宝永2年（1705年）5月、頼職の兄で紀州藩3代藩主の徳川綱教が嗣子なく死去した[1]。このため、弟である頼職が跡を継ぐこととなり、6月に相続が認められた[1]。これにより高森藩は一旦廃藩となり、収公されている。なお、頼職は同年9月に死去し、弟の頼方が紀州藩を継いだために10月に葛野藩も廃藩となって領知は収公された[1]。
本庄松平家領

宝永2年（1705年）10月、遠州浜松藩主松平資俊の次男の松平宗長に、旧高森藩領のうち2万石が与えられ、高森陣屋を引き継いだ[1]。資俊は徳川綱吉の母である桂昌院の甥であり、宗長が新封2万石を与えられたのは同年6月に没した桂昌院の遺言によるという[1][5]。

松平頼職領時代（3万石）と松平宗長領（2万石）の差の1万石については、頼方に与えられて葛野藩は4万石に加増されたという説もあるが[6]、『福井県史』では幕府領のままであり、葛野藩廃藩後に幕府葛野陣屋の管轄下に入ったとされている[1]。

宗長は定府大名で領知に一度も赴くことなく、代官を派遣して藩領を治めた。宝永6年（1709年）に死去したため、弟の松平宗胡（6歳）を養子に立てて跡を継がせたが、宗胡も正徳元年（1711年）11月に死去したため、高森藩は無嗣断絶となった[1]。
後史

旧高森藩領は幕府領となり、高森陣屋はそのまま近隣幕府領の管理拠点となった[7]。享保5年（1720年）、越前国内の幕府領を福井藩預所とした際に、高森代官美濃部勘右衛門は福井藩に約4万4800石の管理を引き継ぎ[7]、陣屋は廃止された[注釈 4]。
歴代藩主
高森松平家

3万石 親藩（御連枝）
松平頼職（よりもと）従四位下。左近衛権少将。

本庄松平家

2万石 譜代
松平宗長（むねなが）

松平宗胡（むねひさ）

脚注[脚注の使い方]
注釈^ それ以前も頼職と頼方には2人同時で御目見や叙位等が行われている。元禄9年（1696年）4月14日に江戸城で綱吉に御目見し[3]、同年12月11日にともに従四位下左近衛少将に叙された（頼職は内蔵頭、頼方は主税頭に改めた）[4]。なお、『徳川実紀』では頼職を二男、頼方を三男として扱っている（夭折した二男の次郎吉が数えられていない）。
^ もとは紀伊国伊都郡学文路村（現在の和歌山県橋本市）の庄屋であるが、優れた灌漑技術者・地方巧者として元禄9年（1696年）に紀州藩の家臣に登用された[1]。
^ 宿老2人、代官1人、郡奉行2人、勘定役3人、地方手代7人、奉行組1人、出入同心9人、医師1人、勝手役2人[1]。
^ その後、明和元年に三河西尾藩（大給松平家）が越前国に大規模な飛地領（合計3万7000石[8]）を与えられ、丹生郡天王村（現在の越前町天王）に天王陣屋を置いて当地に当たった[8]。高森村を含む地域も西尾藩領に組み込まれ、以後幕末まで続いている。

出典^ a b c d e f g h i j k l m n o p q r “第一章＞第一節＞三＞高森藩と葛野藩”. 『福井県史』通史編4　近世二. 2022年5月13日閲覧。