現在は国連憲章の枠を超えて ECOSOC 以外の多くの国連諸機関と広範囲で関係するようになってきている。
総会関係

国連憲章の規定にカバーされないNGOの協力に総会関連機関がある。CONGO[注 15] に代表されるNGOの最大の不満だからである。ナミビア理事会、非植民地化委員会、反アパルトヘイト特別委員会、パレスチナの権利委員会などは通常総会は出席出できるのみの権利しかないことや、すべての下部機関全体について ECOSOC における協議の権利を確保されていないことであり、各機関によって認められた権利は一様でなく、概して消極的なものしか与えられないことなどである。パレスチナについては1983年にICCP[注 16] が設置された。また、開発のための科学技術委員会（CSTD） [注 17] も存在する。大学、研究所、多国籍企業らの広い意味でのNGOとの協力を不可欠と考えて設置された。国際連合環境計画 (UNEP)[注 18] があり、関連したもので国際湖沼環境委員会(ILEC)[注 19] がある。国連難民高等弁務官事務所 (UNHCR)[注 20] もそうである。
ECOSOC関係

国際連合児童基金（ユニセフ）執行理事会の手続き規則は、オブザーバーとして次のものを挙げる。

総会がオブザーバーの地位を与えた民族団体

ユニセフでの協議上の地位をもつNGO

ユニセフNGO委員会

ユニセフ国内委員会

自由権規約人権委員会

自由権規約人権委員会は ECOSOC 下部機関である人権委員会におけるNGOとの協議とは別個系列で発達した人権通報[注 21] というものがある。国内の人権侵害を訴える通報には、内政不干渉の立場を国連はとってきたが、1968年の国際人権会議（テヘラン）を経て人権擁護に深く踏み込み、通報の要件を改定した。「一五〇三手続」[注 22] という。これは次のように二分される。

市民的及び政治的権利に関する国際規約とその選択議定書によって扱われるべきもの

一五〇三の手続き

日本は規約には加入したが、議定書には加入していない。
婦人の地位委員会

1970年に決議一五〇三 (XLVIII) が採択されたことに鑑みて1974年以降通報の審議を中断していたが、1982年通報のための特別委員会が設置された。公権力により拘禁中の女性に対する暴力、強姦、性的虐待、妊婦への手荒い扱いなどがみられ、ECOSOCは関係加盟国に対してこのような暴力をなくすよう早急に適切な措置をするよう求めた。
安全保障理事会関係

安保理事会と軍縮会議も国連憲章の枠を超えた内容になっている。ジンバブエとして1980年に独立する以前の南ローデシア白人少数政権に対する経済制裁に関してである。宗主国のイギリス、欧米諸国らとの経済的結びつきから制裁破りの経済活動が横行した。委員会は制裁破りの活動に関して正確な情報を寄せるよう勧告し、理事会で承認された。1979年9月独立へ向けて制裁会議を開くとの合意が成立し、理事会は制裁解除を決定し1980年4月南ローデシアはジンバブエとして独立を達成した。
非政府組織の法人格

上述のとおり、非政府組織は国際的に活動する団体を特に指すことが多い。これは非政府組織と同様に国際的に活動する各国政府や国際機関との対比による。

同一の団体・組織であっても、所属する国内の法人格としてはNPO[注 23]、国際的な通称としてはNGO（非政府組織）と標榜することが多い。そのため、国際的には非政府組織として認知され、かつ国内法上は非営利団体や特定非営利活動法人として扱われる。非政府組織の多くは、所属国内の法律において法人種を非営利団体（特定非営利活動法人）、財団としている場合が多いが、法人格として会社であっても非政府組織となり得る。
日本に本部を置く国際連合NGO

[1]
経済社会理事会(ECOSOC)に諮問的地位を有するNGO
総合諮問資格 (General Consultative Status)

アジア刑政財団

アムダ(AMDA)

国連支援交流協会（本部：ニューヨーク）

オイスカ

DEVNET Association

特殊諮問資格 (Special Consultative Status)

アクセプト・インターナショナル

アジア女性資料センター

喉頭摘出者団体アジア連盟

難民を助ける会

地球環境行動会議

GLOBE・JAPAN（地球環境国際議員連盟 /本部：ワシントンDC）

国際港湾協会

国際婦人年連絡会