しかしこれ以降、同大学選手権への決勝戦進出どころか、東都大学リーグ優勝からも遠のいていった[5]。全日本大学野球選手権大会に滅法強く通算23勝1敗（1敗は上記の大体大戦）という驚異的な勝率で、ここまで優勝5回という実績を残している。一方で、明治神宮野球大会では2023年現在まで優勝経験を持たない[4]。
2009年（平成21年）秋、入替戦で国士大に敗れて1984年春以来25年ぶりに2部に降格するも、翌2010年（平成22年）春に1部に返り咲いた。2014年（平成26年）秋、2年岡野祐一郎と4年加藤匠馬のバッテリー、3年吉田正尚らを擁するも入替戦で1年高橋礼投手らの専修大に敗れ再度降格。河原井監督が退任し善波厚司が新監督となる。しかしこれ以降1部に復帰できないまま、2017年（平成29年）には河原井が監督に復帰し、続いて2019年（令和元年）には安藤寧則が新監督となった。
2020年（令和2年）秋、2部リーグ戦で優勝しコロナ禍により入替戦が実施されず、14年秋以来となる1部に自動昇格した[6]。
2023年（令和5年）春季リーグ戦で常廣羽也斗と下村海翔の4年生両投手を軸に06年春以来17年ぶりに優勝。続く第72回全日本大学野球選手権大会準決勝で富士大を5-2、決勝で明大を4-0で下し、05年以来18年ぶり5度目の制覇を果たした[7]。8月、プロ・アマ交流戦（鎌ケ谷スタジアム）で日ハム2軍に2-×3で惜敗[8]。同年秋季リーグ戦も連覇。続く第54回明治神宮野球大会準決勝で富士大を4-3で下したものの、決勝で慶応大に0-2で惜敗した。 神奈川県相模原市中央区淵野辺5-10-1（相模原キャンパス内、合宿所も併置） 相模原キャンパス設立以前は、横浜市港北区綱島にグラウンドと合宿所を設置していた。 ※Category:青山学院大学硬式野球部の選手を参照。
本拠地
記録
東都大学野球1部リーグ戦 優勝14回
全日本大学野球選手権大会 出場6回、優勝5回 準優勝1回
明治神宮野球大会・大学の部 出場7回、準優勝2回
全日本アマチュア野球王座決定戦 出場2回、優勝1回（1996年）
主な出身者
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大田垣耕造 - 投手、シドニーオリンピック野球日本代表監督
河原井正雄 - 内野手、元同大学監督
坂巻明 - 投手 / 中退
福田五志 - 内野手 / 中退、元ソフトボール女子日本代表監督
藤倉一雅 - 内野手、元白?大学監督
吉田幸夫 - 投手
高田博久 - 投手
小林徹 - 投手、習志野高監督
小川博 - 投手
斎藤学 - 投手
南渕時高 - 内野手
内山正博 - 投手
吉田直喜 - 投手
松山秀明 - 内野手
藤井進 - 野手、宇部商時代の85年第67回夏の甲子園で1大会最多の14打点。決勝で上記松山秀明やKKコンビのPL学園に敗退 / 宇部商出身
奈良原浩 - 内野手
松井稔也
岩崎充宏
伊藤敬司 - 捕手、JR東海野球部在籍中に夭折。同上時の一翼 / PL学園高出身
桑田泉 - 外野手、卒業後はゴルファーに転向。桑田真澄の実弟 / PL学園高出身
木村龍治 - 投手
小久保裕紀 - 内野手
高山健一 - 内野手
清原幸治 - 内野手、元松下電器野球部コーチ。青学の大学選手権初優勝時に貢献。清原和博の実弟 / PL学園高出身
中川隆治 - 投手
城石憲之 - 内野手 / 中退
川越英隆 - 投手
坪井智哉 - 外野手
井口資仁 - 内野手
倉野信次 - 投手
澤﨑俊和 - 投手
清水将海 - 捕手
高須洋介 - 内野手
前里史朗 - 千葉ロッテマリーンズスタッフ
荒金久雄 - 外野手
石川雅規 - 投手
志田宗大 - 外野手
金子洋平 - 外野手
山岸穣 - 投手
加藤領健 - 捕手
中尾敏浩 - 外野手
高市俊 - 投手
楠城祐介 - 外野手