2023年の第74回大会からは、4日制から25年ぶりに6日制へと再び戻された[8][9]。その上で、ガールズケイリンによる東西対抗のトーナメントが組み込まれ[10]、のちそのレースがガールズケイリン初のGI『パールカップ』として行われること[11]、大阪・関西万博に協賛することも併せて発表された。また、4年ぶりに入場制限も撤廃された[注 2]。

2024年の第75回大会は、令和6年能登半島地震を受け、令和6年能登半島地震復興支援競輪として実施される。
出場選手選抜方法

高松宮記念杯競輪の出場選手は、東西対抗の趣旨に則り、東地区と西地区に分かれて選抜される。

東地区…北日本地区・関東地区・南関東地区のいずれかに在籍する選手

西地区…中部地区・近畿地区・中国地区・四国地区・九州地区のいずれかに在籍する選手
「競輪#都道府県コード」も参照

毎回若干変更・修正されるものの、概ね以下の資格順位により正選手108名（東西54名ずつ）、補欠選手10名（東西5名ずつ）を選抜する[12]。

選考期間…前年10月?当年3月（6ヶ月）、選考月…4月、最低出走回数…24出走（但し変更になる可能性がある）

S級S班在籍者

過去3回以上優勝した者（開催時S級1班所属が条件）

選手選考対象期間において2ヶ月以上JCFトラック種目強化指定（A）に所属した者（開催時S級1班所属が条件）

平均競走得点上位者を東西別に順次選抜（同点の場合は賞金獲得額上位者を優先）

なお、補欠選手は正選手を除く平均競走得点上位者から東西別にさらに順次選抜される。
勝ち上がり方式

この大会は、他のどの競輪開催とも異なり、『高松宮杯競輪』となった1973年第24回大会以降は「東西対抗戦」の形式をとっているのが特徴である。

これは、準決勝までの勝ち上がり戦について、東日本（競輪の地区でいう北日本・関東・南関東、したがって静岡・長野・新潟以東）、西日本（中部・近畿・中国・四国・九州、したがって愛知、岐阜、富山以西）で分かれてレースを行い、準決勝を勝ち抜いた東西各4名及びワイルドカードとなる1名によって決勝戦が行われるというものである。

2023年の第74回大会より、それまでの4日制から6日制に拡張され、それに合わせた番組体系となった。一次予選は競輪祭・オールスター競輪と同じく2走合計でのポイント制となり、競輪祭と同じく一次予選においては特別選抜が廃止され全員フラットな条件からスタート。前半3日間のうち2走で獲得したポイントにより東西各36名の二次予選進出者を決定し、そのうち上位の東西各9名が4日目に行われる優秀競走（二次予選特別選抜）として白虎賞（西日本）・青龍賞（東日本）に進出する。5日目の準決勝は、東日本・西日本それぞれ2レースずつ行われ、すなわち合わせて4レース行われるのは全競輪の開催の中で唯一であり、決勝進出が確約される着順が2着以上となるのも特別競輪の中で唯一となっている。

なお、敗者戦は東西関係なく番組編成される。
2023年からの番組（勝ち上がり戦のみ）

初日0002日目0000003日目0000004日目0000005日目000最終日
東一次予選1（東）
（4）（2）
一次予選2（東）
（2）（4）二次予選（東）
（3）
青龍賞（1）準決勝（東）（2）
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西白虎賞（1）準決勝（西）（2）
一次予選2（西）
（2）（4）二次予選（西）
（3）
一次予選1（西）
（4）（2）
敗者戦00-00（4）（8）（11）

ポイント[13]1着2着3着4着5着6着7着8着9着棄権
一次予110987654321
一次予213119

5日目までの勝ち上がり戦については全て、西暦下1ケタが奇数の年は、奇数のレースでは西日本、偶数のレースでは東日本、それぞれのレースが交互に行われる。一方、西暦下1ケタが偶数の年は、奇数のレースでは東日本、偶数のレースでは西日本、それぞれレースが交互に行われる。

1 - 3日目
「一次予選」 2024年は初日が第1?第4レースと第9レース?第12レース、2日目は第1?第4レースと第7?第10レース、3日目は第1?第4レースと第7?第11レースで行われる[注 3]。各選手2回（1日目・2日目＜第7?第10レース＞、1日目・3日目、2日目＜第1?第4レース＞・3日目の3パターンのうちいずれか）出走し、東日本・西日本それぞれ合計ポイント1?9位が4日目の優秀競走（二次特別選抜予選）である青龍賞（東日本）または白虎賞（西日本）に進出、合計ポイント10?36位が二次予選進出。なお、獲得した合計ポイントが同一の場合は、選考順位上位の者が優先される。一次予選では現行のポイント制となってからはシードレースである特別選抜予選はなく[注 4]、また一次予選が行われる3日目までは、欠場選手が発生した場合でも選手の補充は行わないことになっている。

