直系相続による皇位継承は継承男子が必ずしも確保できる訳ではなく、常に皇統断絶の不安がつきまとう。逆に多くの皇子が並立していても皇位継承紛争が絶えないこととなる。院政の下では、「治天の君」が次代・次々代の天皇を指名できたので、比較的安定した皇位継承が実現でき、皇位継承に「治天の君」の意向を反映させることも可能であった。

また、外戚関係を媒介に摂政関白として政務にあたる摂関政治と異なって、院政は直接的な父権に基づくものであったため、専制的な統治を可能としていた。院政を布く上皇は、自己の政務機関として院庁を設置し、院宣・院庁下文などの命令文書を発給した。従来の学説では院庁において実際の政務が執られたとされていたが、鈴木茂男が当時の院庁発給文書に国政に関する内容が認められないことを主張し、橋本義彦がこれを受けて院庁政治論を痛烈に批判したため近年では、非公式の私文書としての側面のある院宣を用いて朝廷に圧力をかけ、院独自の側近を院の近臣として太政官内に送り込むことによって事実上の指揮を執ったとする見解が有力となっている。これら院の近臣は上皇との個別の主従関係により出世し権勢を強めた。また、上皇独自の軍事組織として北面武士を置くなど、平氏を主とした武士勢力の登用を図ったため、平氏権力の成長を促した。そのため、白河上皇による院政開始をもって中世の起点とする事もある。

平安後期以降に院政が定着した背景として、岡野友彦は財政面の理由を指摘している。公地公民制が実態として崩壊したこの時期であっても、法制上は律令国家の長である天皇は荘園を私有できなかった。このため寄進によって皇室領となった荘園を上皇が所有・管理し、国家財政を支えたという見解である[9]。

ただし、院政の登場は摂政関白の必要性を否定するものではなかったことには注意を要する。院（上皇・法皇）の内裏への立ち入りはできない慣例が依然として維持されている中で、摂関は天皇の身近にあってこれ補佐すると共に天皇と院をつなぐ連絡役としての役割を担った。そして、長い院政の歴史の間には白河法皇と藤原忠実のように院が若い摂関を補佐する状況だけではなく、反対に摂関が若い院を補佐する場面もあり、院と摂関、ひいては天皇家と摂関家は王権を構成する相互補完的な関係であり続けたのである[10]。
院政の最盛と転換

白河上皇は、鳥羽天皇の第一皇子（崇徳天皇）を皇位につけた後に崩じ、鳥羽上皇が院政を布くこととなったが、鳥羽上皇は崇徳天皇を疎んじ[注釈 5]、第九皇子である近衛天皇（母、美福門院）へ皇位を継がせた（近衛天皇没後はその兄の後白河天皇（母、待賢門院）が継いだ）。そして、保元元年（1156年）に鳥羽上皇が崩じた直後、崇徳上皇と後白河天皇の間で戦闘が起こり、後白河天皇が勝利した（保元の乱）。

後白河天皇は保元3年（1158年）に二条天皇へ譲位すると院政を開始した。しかし、皇統の正嫡としての意識の強い二条天皇は天皇親政を指向しており、後白河院政派と二条親政派の対立がもたらされた。したがって二条天皇の時代、後白河院政は強固なものとはとうていいえなかった。しかし、病を得た二条天皇は永万元年（1165年）6月25日に幼い六条天皇に譲位、7月28日には崩じてしまった。ここで後白河院政には実質上の内容がもたらされたのである。後白河院政期には、平治の乱と平氏政権の隆盛およびその崩壊、治承・寿永の乱の勃発、源頼朝の鎌倉幕府成立など、武士が一気に台頭する時代となった。

ただ、後白河法皇と平清盛とが対立し始めた後、治承3年（1179年）11月の治承三年の政変によって鳥羽殿に幽閉され、後白河法皇は院政を停止されてしまった。ここで一旦高倉天皇の親政が成立するが、高倉天皇は治承4年（1180年）2月に安徳天皇に譲位、ここに高倉院政が成立した。高倉院政下では福原への「遷都」などが行われたが、もともと病弱であった高倉上皇は福原で病を得、平安京に還御した直後の養和元年（1181年）1月14日に崩じてしまった。まもなく清盛も世を去ったため、清盛の後継者であった平宗盛は後白河院政を復活させた。

