首都と呼べる都市を複数持つ国もある。現在日本でも首都が地震や災害などで機能しなくなる事を防ぐ為、首都機能をバックアップする為に近畿圏に副首都を設置・整備する副首都構想がある。
東アジアにおける歴史的な複都制歴史的な複都制については複都制を参照
古代の東アジアでは、中国の唐が長安と洛陽と太原の三都制（後には鳳翔と成都を加えた五都制となる）を採用しており、さらに日本（天武朝など）や渤海などの諸国がそれを模倣したように、複都制が広く行われた。この類型の中には、首都が移動するという場合もある。複都制を採っていた唐も、実質的には長安が第一首都（正都）であってその他の都は名目上（副都）にとどまっていたが、時には皇帝は長安を離れて洛陽に移動し、後者が正都としての機能を果たすこともあった。
鎌倉時代後期・江戸時代の日本でも首都機能が分散されており[注 1]、名目上の首都（天皇のいる京）と、行政機関所在地（幕府のある鎌倉・江戸）とが別々に置かれていた[注 2]。
モンゴル帝国(元朝)では、大ハーンは宮廷を引き連れ、中国の最北端にある大都（現北京）と、上都（草原の南端部、万里の長城をはさんで大都と対の位置にある）を季節移動した。
ガンデンポタン時代前期（1642-1732）のチベットでは、歴代のチベット・ハン
たちはラサのガンデン・カンサル宮殿とダム草原を季節移動した[7]。三権分立の観点から、国家の中枢機能を複数の都市に分割している国がある。
南アフリカ共和国では、国会はケープタウン（ケープタウン都市圏）、行政府はプレトリア（ツワネ都市圏）、最高裁判所はブルームフォンテーン（マンガウング地方自治体）に所在する。同国の首都は行政機関が置かれているプレトリアであるとするのが通例であるが、厳密にいうと南アフリカ共和国には首都が三つあるということになる。
チリでは、行政府と最高裁判所はサンティアゴ・デ・チレにあり、同市がチリの首都とみなされている。ただし、国会はバルパライソに所在しており（1990年移転）、同市はチリの立法首都だということになる。
ドイツ連邦共和国では、国家元首である連邦大統領の官邸や連邦首相府などの行政府と連邦議会などの立法府はベルリンにあり、憲法にあたるドイツ連邦共和国基本法の第22条(1)では「ドイツ連邦共和国の首都はベルリンである」と規定されている。ただし、最高裁判所にあたる連邦憲法裁判所（Bundesverfassungsgericht） や連邦裁判所（Bundesgerichtshof）はバーデン＝ヴュルテンベルク州のカールスルーエにある。また、中央銀行であるドイツ連邦銀行はヘッセン州のフランクフルト・アム・マインに置かれている。