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新幹線・在来線共に高架駅である。新幹線ホームは構内南側、在来線ホームは構内北側にある。

駅長・駅員配置駅（直営駅）である。管理駅として、東海道本線の東静岡駅・安倍川駅・用宗駅の3駅を管理している。

高架下のコンコースに面してJR全線きっぷうりば（みどりの窓口）と自動券売機と改札口がある。改札口は5つあり、コンコースに面した在来線改札口と新幹線改札口の2つと、駅と駅ビル (パルシェ) を直結するパルシェ本館改札口・パルシェ食彩館の2つ、そして中2階にある新幹線と在来線の乗り換え改札口がある。パルシェが営業している時間帯であれば、パルシェ本館改札口・パルシェ食彩館改札口を通ってパルシェと静岡駅の間を直接移動する事が出来る。また、在来線新幹線乗換改札口は新幹線と在来線の乗換をする事が出来る。改札は自動化されており、IC乗車券対応の自動改札機、自動精算機がある。新幹線側中2階には待合所がありコーヒーショップが設置されている。コンコースと各ホームの間にはエスカレーターやエレベーターが設置されている。

在来線の1・2番線ホーム及び3・4番線ホームの階段裏に東海軒の「富士見そば」がそれぞれ1店舗ずつ営業している。また、この「富士見そば」やキヨスクの他に、在来線の1・2番線ホームでは酒などと共におでん串などを供する立ち飲みスタンドが、3・4番線ホームではジャパン・トラベル・サーヴィスが経営する喫茶・軽食店「Siera」が営業していたが、2009年に営業を中止し、店舗は撤去された。3、4番線ホームのキヨスクは2015年に営業を終了、閉店している。また、静岡駅では1979年に「谷岡の甘栗」を販売する谷岡商店が駅構内に出店し静岡駅の定番土産となった[20]。最盛期は1日の販売量が400 kgであったが、2020年以降は新型コロナウイルスの感染拡大で販売量が1日50 kgに落ち込み、2020年度（2021年3月末）で閉店することになった[20]。

各ホーム中央付近にライナー列車の乗車整理券券売機が設けられている。かつては現金のみ使用可能だったが、現在はライナー列車の座席管理システムの更新によりタッチパネル式に交換され、TOICAなどのIC乗車券とオレンジカードに対応するようになった。またチャージ・履歴印字などにも対応している。

以前は「大道芸ワールドカップin静岡」開催時にコンコースが演技ポイントとして利用されたことがあったが、利用者の通行を妨げるなどの理由から、数年で使用されなくなった。その代わりに、現在ではコンコースにイベントのインフォメーションカウンターが設置されるなどの活用gされている。また、コンコースには静岡のプラモデルをPRするため、プラモデルの部品を模した公衆電話が設置されている[21]。

改札外には駅ビルの7階建てのパルシェや駅コンコースに面したASTY静岡などの商業施設がある。
新幹線（5・6番線）
2面4線のうち、相対式ホーム2面2線を使用する。ホームは副本線に接し、上下副本線の間を通るもう2線の本線は通過線となっている。なお、東京方面発で当駅止まりの列車は上りホームに入線する場合もある。東静岡駅に隣接した位置に保線基地（柚木保守基地）と夜間停泊列車用の留置線が2線ある。最終列車後に停泊する列車は、東京寄りにある片渡り線を通過し、下り本線を逆走する形で徐行しながら入線する形を取る。
在来線（1 - 4番線）
2面5線のうち、島式ホーム2面4線を使用する。1・4番線が本線、2・3番線が副本線（中線）となっている。もう1線は1番線の外側にある副本線（通過線）で、貨物列車などの通過時に使用する。また、構内の浜松寄りには乗務員が横断するための通路があり、踏切警報機が設置されている。電車の留置に使用する引き上げ線が構内東側に2線と西側に4線の合計6線が設置されており、折り返し列車などの留置に使用されている。また、東側へ伸びる留置線と本線の合流地点付近から静岡車両区へ抜ける通路線が分岐している。
のりば

番線路線方向行先
在来線ホーム
1・2 東海道本線上り沼津・熱海方面[注釈 5]
3・4下り浜松・豊橋方面[注釈 5]
新幹線ホーム
5 東海道新幹線上り東京方面
6下り新大阪方面

（出典： ⇒JR東海:駅構内図）

かつて定期運転だった快速「ムーンライトながら」（2009年3月13日まで）は、前身の「大垣夜行」時代から上下とも2番線発着であった。

在来線改札口（2022年9月）

新幹線改札口（2022年9月）

パルシェ本館改札口（2022年9月）

パルシェ食彩館改札口（2022年9月）

乗換改札口（2022年9月）

在来線1・2番線ホーム（2022年9月）

在来線3・4番線ホーム（2022年9月）

新幹線5・6番線ホーム（2022年9月）

引込線

以前は駅南口から南東方面のカネボウや松林工業薬品、静岡ガス、大浜製紙への引き込み線が、また南西方向にも西武建設の砂利採取場の引き込み線が存在していた。カネボウ、静岡ガス方面は昭和30年代、西武建設方面は昭和40年代までにすべて廃止となり、後に区画整理が進められ現在は引込み線の跡はほとんど存在していないが、東海道新幹線の安倍川を渡る手前に引き込み線跡のガードが残っているほか、ツインメッセ静岡周辺に線路跡らしきカーブを描く道路や踏切の跡である道路の隆起などが残っている。