南宋の景定2年（1261年）に、蒙古軍は成都を攻め落とし、宋軍は重慶に後退して守勢をとった。彭大雅は重慶府知府を担当。都市防衛の為、彭大雅は全力を尽くして重慶城を北へ嘉陵江まで、西へ現在の臨江門を拡張した。拡張後の範囲は大体三国時代の李厳が拡張する江州城に比べて2倍拡大して、明・清時代の重慶の基礎を打ち立てた。
清王朝時代

1876年9月13日、イギリスは「マーガリー事件」を口実にし、清政府と中英「芝罘条約」（煙台条約）を締結した。それをきっかけで、イギリスが重慶に領事を駐在させることができるようになった。1890年3月31日、中英は「新訂芝罘条約が継続してもっぱら条を増加する」を締結して、貿易港として重慶を確定した。1891年3月1日、重慶税関が朝天門の近くで設立した。

1895年、清帝国は日清戦争の中で日本に打ち負かされて、当時4月の締結する「下関条約」の中規定によって、重慶は日本に内陸の貿易港として開放された。同時に、イギリスとフランスがそれぞれ重慶で領事館区を創立した。
中華民国時代韓国臨時政府遺跡地重慶大爆撃の遺跡

1929年（民国18年）、重慶は巴県から切り離され、国民政府の2級の乙等の省管轄の都市四川省に所属するようになった。

1936年、管理する1等国家直轄市となり、貴州省の遵義地区など統轄した。

1939年（民国28年）5月5日、南京国民政府は、重慶を甲等の国家直轄市に昇格させ、管轄区域の範囲は大体今重慶の主な市街区域である。日中戦争で首都であった南京が陥落すると、1938年に?介石の中国国民党は首都機能を重慶に移転させ、重慶の北碚市（現在の北碚区）において中華民国の中央行政院と臨時政府が設置された。1937年から1946年の間、重慶は中華民国の首都として、数万の企業、学校があって、8万トン近くの黄金はすべて重慶まで引っ越し、戦時中の中国の政治、経済、文化センターとなり、第二次世界大戦同盟国の極東指揮センターとされた。日中戦争の中で、川軍57師のうち、重慶籍の兵士は半分の以上であり、対日作戦の絶対的な主力の川軍の絶対的な主力とされた。

また、金九などを中心とした大韓民国臨時政府も、国民政府とともに重慶へ避難した。日本軍は、?介石の国民政府及び大韓民国臨時政府を殲滅するため、重慶に戦略爆撃、後に無差別爆撃を行った（重慶爆撃）。その中、1941年6月5日の日本軍の爆撃による「トンネル大惨事」で7764人の市民が窒息して死亡した。?介石政府は国民政府と重慶市民は対日作戦を徹底する決意を示すため渝中区鄒容路と五四の交差点「精神の堡塁」を設立した。渝中区人民公園には重慶市の消防人員の殉職紀念碑があり、臨江門都市広場の近くも大きな爆撃記念碑がある。

日中戦争終結後の1945年8月、内戦を避けるため、国民政府（中国国民党）は中国共産党と重慶において43日間にわたる重慶会談を行った。
中華人民共和国時代

1949年11月30日、中国人民解放軍は重慶に入り、その後、重慶市は中華人民共和国の直轄市となった。1954年7月、重慶市は直轄市から地方都市と変更され、再び四川省に併入された。

1997年3月14日、第8期の全国人民代表大会の第5回の会議で、もと四川省重慶市・万県市・?陵市・黔江地区を合併し重慶直轄市を設立する議案が可決され、6月18日に設立された。
経済解放碑中央ビジネス地区

重慶市の2022年の市内総生産は21929.03億元（約3067億ドル）であり、広州を超えて中国の第4位になってきた。

重慶は1895年に締結された日清講和条約の条文にある「清国は、荊州府沙市・重慶府・蘇州府・杭州府を日本に開放する」により対外開放され、長江を使って宜昌を経由して東部へ、また中部の各所への輸送が強化され、外資、民族資本が投入され近代工業が興った。

日中戦争中に南京市・武漢市などから主要工場を疎開させたため産業が集積した。

中華人民共和国成立後、内陸部工業化の重点都市となり、中ソ対立の時期には上海市や東北部から工場が四川省などへ移転し重慶にも多額の国家投資が1976年まで投入された。重慶は機械工業、総合化学工業、医薬品、電子機器、電力設備、食品加工、建築資材、ガラス工業、冶金などの各工業が組み合わさった一大基地となり、一時は「工業は重慶に学べ」のスローガンすら出た。

一時中国6大工業基地の一翼となるが、内陸部から資本の撤退により衰退をしていった。1980年代の改革開放後、上海など沿海部の都市が目覚しく発展したのに対し、重慶は発展から取り残され、以前とは逆に経済的に立ち遅れた地域になっていた。