東側は、瀬戸内海の南西部に当たる周防灘に面している。

南側は、企救半島西側では北九州市小倉北区に接し、企救半島東側では小倉南区に接する。門司区と小倉北・南両区は、古代から豊前国企救郡として共通する歴史を歩んできた。

門司区の面積は73.67平方キロメートルである[1]。北九州市の面積の約15%を占める[2]。
自然
地形・地質

地質時代 - 顕生代[* 1][* 2]累代代紀基底年代
Mya[* 3]
顕生代新生代第四紀2.58
新第三紀23.03
古第三紀66
中生代白亜紀145
ジュラ紀201.3
三畳紀251.902
古生代ペルム紀298.9
石炭紀358.9
デボン紀419.2
シルル紀443.8
オルドビス紀485.4
カンブリア紀541
原生代2500
太古代（始生代）4000
冥王代4600
^ 基底年代の数値では、この表と本文中の記述では、異なる出典によるため違う場合もある。
^ 基底年代の更新履歴
^ 百万年前

企救半島は、山がちであり、筑紫山地（横谷により東から福智山地、三郡山地、脊振山地に分かれる）のうち福智山地の北東延長に当たる[3]。区内最高地は戸ノ上山（標高518メートル）である[4]。関門海峡側には狭長な門司平地があり、門司港付近には本川、栄川流域の平地、田野浦に流れる鳴滝川流域の平地があり、大里地区には、風師山・戸ノ上山山麓の崖錐・扇状地で形成された平地がある。周防灘側には、曽根・新門司平地があるが、山地から突き出す肢節や湾入部に分断されている[5]。白野江の梅花石。輝緑凝灰岩中のウミユリ（茎のような部分）の断面が梅の花のように見える[6]。

企救半島には、古生代ペルム紀の付加体である秋吉帯の南西延長に当たる地層群が分布している[7]。付加体は、ユーラシア大陸の縁辺部にプレートが沈み込むに際して、沈み込み帯の深い海底で付加された基盤岩類であり、当時は九州は陸地ではなかった[8]。中国地方各地の秋吉帯と同様、北部九州の秋吉帯は、大規模な石灰岩体を含むのが特徴であり、そのほか玄武岩質岩、チャート、砂岩、泥岩などを含む。小倉南区以南の平尾台などでは白亜紀花崗岩類の貫入によって熱変性を受けているが、企救半島では花崗岩の大規模な貫入岩体が見られず、熱変性が弱く、ところによって化石を産出することがある[9]。白野江では、古生代から中生代にかけて海底にいたウミユリの化石を含んだ梅花石が出土し、その岩層は福岡県の天然記念物に指定されている[10]。

九州北部（内帯）は、中生代白亜紀に隆起して陸化し、以後、新生代を通じて、概して陸上での侵食と火山活動が進行した[8]。企救半島北西部では、秋吉帯は、下部白亜系関門層群で覆われている[9]。関門層群は、九州北部から中国地方西部に分布する非海成下部白亜系であり、下部の脇野亜層群と上部の下関亜層群から成る。脇野亜層群は、礫岩、砂岩、泥岩などの非火山性砕屑岩から成る湖成堆積物が卓越し、一方、下関亜層群は、安山岩、デイサイト、火山砕屑岩を主とする。企救半島北西部は主に脇野亜層群で覆われている[11]。小倉北区の脇野亜層群からニシン科魚類化石、淡水生の貝化石、石灰藻類の化石が発見されたことから、この時代（約1億2000万年前の白亜紀初期から中期）、筑豊・北九州地方は湖（古脇野湖）だったことが分かった[12]。

筑紫山地が福智山地、三郡山地、背振山地に分割されたのは、古第三紀（6600万年前-2300万年前）に発生した正断層を伴う堆積盆地の形成によると考えられる[13]。新第三紀中新世（2300万年前-）以降、日本海が生じ、現在の日本列島の形に近づいていった。北部九州の地形の骨格は、この第三紀に形成された[14]。