しかし、1964年頃から経済は急速に縮小し事態は一変した。1964年にサンウェーブと日本特殊鋼（現大同特殊鋼）が倒産、1965年には山陽特殊製鋼倒産事件が発生した[注釈 3]。さらに大手証券会社各社が軒並み赤字に陥った。一方個人消費は旺盛であり、主に個人消費者を対象とする製造業や流通業、サービス業はこの不況の影響をほとんど受けなかった。

こうした事態を受け、不況拡大を防ぐために政府は、1965年5月に山一證券への日銀特融、7月には戦後初である赤字国債の発行を決めた。結果、当時の政財界の関係者が危惧していた昭和恐慌の再来を未然に防ぎ、高度経済成長を持続していくこととなる。
いざなぎ景気で大阪万博へ（1966?1970年）

1965年10月からいざなぎ景気が始まり、1966年から再び年10％以上の成長期となった。

1967年10月には所得倍増計画を達成。

1968年には日本の国民総生産（GNP）が、同じく敗戦国の西ドイツを抜き、アメリカに次ぐ世界第2位の経済大国となった。

終戦25周年記念として大阪万国博覧会が大阪府吹田市で1970年3月から半年間開催されることになり、いざなぎ景気は大阪万博への特需を迎えた。

大阪万博特需として、大阪中央環状線開通（1968年3月）、東名高速道路開通（1969年5月）、大阪市営地下鉄（現・Osaka Metro）の新線整備等が行われた。

日本が債権国となった1960年代後半には、外国人の日本株投資が活発化した。このころ株式投資基準が配当利回りから、株価を1株あたり純利益で割った値(PER)へ移行していった。外資に乗っ取られないよう金融機関をはじめ国内企業間で積極的に株式持ち合いをした結果、1973年度末の法人持株比率は66.9％にも達した[4]。
石油危機と高度経済成長の終わり（1971?1973年）

1971年（昭和46年）8月のニクソン・ショック（ドル・ショック）による実質的な円の切り上げ、変動相場制移行は国際収支の過度な黒字を修正して経済の安定に寄与した。

1972年は3月に山陽新幹線岡山開業、5月に沖縄復帰を実現した。

1973年10月の第四次中東戦争をきっかけに原油価格が上昇し、日本はオイルショック（第1次オイルショック）に陥った。政府はインフレを抑制するために公定歩合を9％にまで引き上げた。
環境問題

経済成長の陰で急速な工業化に伴い環境破壊が起こり「水俣病」や「イタイイタイ病」、「四日市ぜんそく」「第二水俣病」といった四大公害病の発生、大量生産の裏返しとしてのゴミ問題などの公害の問題が高度経済成長期後半になると深刻化した。[5]

また、都市への人口集中による過密問題の発生と地方からの人口流出による過疎問題が発生した。高度経済成長時代も後半はその政策の見直しを迫られ、1967年の佐藤栄作内閣による公害対策基本法の制定や1971年の環境庁の発足、1972年の田中角栄による『日本列島改造論』の提唱につながることになる。
各国での例

メキシコの奇跡（Mexican miracle） - 1940年代から1970年代にかけてのメキシコの経済成長

経済の奇跡（Wirtschaftswunder） - 第二次世界大戦後から1970年代にかけての西ドイツ、オーストリアの経済成長（日本同様第二次世界大戦の敗戦国）

栄光の三十年間（Trente Glorieuses） - 第二次世界大戦後から1973年までのフランスの経済成長

スペインの奇跡（Spanish miracle） - 1959年から1973年にかけてのスペインの経済成長

イタリア奇跡の経済（Miracolo economico italiano） - 1950年代後半から1960年代にかけてのイタリアの経済成長（第二次世界大戦の敗戦国）

ギリシャの奇跡（Greek economic miracle） - 1950年から1973年にかけてのギリシャの経済成長

東アジアの奇跡 - 香港、台湾、大韓民国、シンガポール、マレーシア、タイ王国、インドネシアなどのの経済成長