植物界（Kingdom Plantae）の門（division）一覧。

上位分類
（亜界）門綱門（従来版）
アーケ
プラスチダ
Archae-
plastida紅色植物門 Rhodophyta真正紅藻綱 Florideophyceaeなど
イデユコゴメ綱 Cyanidiophyceae
灰色植物門 Glaucophyta
緑色
植物
亜界
Viridi-
plantae緑藻植物門
Chlorophyta緑藻綱 Chlorophyceae
トレボウクシア藻綱 Trebouxiophyceae
アオサ藻綱 Ulvophyceae
プラシノ藻綱　（ペディノ藻、クロロデンドロン藻、ミクロモナス藻）
ストレプト植物門
Streptophyta車軸藻綱 Charophyceae、接合藻綱Zygnematophyceae、等
陸上植物
（有胚植物）
Embryophytaゼニゴケ植物門（苔類） Marchantiophyta
マゴケ植物門（蘚類）Bryophyta
ツノゴケ植物門Anthocerotophyta
維管束
植物
Tracheo-
phytaヒカゲノカズラ植物門 Lycopodiophyta
真葉植物
Euphyllo-
phytaシダ植物門 Pteridophyta
種子植物
Spermato-
phyta裸子植物門 Gymnospermae
被子植物門 Angiospermae

菌界

菌界（Kingdom Fungi）の門（phylum）一覧。.mw-parser-output .ambox{border:1px solid #a2a9b1;border-left:10px solid #36c;background-color:#fbfbfb;box-sizing:border-box}.mw-parser-output .ambox+link+.ambox,.mw-parser-output .ambox+link+style+.ambox,.mw-parser-output .ambox+link+link+.ambox,.mw-parser-output .ambox+.mw-empty-elt+link+.ambox,.mw-parser-output .ambox+.mw-empty-elt+link+style+.ambox,.mw-parser-output .ambox+.mw-empty-elt+link+link+.ambox{margin-top:-1px}html body.mediawiki .mw-parser-output .ambox.mbox-small-left{margin:4px 1em 4px 0;overflow:hidden;width:238px;border-collapse:collapse;font-size:88%;line-height:1.25em}.mw-parser-output .ambox-speedy{border-left:10px solid #b32424;background-color:#fee7e6}.mw-parser-output .ambox-delete{border-left:10px solid #b32424}.mw-parser-output .ambox-content{border-left:10px solid #f28500}.mw-parser-output .ambox-style{border-left:10px solid #fc3}.mw-parser-output .ambox-move{border-left:10px solid #9932cc}.mw-parser-output .ambox-protection{border-left:10px solid #a2a9b1}.mw-parser-output .ambox .mbox-text{border:none;padding:0.25em 0.5em;width:100%;font-size:90%}.mw-parser-output .ambox .mbox-image{border:none;padding:2px 0 2px 0.5em;text-align:center}.mw-parser-output .ambox .mbox-imageright{border:none;padding:2px 0.5em 2px 0;text-align:center}.mw-parser-output .ambox .mbox-empty-cell{border:none;padding:0;width:1px}.mw-parser-output .ambox .mbox-image-div{width:52px}html.client-js body.skin-minerva .mw-parser-output .mbox-text-span{margin-left:23px!important}@media(min-width:720px){.mw-parser-output .ambox{margin:0 10%}}

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原生生物界

原生生物界（Kingdom Protista）の門（phylum）一覧。

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古細菌（アーキア）ドメイン

古細菌（アーキア）ドメイン（Domain Archaea）の門（phylum）一覧。

上位分類
（界・上門）門細胞機構等特徴代表例種類
ユーリ古細菌界
Euryarchaeotaユーリ古細菌門
EuryarchaeotaZリングによる細胞分裂DNAPolD,BI9綱を含み多様Pyrococcus furiosus, Halobacterium salinarum, Methanobrevibacter smithii, Thermoplasma acidophilum539
DPANN群またはユーリ古細菌界ナノ古細菌門
NanoarchaeotaZリングによる細胞分裂寄生性Nanobdella aerobiophila1
プロテオ古細菌界
Proteoarchaeotaクレン古細菌門
CrenarchaeotaESCRT複合体による細胞分裂DNAPolBI,BII、RNApolG大半が好熱菌Sulfolobus acidocaldarius, Pyrobaculum islandicum69
タウム古細菌門
ThaumarchaeotaESCRT複合体による細胞分裂DNAPolBII,D、TopIB中温性が多い。大半は亜硝酸菌で残りも好気性菌が占める。Nitrososphaera viennensis, Nitrosopumilus maritimus6

他に記載種を含まないものとして10門以上
細菌（バクテリア）ドメイン

細菌（バクテリア）ドメイン（Domain Bacteria）の門（phylum）一覧。

上位分類
門グラム染色特徴代表例種類

真正細菌
Bacteria
FCBフィブロバクター門
Fibrobacteres外膜ありグラム陰性6
クロロビウム門
Chlorobi緑色硫黄細菌17
バクテロイデス門
Bacteroides2344
ゲンマティモナス門
Gemmatimonadetes 4
PVCプランクトミケス門
Planctomycetes核膜様構造。ペプチドグリカン欠損。TtsZ欠損106
ウェルコミクロビウム門
Verrucomicrobia核膜様構造61
クラミジア門
Chlamydiaeペプチドグリカン欠損。FtsZ欠損。ATP合成酵素を欠損し、寄生性。クラミジア・トラコマチス15
レンティスファエラ門
Lentisphaerae核膜様構造6
アキドバクテリウム門
Acidobacteria62
アクウィフェクス門
Aquificae16S rRNA系統解析において、真正細菌の中でも早くに分岐したとされる。好気性菌が多い。好熱性は真正細菌の中で最も高い。30
カルディセリクム門
Caldiserica3
クリシオゲネス門
Chrysiogenetes4
デフェリバクター門
Deferribacteres12
ディクチオグロムス門
Dictyoglomi2
エルシミクロビウム門
Elusimicrobia2
フソバクテリウム門
Fusobacteria48
ニトロスピラ門
Nitrospira10
プロテオバクテリア門
Proteobacteria大腸菌7068
スピロヘータ門
Spirochetes細いらせん状、鞭毛が菌体内に存在する特徴がある。