後白河院政の後は、その孫の後鳥羽上皇が院政を行った。後鳥羽院は、皇権復興を企図して鎌倉幕府を倒そうとしたが失敗（承久の乱）、自身は流罪となった上、皇権の低下と朝廷に執権北条氏の介入を招いてしまった。乱後、後堀河天皇が即位するとその父親である行助入道親王が例外的に皇位を経ずして院政を行う（後高倉院）という事態も発生している。

院政は承久の乱以降も存続し、公家政権の中枢として機能した。特に乱以後初めて本格的な院政を布いた後嵯峨院政期に院政諸制度が整備されている。後嵯峨院は、奏事（弁官や蔵人による奏上）を取り次ぐ役職である伝奏の制度化、そして院が評定衆とともに相論（訴訟）裁許に当たる院評定を確立し、院政の機能強化に努めた。院評定は当時の課題であった徳政の興行のために訴訟の裁許を円滑化する役目を担った[注釈 6]。

後嵯峨院以後の両統迭立期には、実際の院政を行う治天の君は天皇の父（あるいは祖父・曽祖父）である必要性が特に強調されるようになる。持明院統の伏見天皇が即位した際に実父である後深草院が院政を行うものとされ、前天皇である大覚寺統の後宇多院がこれに抗議したものの顧みられず、反対に後宇多院の子である後二条天皇が即位した際には同時に前天皇である後伏見院の代で院政を行っていた伏見院の院政も停止されて後宇多院の院政が開始されている。なお、この際に伏見院の皇子で後伏見院の弟にあたる富仁親王（後の花園天皇）が立太子された際に後伏見院の猶子とされた（『皇年代略記』・『神皇正統記』）。花園天皇即位後は当初は伏見院が院政を行ったものの、正和2年（1313年）10月17日に治天の君位が後伏見院に譲られ（『一代要記』）、4年後に伏見院が崩じた時には花園天皇は実父の崩御にもかかわらず祖父の喪の形式を採った（『増鏡』）。これは本来は花園天皇の兄である後伏見院が同天皇の治世における治天の資格を得るために、花園天皇と猶子関係を結んだために本来は「父と子」の関係である伏見院と花園天皇の関係も「祖父と孫」の関係に擬制されたことによる。大覚寺統の事例（長慶院と後亀山天皇）は不明であるものの、以後の持明院統においては治天の君に予定された者と皇位継承予定者が猶子関係を結び、治天の君と天皇の間で親子関係が擬制されるようになった（光厳院と光明天皇及び直仁親王（廃太子）[注釈 7]、後小松院と後花園天皇）。
院政の形骸化

建武新政期には後醍醐天皇が親政を行い院政は一時期中断したが、数年の後に北朝による院政が復活した。室町時代に入ってからも院政は継続したが、治天の後円融院が自暴自棄な行動で権威を喪失すると、足利義満が院の権限を代行するようになり、これは後円融院の崩御後も継続した。この時期の義満を治天であったとみなす学者もいる[15]。

義満の没後に後小松天皇が譲位し院政を復興するが、応永25年（1418年）から将軍足利義持が院宣の事前審査を行うようになる[16]。そして永享5年（1433年）に後小松院が崩御すると院政は事実上の終焉を迎えた。これ以降、院が相伝してきた荘園に対する武家による横領がやまず、院政を支える経済基盤が失われていった。後小松の次に上皇になった後花園院の譲位後に程なく応仁の乱が生じ、院の所領は有名無実と化した。ただし院庁はその後も存続し[注釈 8]、後花園院の崩御後も院の仏事を行うために院庁や職員が存在していたことが確認できる[17]。その後、財務上の理由などから、天皇の譲位自体が不可能な状況が続くことになる。
江戸時代の院政

江戸時代に入ると、『禁中並公家諸法度』に基づいて江戸幕府の対朝廷介入は本格化した。