる（第3作第108話では草かまいたちに襲われた時に使用し、木の前で擬態化した状態でオカリナのロープで草かまいたちを捕まえ、そのまま擬態化を解いて草かまいたちを倒した）。
脱皮
敵の攻撃（主に粘着性の）を受けた際に表皮を脱ぎ捨て、カメレオンの術を併用して敵の不意を突く。「めんこ天狗」で初使用。
カメレオン舌
ピンチに陥ったときに発動。舌が長く伸びて敵を捕獲出来る。先祖から伝わっているものが失われようとしたら自動的に敵に巻きつく。『まくら返し』で使用。後に自由に使えるようになった。
コブおとし / コブ返し
叩かれて頭にできた瘤を敵に向けて発射する。『泥田坊』で使用。
リモコン手
切断された手を自由に遠隔操作できる。主に諜報活動に使用し、時には自ら切り落とすこともある。『手』で初登場。アニメには第2作第29話の『ダイダラボッチ』、墓場鬼太郎の『怪奇一番勝負』のみに登場。例外的な応用として、第4作第21話『白粉婆とのっぺらぼう』で白粉婆の顔面が取れる白粉を使って、顔面だけで白粉婆のアジトを突き止める潜入捜査をした。また、自らが霊界に封印されてしまっていても、片手だけが現世に残って敵を強襲、止めを刺したこともある。『手の目』で手の目に手を操られた時は手を自ら切断し[注 66]、その手は操られたまま行動し手の目の居場所を突き止めた。
鬼太郎つき
リモコン手（アニメ第3作では魂）を相手の毛穴から侵入させ動きを自在に操る。『（妖怪）ぬらりひょん』（アニメでは第1作第12話）で初登場。
歯の機関銃
歯を機関銃のように連射して敵を倒す。妖怪いやみを倒す時一度だけ用いられた。
消化液
胃液
強力な酸の胃液であらゆる物を溶かす。溶けないのは鬼太郎の胃袋と内部に飼っている蛇のみ。『妖怪獣』で初使用され、鬼太郎を踏み潰した妖怪獣を自分ごと溶かした。第1、3作では一反木綿の再生粉末で不完全ながらも復活するが、再生粉末がない第4作では自力で完全に復活した。原作の、たとえば地獄編での対魔人戦のように、首と胴体が離れている場合には胴体側の切り口（首）から大量の胃液を噴出したり、大ムカデを溶かした際には口から吐いただけで自らは溶けていない。胃腸が人間より格段に丈夫なため、原作や第2作まではゴミ箱から摂食しても食中毒しない。ただし第3作以降はゴミを漁らず、第6作90話ではねずみ男に傷んだ寿司を食わされ食中毒で倒れて寝込んでしまった。
風船
胃液と唾液を混ぜてシャボン玉のような皮膜風船を作る。中に入って空を飛び、攻撃も防げる。『大首』で使用。『つきもの』では、人間に憑いたつきものを追い出すのに使用。宿主を風船に閉じ込めると、つきものは苦しがって飛び出した。アニメ第3作では「妖怪風船ガム」という道具に置き換えられ、人間である夢子を異界（46話で賽の河原、85話で河童の隠れ里）へ赴く際に風船に入れて連れて行った。アニメ第4作103話では旧鼠の妖力を風船の膜で包み込み、無効化した。
その他の能力
火炎噴射
口から炎を吐いたり、飲み込んだ火を火炎放射器のように敵に吹きつける。妖力で火炎の威力が倍増する。その間鬼太郎の体は鉄や鋼よりも頑丈になる。漫画では自力で火炎を吹く場面もあり、アニメ1作では下記の原子炉発動の際に口から火炎放射を放っている[71]。アニメ3作では化け火に体内に入ってもらい、熱の放射や口からの火炎連弾といった合体技もある。5作では、後述の「地獄の鍵」を使った火炎放射の他、焦熱地獄の炎を一時的に宿した際に火炎放射や多彩な炎の攻撃や防御技を披露しており[72]、つるべ火に強い息を吹きかけることで火炎放射の代用としている[73]。
妖怪原子炉 / 熱放射 （熱線・火炎）
体内から高熱を発してまわりのものを溶かす。また、それを利用して口から高熱や熱線、火炎放射を吐きかける。『泥田坊』や『雪ん子』で使用。第1作48話では火炎放射を口から発していた。第3作28話「田を返せ!!妖怪泥田坊」では、弱った鬼太郎の体内に目玉おやじに頼まれた化け火が入り、鬼太郎が耐えられる限界の温度まで発熱し、体全体から強烈な熱と光を出して泥田坊たちを干からびさせた。
妖力の応用（妖力波放射 / 熱線 / 光線 / エネルギー波 / 武装 / 妖力・能力付与）
第2[54]、3[55]、4作で使用。体内で貯めた妖怪エネルギーを様々な形で撃ち出す技。咄嗟の場面で敵をひるませる事もでき、鬼太郎の怒りが上がるほど温度も上昇する。極めれば、攻守の他に味方の強化にも転用できる万能の技。指先から電撃や光線にして発射したり、高熱のエネルギー波を対象に直接注ぎ込んだり、氷属性の相手には懐中電灯の光のような高温の光線にして瞬時に吐き出し、凍った水中でも妖力波で自らを包んで保護したり敵に放射し攻撃する[74]。雪女や雪男を一瞬で倒した技で、分厚い氷の洞窟や妖力で作られた氷柱弾も一瞬で蒸発する。だが、この技で倒された雪男に駆け寄った雪ん子も副作用で溶けてしまった（妖怪なので落命せず、いずれまた復活する）[75]。マンモスフラワーに変化したねずみ男からマンモスフラワーを分離しようとした際にも使用したが、ねずみ男が熱がったので止めている[76]。