上下分離方式を取るに当たって地方自治体が第三種鉄道事業者としてインフラを保有する事例もある。

第三種鉄道事業者とその線路を使用する第二種鉄道事業者（2024年4月1日現在）第三種鉄道事業者第二種鉄道事業者路線名区間営業キロ備考
青森県青い森鉄道青い森鉄道線目時駅 - 青森駅121.9 km
日本貨物鉄道
（JR貨物）
福島県東日本旅客鉄道
（JR東日本）只見線会津川口駅 - 只見駅27.6 km
千葉ニュータウン鉄道北総鉄道北総線小室駅 - 印旛日本医大駅12.5 km北総鉄道と京成電鉄に営業キロ重複計上
千葉ニュータウン鉄道も車両を所有
京成電鉄成田空港線
成田高速鉄道アクセス印旛日本医大駅 - 成田空港高速鉄道線接続点10.7 km第三種鉄道事業者側の路線名は「成田高速鉄道アクセス線」
成田空港高速鉄道成田高速鉄道アクセス線接続点 - 成田空港駅8.4 km第三種鉄道事業者側の路線名は「成田空港高速鉄道線」
成田空港駅寄り1.5kmは重複
本線駒井野信号場 - 成田空港駅2.1 km
東日本旅客鉄道
（JR東日本）成田線JR成田線分岐点 - 成田空港駅8.7 km第三種鉄道事業者側の路線名は「成田空港高速鉄道線」
横浜高速鉄道東急電鉄こどもの国線長津田駅 - こどもの国駅3.4 km
上飯田連絡線名古屋鉄道小牧線味鋺駅 - 上飯田駅2.3 km第三種鉄道事業者側の路線名は「上飯田連絡線」
名古屋市交通局上飯田線上飯田駅 - 平安通駅0.8 km
中部国際空港連絡鉄道名古屋鉄道空港線常滑駅 - 中部国際空港駅4.2 km
西日本旅客鉄道
（JR西日本）のと鉄道七尾線和倉温泉駅 - 穴水駅28.0 km
四日市市四日市あすなろう鉄道内部線あすなろう四日市駅 - 内部駅5.7 km
八王子線日永駅 - 西日野駅1.3 km
養老線管理機構養老鉄道養老線桑名駅 - 揖斐駅57.5 km
伊賀市伊賀鉄道伊賀線伊賀上野駅 - 伊賀神戸駅16.6 km
近江鉄道線管理機構近江鉄道本線米原駅 - 貴生川駅47.7 km
八日市線八日市駅 - 近江八幡駅9.3 km
多賀線高宮駅 - 多賀大社前駅2.5 km
甲賀市信楽高原鐵道信楽線貴生川駅 - 信楽駅14.7 km
北近畿タンゴ鉄道WILLER TRAINS
（京都丹後鉄道）宮津線西舞鶴駅 - 豊岡駅83.6 km
宮福線宮津駅 - 福知山駅30.4 km
奈良生駒高速鉄道近畿日本鉄道けいはんな線生駒駅 - 学研奈良登美ヶ丘駅8.6 km
大阪港トランスポートシステム大阪市高速電気軌道
(Osaka Metro)中央線大阪港駅 - コスモスクエア駅2.4 km
南港ポートタウン線コスモスクエア駅 - トレードセンター前駅0.6 km
中之島高速鉄道京阪電気鉄道中之島線天満橋駅 - 中之島駅3.0 km
西大阪高速鉄道阪神電気鉄道阪神なんば線西九条駅 - 大阪難波駅3.8 km第三種鉄道事業者側の路線名は「西大阪延伸線」
桜川駅 - 大阪難波駅間は近畿日本鉄道の乗務員が運転業務を行うが、近畿日本鉄道は第二種鉄道事業者ではない。
大阪外環状鉄道西日本旅客鉄道
（JR西日本）おおさか東線新大阪駅 - 久宝寺駅20.2 km
日本貨物鉄道
（JR貨物）神崎川信号場 - 正覚寺信号場15.4 km
関西高速鉄道西日本旅客鉄道
（JR西日本）JR東西線京橋駅 - 尼崎駅12.5 km
新関西国際空港西日本旅客鉄道
（JR西日本）関西空港線りんくうタウン駅 - 関西空港駅6.9 km第三種鉄道事業者側の路線名は「空港連絡鉄道線」
JR西日本と南海電鉄に営業キロ重複計上
南海電気鉄道空港線
和歌山県南海電気鉄道和歌山港線県社分界点 - 和歌山港駅2.0 km
阪神電気鉄道神戸六甲鉄道六甲ケーブル線六甲ケーブル下駅 - 六甲山上駅1.7 km
神戸高速鉄道阪神電気鉄道神戸高速線西代駅 - 元町駅5.0 km第三種鉄道事業者側の路線名は「東西線」