他に、メインではないがアトムの登場する番外編として「わが名は百科」や、ゲスト出演の「ブラック・ジャック『おまえが犯人だ!!』」などがある[16]。
外伝・後日談
サンケイ新聞版 鉄腕アトム
コミック掲載時に『アトム今昔物語』に改題。サンケイ新聞掲載時はアニメ1作目の最終回の直接の続きとして描かれた。アニメ版で人類を救うため、核融合抑制装置のカプセルを抱えて太陽に突入したアトムはその後、半ば熔解しカプセルの外殻にくっついた状態で宇宙を漂っていた。しかし、偶然にも通りかかった宇宙人のオハラとスカラによってアトムは修復されることになった。修理を終えたアトムは彼らの宇宙船で地球に戻る事になるが、その宇宙船の速度が光より速かったためウラシマ効果で1960年代の日本に時間移動してしまう。仕方なくそこでスカラと共に暮らすことにし、若き日のお茶の水博士やヒゲオヤジと出会う。ある日、アトムはドロッピーのトムという心を閉ざした少年と出会う。ドロッピーのトムは犯罪に手を貸そうとしていたが、アトムがそれを阻止し助ける。ドロッピーのトムはアトムに救われたことで将来アトムみたいなロボットを作ろうと思うようになった。やがてアトムはエネルギーが尽きたためスカラの持つ三次元縮小装置で小さくなり眠りにつく。それから時は流れて2003年、ドロッピーのトムは大きくなり科学省の長官になっていた。実はドロッピーのトムは天馬博士の子供の頃の姿であった。しかし、博士は悲しいことに息子を交通事故で亡くしてしまう。そこで彼は息子の代わりとなるロボットを作り始める。そのロボットの姿は『過去に自分を助けてくれたロボット』に似せたものであった。そのロボットは「アトム」と名付けられ完成したが何故か動かなかった。またその頃、本来のアトムはたまたま近辺に墜落した宇宙船に乗っていたロボットからスカラの手でエネルギーをもらって目覚めていた。そして本来のアトムは、タイムパラドックスのために新たに天馬博士に造られた自分が起動しないことを知り、「もう一人の自分」を誕生させるために自分の存在を消し去ることを決意。新しいアトムの起動操作の時に発生した装置のエネルギー波のスパークに、自ら飛び込み消滅する。その後、無事起動に成功した新しいアトムは天馬博士に可愛がられるが、天馬博士は「アトムは所詮ロボットであり息子の代わりにならない」と悟りアトムをロボットサーカスに売る…。そこからもう一体のアトムの物語が始まり地球に襲いかかる細菌型の宇宙人と戦うことになる。このサンケイ新聞版の鉄腕アトムは、ゴールデンコミックス版単行本化の際に連載漫画の続きではないという矛盾があるとの指摘により、冒頭の「アニメ版の続き」という内容は削除された。またその他にスカラの乗った宇宙船の爆発で過去の時代にタイムスリップしたことに変更され、若き日の天馬博士とアトムが出会うエピソードも削除され、朝日ソノラマ版コミックス掲載時にはアトムの最期のエピソードが差し替えられた。この改変では、若き日のお茶の水博士の助手になってその後のロボット技術の基礎を作るも当時の技術では常時アトムを起動させておくだけのエネルギーが高価すぎて確保が難しく、また長い歳月の間に劣化が進んだ部品のメンテナンスも不可能だったため、自分の死期を悟ったアトムは後に自分の家が建てられる事になるとある山奥に飛び、そこで壊れて動かなくなった後野晒しとなって朽ち果てていった。そしてアトム誕生の日に、スカラの手によってタイムパラドックスを避けるため爆破される、という流れになっている。
アトムの最後
役目を終え博物館に眠るアトムが再び目覚める内容を描いた後日談的ストーリー。本作ではアトムの存在は脇に置かれており、人間の主人公と、そのガールフレンドとの悲劇が物語の主軸となっており、殺伐とした悲劇として描かれ、救いのないハードな内容になっている。
小学四年生版 鉄腕アトム
単行本掲載時に『アトム還る』に改題。アトム今昔物語とは別のTV最終回の後日談で、「小学四年生」の'72年度で一年間連載された。冒頭の『宇宙を漂っていたアトムを宇宙人が回収し修理する』という設定は同じだが、その後の展開がアトム今昔物語と異なっている。実写TVドラマも視野に入れ企画されていたが実現にはいたらず、少女にアトムのコスチュームを着せたスチールが数枚撮られたのみとなった。単行本では、連載の前半6回しか収録されていない。核融合抑制装置のカプセルを抱えて太陽に突入し、半ば熔解しカプセルの外殻にくっついた状態で宇宙を漂っていたアトムを、超科学力を持つ三つ目族の宇宙人ルルル星人が偶然発見し、回収した後に修理改造され、人工皮膚の硬度が10倍となり、身を守るプロテクターと、タイムマシン機能のある第三の目を得た新たな姿で蘇り、様々な姿に変身できるロボット少女・スピカとともに地球へと戻ってくる。地球に戻ったアトムは、自分の家族がいる時代を求めて、額のタイムマシンで様々な時代を放浪しながら事件に巻き込まれていく。最終回では、地球を調査する任務を帯びていたスピカが母星の決定で、アトムの故郷である2003年の地球を破壊しようとして、アトムと戦うことになる。しかし、スピカはアトムと和解し、二人でアトムの家族を捜す旅に出るところで物語は終了している。
小学一年生版 鉄腕アトム
小学四年生版の改造アトムと同設定の作品。1話完結の作品で、単行本化はされていない。作品中で判明するアトムの7つの威力は「空を飛ぶ」「100万馬力」「一千倍の聴力」「マシンガン」「空気から飲み物を作る」「目がカメラ」「タイムマシン」。
アトム二世
他の後日談と異なりギャグ漫画として描かれたセルフパロディ短編。他の星からアトムが無事であったとの連絡が入りお茶の水博士は喜んだが、その星がどこなのかはわからず再び落ち込む。そこへ総理（アセチレン・ランプにそっくり）から「第二のアトムを作れ」との要請があり「人間そのもの」の完全なアトム二世を作った。