4日目
「二次予選」 第5?第10レースで行われる。各レース1?3着9名が「準決勝」進出。「白虎賞」 第11レースまたは第12レース（年次による）で行われる、西日本の優秀競走（二次特別選抜予選）。失格にならない限り、9名全員が「準決勝」進出。「青龍賞」 第11レースまたは第12レース（年次による）で行われる、東日本の優秀競走（二次特別選抜予選）。失格にならない限り、9名全員が「準決勝」進出。

5日目
「準決勝」 第9?第12レースで行われる。各レース1?2着8名と、3着4名のうち青龍賞又は白虎賞の上位入賞者（存在しない場合は二次予選の上位入賞者）1名が選出され「決勝」進出。

6日目（最終日）
「決勝」 最終レース。上位3着は表彰式で表彰台に上がることができる。また、優勝者には優勝インタビューやウイニングランなどが執り行われる。

一次予選では特別選抜競走がないため、出場選手全員が同じ条件で開催を迎える。また強制帰郷はないため、失格・途中欠場がなければ全員最終日に出走できる。
過去の勝ち上がり方式

2001年の第52回大会までは予選（一次予選、二次予選）と準決勝は東日本（関東・南関東以東）と西日本（中部以西）に分かれてそれぞれで勝ち上がりを行い、決勝では東西の各準決勝（東・西王座決定戦）の1?4着4人ずつと5着2名の中から競走得点上位1名が進出するという体裁だった。
2002年から2012年

2002年の第53回大会から番組が変更となり、東西対抗戦のタイトルこそ残しているものの、その前哨戦として2月に「東西王座戦」（GII）と題してそれぞれの地区でトライアル競走を開催し、その成績を基に本戦の出場を争う形となった。なお本戦はこれまでの東西の地区分けをせず他のGI競走と同じように勝ち上がりを行っていたが、2004年第55回大会からは一次予選および初日の特別選抜予選のみ東西地区分けが行われ、二日目以降は東西混合戦という形になった。

2004年から2012年の勝ち上がり方式 
初日?3日目は12レース、4日目（最終日）のみ11レースが行われる。

初日
「一次予選」 合計8レース（東西4レースずつ）行われ、各レース1着8名が「二次予選A」、2?3着16名と4着のうち平均競走得点上位3名が「二次予選B」進出。「選抜予選」 合計2レース（東西1レースずつ）行われ、各レース1?5着10名が「二次予選A」、6?9着8名が「二次予選B」進出。「青龍賞」（東）・「白虎賞」（西）　 一次特別選抜予選として、各1レースずつ合計2レース行われ、各レース1?4着8名と5着2名のうち選考順位上位1名は2日目の「龍虎賞」と、3日目の「準決勝」進出権利が同時に得られる。各レース5着2名のうち選考順位下位1名と6?9着8名は「二次予選A」進出。

2日目
「二次予選B」 合計3レース行われ、各レース1?2着6名が「準決勝」進出。「二次予選A」 合計3レース行われ、各レース1?4着12名が「準決勝」進出。「龍虎賞」 二次特別選抜予選として、最終レースに行われる。失格にならない限り、9名全員が「準決勝」進出。

3日目
「準決勝」 後半3レース。各レース1?3着9名が「決勝」進出。

4日目（最終日）
「決勝」 最終レース。上位3着までは表彰式で表彰台に上がることができる。また、優勝者には優勝インタビューやウイニングランなどが執り行われる。「特別優秀」 「決勝」の前に2レース行われる。「準決勝」各レース4?6着9名と、二次予選敗退選手による3日目「特選」各レース1?3着9名の18名により行われる。

その他、2日目以降に予選敗退者を対象とした「特一般」（2日目）、「一般」、「選抜」、「特選」（3日目以降）が開催される。

2013年から2016年

2013年の第64回大会から東西王座戦の廃止に伴いさらに番組が変更となり、初日の選抜予選が廃止され、二次予選もA・Bの分割予選がなくなり、勝ち上がり条件を3着までとする統一的な予選として行われることになった。なお、選抜予選の廃止により一次予選の勝ち上がり条件も緩和されている。

2013年から2016年の勝ち上がり方式 
初日?3日目は12レース、4日目（最終日）のみ11レース[注 5]が行われる。

 優秀 初日0002日目0000003日目000最終日
龍虎賞（1）準決勝（3）
青龍賞（1）
白虎賞（1）二次予選（6）00決勝（1）00
一次予選（10）
敗者戦00-00（5）（9）（10）


初日
「一次予選」 合計10レース（東西5レースずつ）行われ、各レース1~4着40名と5着のうち平均競走得点上位5名が「二次予選」進出。「青龍賞」（東）・「白虎賞」（西） 一次特別選抜予選として、各1レースずつ合計2レース行われ、各レース1?4着8名と5着2名のうち選考順位上位1名は2日目の「龍虎賞」と、3日目の「準決勝」進出権利が同時に得られる。各レース5着2名のうち選考順位下位1名と6?9着8名は「二次予選」進出。

2日目
「二次予選」 合計6レース行われ、各レース1?3着18名が「準決勝」進出。「龍虎賞」 二次特別選抜予選として、最終レースに行われる。失格にならない限り、9名全員が「準決勝」進出。

3日目
「準決勝」 後半3レース。