多くの国の政府は情報機関と防諜機関を分けて組織しており、防諜機関はアメリカの連邦捜査局（FBI）や日本の公安警察のように、警察内の一部門として組織されている場合が多い。また、イギリスの防諜機関である内務省公安部（MI5）は直接的な捜査権を持っていないが、捜査権のあるロンドン警視庁公安部（Special Branch）
と呼ばれる公安警察と緊密に協力している。ロシアの主な防諜機関は、ソビエト連邦期の国家保安委員会（KGB）の第2本部および第3本部が前身である連邦公安庁（FSB）である。
カナダは王立カナダ騎馬警察の公安警察が諜報活動と防諜活動を一手に担当していたが、1984年にカナダ公安情報部（CSIS）が発足して諜報活動を担うようになり、諜報と防諜が分離した。
フランスでは、国内におけるテロ対策を警察機関の枠組みのなかに作りあげている。テロ対策担当の予審判事は、アメリカとイギリスにおける捜査官、検察官、裁判官の機能を併せ持つ複数の機能を担っている。テロ対策担当予審判事は、防諜機関の国土監視局（DST）や情報機関の対外治安総局（DGSE）から協力を要請され、ともに活動することもある。
スペインでは、内務省が軍の支援を受けながら国内におけるテロ対策を担当している。外国からの防諜活動は、国家情報本部（CNI）が責任を負っている。2004年3月11日のマドリード列車爆破テロ事件の発生後、内務省と国家情報本部との連携で問題があったことが発覚し、国家テロ対策本部が創設された。スペインのテロ事件調査委員会は、この本部を作戦の調整のためだけでなく、情報収集のためにも活用することを提言している。[13]
防諜活動の内容も攻撃的なものと防御的なものに分類される場合もある。アメリカの中央情報局（CIA）の国家秘密本部（NCS）は攻撃的カウンターインテリジェンスを担当するのに対し、国務省の外交保全局（DSS）は、アメリカの在外公館（大使館・総領事館）において、人と情報の保護に携わる防御的カウンターインテリジェンスを担当する。[14]
防諜活動という用語は、現実的には諜報活動に対抗するものを指すとされるが、攻撃的カウンターインテリジェンスには諜報活動が含まれるため、ここでは広義の意味で捉えられることを避けるために使われている。 CIAの工作本部長を務めたフランク・ワイズナー
主な防諜機関詳細は「en:List of counterintelligence organizations」および「情報機関の一覧」を参照
日本
内閣官房内閣情報調査室（カウンターインテリジェンス・センター）
警察庁警備局（公安警察）
警視庁公安部
道府県警察本部警備部
警察署警備課
防衛省・自衛隊
情報保全隊
米国
連邦捜査局（FBI）国家公安部
英国
内務省公安部（MI5、正式にはSS）
ロシア
ロシア連邦保安庁（FSB）
イスラエル
イスラエル公安庁 シャバック（??"?）
フランス
フランス国土監視局（DST）
ドイツ
連邦憲法擁護庁（Bfv）
防諜の任務
現代の防諜活動は、脅威が外国政府の諜報活動に限定されていた時代と比べ、拡大されてきている。最大の脅威は、非国家かつ多国籍のテロリストである。それでもなお、外国政府の諜報活動は防諜に対する脅威であり続けている。
防諜は、インテリジェンス・サイクル・セキュリティの部分を構成するものであり、同様に、インテリジェンス・サイクル・マネジメントの一部を構成するものでもある。以下に示すような、
物理的セキュリティ（Physical security）
人的セキュリティ（Personnel security）
通信セキュリティ（Communications security、COMSEC）
情報セキュリティ（Information security、INFOSEC）
セキュリティの機密化（Security classification）
運用におけるセキュリティ（Operations security、OPSEC）
にみられるセキュリティの分野の多様性もまた、インテリジェンス・セキュリティ・マネジメントと防諜の学問分野に含まれる。「積極的セキュリティ」という言葉に含まれる訓練や、社会の実際の、また潜在的なセキュリティに関する情報を集めるための手段もセキュリティに含まれる。例えば、諜報機関が通信を傍受して特定の国で使われているただひとつの特定の無線送信機を識別したとき、その人物が使用した無線送信機を検知したということは、防諜の対象となるスパイの存在を示唆していることになる。