陣屋の門などの建物の一部や土塁、石垣等が現存することがあり、ほかに廃止後に移築されて建物の一部が現存する場合もある。
北海道地方

戸切地陣屋（北海道北斗市） - 幕末に松前藩により設置された陣屋。日本で初めて築造された西洋式星型要塞で、土塁や堀が現存する。

白老仙台藩陣屋（北海道白老郡白老町） - 幕末に仙台藩により設置された陣屋。蝦夷地防衛の役割を持っていた。資料館があり当時の様子を知ることができる。

東北地方

長瀞陣屋（山形県東根市） - 出羽国村山郡にあった。長瀞藩の陣屋。土塁の一部が現存。大手門と伝えられる門が2棟、移築現存する。

泉陣屋（福島県いわき市泉町） - 陸奥国菊多郡にあった。泉藩の藩庁。土塁の一部が現存。裏門1棟が移築現存する。

保原陣屋（福島県伊達市） - 陸奥国にあった。松平氏白河藩の陣屋（代官所）。門1棟が移築現存する。

関東地方楽山園 小幡陣屋

府中陣屋（茨城県石岡市石岡） - 常陸国府中にある府中藩の藩庁が置かれた場所にある。土塁の一部が現存する。また、門が1棟移築現存する。

宍戸陣屋（茨城県笠間市平町） - 水戸徳川家御連枝の宍戸藩の藩庁。土塁の一部が現存する。また、表門が移築現存する。

牛久陣屋（茨城県牛久市城中町） - 牛久藩の藩庁。土塁と空堀の一部が現存する。門1棟が移築現存する。

谷田部陣屋（茨城県つくば市谷田部） - 常陸国筑波郡谷田部にあった。谷田部藩の藩庁。玄関1棟と門1棟が移築現存する。

足利陣屋（栃木県足利市雪輪町） - 下野国足利郡足利にあった。宇都宮藩の支藩足利藩の藩庁。井戸と稲荷神社が現存する。また、門が1棟移築現存する。

佐野陣屋（栃木県佐野市植下町） - 下野国安蘇郡にあった。佐野藩の藩庁。土塁の一部が現存する。また、大手門、裏門、中門が移築現存する。

喜連川陣屋（栃木県さくら市） - 下野国塩谷郡喜連川にあった。門1棟が移築現存する。

小幡陣屋（群馬県甘楽町） - 上野国甘楽郡にあった。陣屋の庭園「楽山園」が現存する。付属する茶屋や門が復元されている。

吉井陣屋（群馬県高崎市吉井町） - 上野国多胡郡にあった。吉井藩の藩庁。土塁の一部が現存する。また、表門が移築現存する。

伊勢崎陣屋（群馬県伊勢崎市） - 伊勢崎藩の藩庁。建物の一部と門が移築現存する。

七日市陣屋（群馬県富岡市七日市） - 上野国甘楽郡にあった。七日市藩の藩庁。御殿と中門が現存。門3棟が移築現存する。

岡部陣屋（埼玉県深谷市） - 岡部藩の藩庁が置かれた。埼玉県指定旧跡。長屋門と通用門が移築現存する。

生実陣屋（千葉県千葉市中央区） - 下総国千葉郡にあった生実城の跡に置かれた。生実藩の政庁。土塁と堀の一部が現存する。

六浦陣屋（神奈川県横浜市金沢区六浦） - 武蔵国久良岐郡にあった。六浦藩（武州金沢藩）の藩庁。陣屋入り口の石段が現存する。

大津陣屋（神奈川県横須賀市） - 相模国三浦郡大津にあった。江戸湾防備のために川越藩松平家が築いた陣屋。石橋が移築現存する。

荻野山中陣屋（神奈川県厚木市下荻野） - 相模国愛甲郡中荻野村にあった。