神祇祭祀を司るのは神祇官であって、陰陽寮の管轄下にはなかった[7]。疫神祭、鎮花祭、風神祭、大祓、宮城四隅疫神祭、防解火災祭、螢惑星祭など様々な、祭祀が行われていたとされ[8][9]、陰陽道が平安貴族社会を基盤にして呪術的に展開されており、律令制の神祇祭祀の中に、陰陽要素を含んでいた[8][10]。

京内を結界（聖なる領域と俗なる領域）し、京城四隅疫神祭（都）、宮城四隅疫神祭（内裏）など、四角四境の祭祀を行い、世の安泰を願っていた[4][9]。

9世紀の陰陽師として特筆すべき人物として、滋岳川人がいる。川人は陰陽博士を兼ねたまま、陰陽権允や陰陽権助を兼務して陰陽寮の実務官僚として活躍し、それまで貴族官僚が占める地位であった陰陽頭に就任した。また、『世要動静経』『指掌宿曜経』『滋川新術遁甲書』『金匱新注』などの著作があり、それらの実物は現存しないものの、後代の陰陽師が川人の著作の説を多く引用していることが知られている。川人は今日知られている陰陽道の成立期にその流れを切り拓いたとする評価がある[11]。安倍晴明（921年 - 1005年）。
安倍晴明の時代

10世紀には陰陽道・天文道・暦道いずれも究めた賀茂忠行・賀茂保憲父子が現れ、その弟子から陰陽道の占術に卓越した才能を示し、宮廷社会から非常に信頼を受けた安倍晴明が出た。忠行・保憲は晴明に天文道、保憲の子光栄に暦道を伝え、平安末期から中世の陰陽道は天文道・暦道を完全に取り込むとともに、天文道の安倍氏と暦道の賀茂氏が二大宗家として独占的に支配するようになった[注 1][注 2]。
安倍氏・賀茂氏の分立

安倍氏・賀茂氏による陰陽道の支配が確立したとはいえ、その内実は複雑であった。朝廷・院の公事のみならず、摂関家から地下官人の私事まで宮廷社会における陰陽道に対する需要は院政期以後も高く、陰陽寮（官人陰陽師）の充実に伴って安倍氏・賀茂氏は複数の流に分立した。彼らは朝廷に対して陰陽道・天文道・暦道に関する業務を一族として請け負っていた（官司請負制）が、一方で安倍氏・賀茂氏の内部においてもそれぞれの嫡流や陰陽寮の地位を巡る争いを激化させる。こうした中で平安時代末期から鎌倉時代初期になると、賀茂在憲・在宣父子や賀茂家栄、安倍泰親・安倍晴道・安倍広基などが活躍した。彼らは摂関家[注 3]や鎌倉幕府と結びつき、中には安倍国道のように鎌倉に下って幕府に直接奉仕する人々（関東陰陽道/鎌倉陰陽師）もいた[注 4][16]。

室町時代に入ると本来下級貴族の家柄であった安倍氏の嫡流は他の一族を圧倒して公卿に列することのできる家柄へと昇格していった。中世には安倍氏が陰陽寮の長官である陰陽頭を世襲し、賀茂氏は次官の陰陽助としてその下風に立った。戦国時代には、賀茂氏の本家であった勘解由小路家が断絶、暦道の支配権も安倍氏に移るが、安倍氏嫡流の土御門家も戦乱の続くなか衰退していった。一方、民間では室町時代頃から陰陽道の浸透がより進展し、占い師、祈祷師として民間陰陽師が活躍した。

安土桃山時代には豊臣秀吉が祈祷や占いを生業とする陰陽師を地方に追いやり、当時陰陽寮にいた正式な陰陽師の数をはるかに超える陰陽師と名乗る人間が全国に流れた[17][18][19]。戦国時代の迫害で、筆頭の土御門家であっても陰陽道の相伝や法具などの多くを焼失した。陰陽道の最も重要な「大法」の泰山府君祭（たいざんふくんさい）の祭壇も喪失し、京都吉田神社から法具を借用して御所の地鎮祭を行った。その影響が大きくあり、[20][21][22][23]宮中祭祀は神道色を色濃くしていった[20][21][22][23]。一方陰陽道は、幕府からの認可のもと、土御門泰福が垂加神道の影響を受けて天社神道として神道化させた[24]。
近世での統制・近代での廃止

幕藩体制が確立すると、江戸幕府は陰陽師の活動を統制するため、土御門家と賀茂氏の分家幸徳井家を再興させて諸国陰陽師を支配させようとした。やがて土御門家が幸徳井家を圧し、17世紀末に土御門家は民間の陰陽師に免状を与える権利を獲得して全国の陰陽道の支配権を確立した。江戸時代には、陰陽道はもはや政治に影響を及ぼすことはなくなったが、民間で暦や方角の吉凶を占う民間信仰として広く日本社会へと定着したが、その活動は、だましものと扱われた者も非常に多く、後の占い禁止につながるものである。それらを声聞師とよび、士農工商に該当しない、身分の低い賎民として扱われた。

明治維新後の1870年（明治3年）に至り、新政府は「天社禁止令」を発布し、陰陽道を迷信として廃止させた[注 5]。天社禁止令による弾圧を逃れるために教派神道に所属した例もあった。神道修成派に多くの太夫が加盟したいざなぎ流や天理教の講である「明誠社」（現在は独立し天輪王明誠教団）を立ち上げた奥六兵衛の一派などがそれである。現代には土御門家の開いた天社土御門神道と、高知県香美郡物部村（現在の同県香美市）に伝わるいざなぎ流を除けば、暦などに名残をとどめるのみである。
主な陰陽師「陰陽師」を参照
陰陽道の神様　「Category:陰陽道の神」を参照

※陰陽道の神々は複数の役割を持つ為に、以下のカテゴリー分類中には同神名が重複して登場する。

冥道十二神

泰山府君　陰陽道における最重要神（主宰神とも）

閻羅天子（仏教における閻魔大王）

五道大神

天曹

地府

北帝大王

司命

司禄

南斗

北斗

家親丈人

六曹判官


霊符神（霊符を神格化したもの）および星神（星宿神）

鎮宅霊符神（太上鎮宅霊符七十二道神。仏教では妙見菩薩、尊星王と同体とされた）

天刑星（牛頭天王と同化する）

北斗七星