1つの地方で1つの広域自治体を形成する北海道と、都制を敷く東京都を除く45府県において、府県と府県庁所在地の名称が一致するのは29府県、一致しないのが16県となっている。一致していない県では、政庁が所在する旧郡の名称が用いられている場合が多いが、栃木県や愛媛県のように、政庁の所在する都市名でも郡名でもない名称が用いられた例[注 1]のように、個々の県によって事情が異なる。
都道府県庁所在地駅

大型時刻表の巻頭の鉄道路線図では、普通鉄道のない沖縄県那覇市を除く各都道府県庁所在地の中心駅が「都道府県代表駅」として記載されており、都道府県庁所在地については市名の代わりに駅名で呼ばれることもある。都道府県庁所在地名と都道府県代表駅名が異なっている例もある。

東京都の場合は後述のように都庁所在地を「東京都区部（東京23区）／東京」とする場合と「新宿区」とする場合があるが、東京駅と新宿駅がいずれも都道府県代表駅として並立している。

さいたま市に対し「さいたま駅」は存在しないが、同市内の区で県庁のある浦和区に対し浦和駅が都道府県代表駅に指定されており、同市唯一の新幹線停車駅である大宮駅は代表駅とされていない。さいたま市は2001年の合併以前は浦和市が県庁所在地であったため県庁所在地名と一致していた。

和歌山市にある現在の和歌山駅はかつて「東和歌山駅」を名乗り、現在の紀和駅が元は「和歌山駅」を名乗り都道府県代表駅だったが、かつての東和歌山駅が県内の路線の発着の中心駅となったため、現在の紀和駅から和歌山駅の名前を移されて都道府県代表駅になっている。

福岡市に対し「福岡駅」は県内に存在しない（現在の西鉄福岡（天神）駅が、かつて福岡駅を名乗っていた）が、福岡市内の区で県庁のある博多区に対し博多駅が都道府県代表駅になっている。都道府県庁所在地の中心駅で、過去も含めて都道府県庁所在地名と都道府県庁所在地駅名が全く一致していないのは博多駅（福岡市）のみである（詳細は博多駅#駅名の由来および博多を参照）。

鹿児島市にある鹿児島中央駅（鹿児島駅はある）については県庁所在地名と完全に一致しない。鹿児島市では元は鹿児島駅が県庁所在地の中心駅であったが、歴史的経緯によって西鹿児島駅（現・鹿児島中央駅）に移動した（『JTB時刻表』では並列している。詳細は当該項目を参照）。

那覇市では戦前は那覇駅が存在していたが沖縄県営鉄道が廃止され、その後のゆいレール開業に伴い県庁前駅が設置された。沖縄県にはJRの駅が存在せず、県庁前駅が明確に中心駅としての役割を果たしているわけではない。大型時刻表の巻頭路線図では那覇バスターミナルを都道府県庁所在地駅としている。
東京都の都庁所在地「特別区#特別区と市町村の相違点」および「東京都庁舎」も参照

国土交通省に置かれる特別の国の機関である国土地理院には、都庁所在地の記載に関して以下のような決まりがある。『各特別区は通常の市町村（普通地方公共団体）とは異なるため、東京の都庁所在地として「新宿区」と記載することができません。東京都の都庁所在地を「東京」と記しています[4][5]。』

東京都の前身に当たる東京府では、府庁が当時の東京市麹町区に置かれた。東京市は他の道府県庁所在地と同じく市制に基づく基礎自治体だったが、東京府とその府庁所在地であった東京市は1943年（昭和18年）7月1日に東京都制の下で消滅して新たに東京都が設置され、従来の行政区（東京35区）はそれぞれの区を単位とする基礎自治体の「特別区」とされた。初代の東京都庁舎は東京府庁舎（東京市庁舎と合同）を引き継いだものであったため、その所在地は「東京都麹町区」となっている。麹町区は1947年（昭和22年）に実施された35区から22区（のち23区）への特別区再編によって神田区と合併し、新たに千代田区が成立したが都庁舎は引き続き同区内に置かれたため、千代田区が基礎自治体としての「都庁所在地」の地位にあった。

千代田区に都庁舎が置かれていた当時は日本の首都（司法・立法・行政の三権）としての中枢施設がいずれも同区内にあり、また旧都庁舎が当時は唯一の「都庁所在地の代表駅」の地位を占めていた東京駅付近の丸の内にあったため「都庁が東京駅近くにある＝都庁所在地は東京」とする感覚が一般的であったとみられ、都庁所在地を「千代田区」でなく「東京」と記述することに対する疑問はほとんど無かったとされる[6]。その後、1991年（平成3年）4月1日には新宿区西新宿に落成した現在の都庁舎が供用を開始しており、例規上は同日より基礎自治体としての「都庁所在地」は千代田区から新宿区へ移転したということになる。

しかし、基礎自治体としての「都庁所在地」に当たる新宿区（並びに、移転前の都庁舎所在地であった千代田区）は地方自治法上の「特別地方公共団体」とされ、法制度上は同法の「普通地方公共団体」に当たる他の市町村とは異なる扱いを受けている[6][7][8]。