内閣総理大臣であった村山富市首相には地震の一報がかなり早い時点で入ったものの、これは村山首相が地震発生直後にテレビでニュースをたまたま見ていたこと（6時のNHKニュース）によるもので、秘書官等から詳細な情報を上げることは遅くなった（首相への第一報は7時30分とされる）。村山首相は、首相公邸[注釈 22] におり、8時26分に首相官邸に歩いて様子を見に行き待機したが、誰もおらず特に情報も入らず、また公邸に戻った[79]。その後、不完全ながらも随時上げられる情報により未曾有の大災害であることが明らかになりつつある中でも、村山首相は開会が差し迫った通常国会への対応や懸案となっていた新党問題（山花貞夫グループ）、財界首脳との食事会など予定通りの公務をこなす傍ら災害対応を行ったため、十分な対応を行わなかったのではないかという疑念を生んだ。

兵庫県庁の屋上にある衛星通信設備[注釈 23] が十分に作動しなかったこと、最大震度（震度6、818ガル）を記録した神戸海洋気象台[注釈 24] の記録が送信されなかった[注釈 25] ということがあったが、この「震度空白域」への対応は十分なものではなかった[注釈 26]。震度6の情報が国土庁や消防庁に入ったのは6時19分であった。

気象庁のデータ回線が途絶し神戸海洋気象台と津名測候所の震度情報が自動的に送信されず、津名測候所の震度情報は機器が故障していたため職員の体感で震度6を判定用の無線回線を通じて大阪管区気象台へ通報され、神戸海洋気象台の情報は気象衛星を利用した衛星電話で通報された（気象衛星の中に気象庁専用の衛星通信回線が用意されている[80]）。二階俊博衆議院議員「（略）最初にお尋ねしますが、国家の最高責任者である村山総理は、17日の5時46分ごろ兵庫県南部で発生した震災を、いつごろ、どこで、だれから報告を受けられ、どのような対策を指示されたのかをお伺いいたします。なお、災害発生当日の総理御自身の御日程についても明らかにしていただきたいのであります。この際、この最初の総理への報告内容がいかなるものであったのかが重大な問題であります。当初これほど大きな災害に及ぶという認識に欠けていたのではないかとの疑問を抱くものであります（後略）。」村山富市内閣総理大臣「（略）私は、この地震災害の発生直後の6時過ぎのテレビでまず第一に知りました。直ちに秘書官に連絡をいたしまして国土庁等からの情報収集を命じながら、7時30分ごろには第一回目の報告がございまして、甚大な被害に大きく発展をする可能性があるということを承りました。この報告を受けまして、さらにその被害状況の的確な把握をして連絡をしてほしいということを要請するとともに、何よりも人命救助を最優先に取り組んでくれ、同時に、火災も起こっておりますから、消火に全力を尽くせということも指示をいたしたところでございます。10時からの閣議におきまして非常災害対策本部を設置いたしまして、政府調査団の派遣を決めるなど、万全の対応をとってきたつもりでございます。（後略）」 ? 1995年（平成7年）1月20日衆議院本会議（代表質問及び答弁）

さらに、村山首相は、地震発生3日後に開かれた衆議院本会議の代表質問に対する答弁の中で、政府の情報収集の遅れと危機管理体制の不備を問われ、「何分初めての経験でもございますし、早朝の出来事でもございますから、幾多の混乱があったと思われます」と答えたため、強く批判された。二階俊博衆議院議員「（略）災害発生時の事態の掌握のおくれが自衛隊の出動に大きな影響を及ぼしていると考えますが、県からの要請があろうがなかろうが、国土と国民の安全を守る崇高な任務を持つ自衛隊の出動について、タイミングや規模等について判断に重大な誤りがなかったのか、大いに反省の必要があります。と申し上げるのは、生き埋めの人が200名ばかりおるので直ちに自衛隊の出動をという新進党の国会議員の要請に対し、地震当日の朝、…の段階においては防衛庁幹部はこの事態を承知していなかったという重大な事実があるからであります。自衛隊の最高指揮官としての村山総理は、救援の初動活動において、人命救助最優先の立場からもう少し積極的なしかも迅速な指揮がとれなかったのか、悔やまれてならないのであります。（拍手）政治責任もあわせて、この際、総理の御見解を伺いたいのであります。高秀横浜市長は、…大都市の首長の立場から政府の危機管理体制の不備を指摘しておられますが、国民のだれもが同じ思いであります。村山総理はこれらの声をどのように受けとめ、みずからの責任の重大さをいかに感じておられるか、重ねてお尋ねをいたします。（後略）」村山富市内閣総理大臣「（略）次に、政府の危機管理体制についての御質問でありますが、災害発生時におきましては、関係機関に対する迅速かつ的確な指示が実施できるよう政府の防災体制をとっているところでございまして、自衛隊等の対応につきましても、発生後直ちに伊丹で第36普通科連隊が災害派遣を実施してきたところでございます。また、災害対策を円滑に実施するため、地方公共団体に対しましても必要な指示や要請を行ってきたところでございます。しかし、今から振り返って考えてみますると、何分初めての経験でもございますし、早朝の出来事でもございますから、幾多の混乱があったと思われまするけれども、いずれにいたしましても、防災上の危機管理体制の充実は極めて重要な課題であると認識をしておりまして、今回の経験にかんがみながら、今後見直すべき点は見直すこととして、危機管理体制の強化に努力をしてまいりたいと考えているところでございます。（後略）」 ? 平成7年（1995年）1月20日衆議院本会議（代表質問及び答弁）

その一方で、当時歴代在任日数最長の内閣官房副長官として官邸に重きをなしていた石原信雄は、「前例のない未曾有の災害で、かつ法制度の未整備な状態では、村山以外のだれが内閣総理大臣であっても迅速な対応は不可能であった。」[81] と述懐し、村山の言動を擁護している。一方で石原は「災害対策基本法など、その他の法令で内閣が直ちに行動を起こすようなシステムになっていなかったのは、これは残念ながら事実ですし、その原因は社会党なんです。社会党が内閣権限強化にずっと反対し続けたわけです。内閣が機敏に対応することを嫌ったわけです」と[82] と回顧している。一方、当時の警察庁長官だった國松孝次は「非常に悔いの残るのが情報収集についてです。担当部署を通じて被災地の情報を収集し、それを官邸や関係機関に共有する。いま、どこでどういった被害が発生しているのか、こうした初動での情報収集は警察の役割なんです。ところが、それに思いが至らなかった」と回顧し、「やはり私が官邸に被災地の情報を共有し、災害対策本部の設置を急ぐよう伝えるべきだった」と述べている[77]。
兵庫県の対応

貝原俊民・兵庫県知事（当時）からの災害派遣要請はすぐに行われなかった。これは「貝原知事が情報を座して待っていたこと」「（各所轄の警察署単位で調査した被害情報を取りまとめる立場の）兵庫県警察本部警備部から貝原知事への報告も少なかったこと」が原因だった。