千代田区に都庁舎が置かれていた当時は日本の首都（司法・立法・行政の三権）としての中枢施設がいずれも同区内にあり、また旧都庁舎が当時は唯一の「都庁所在地の代表駅」の地位を占めていた東京駅付近の丸の内にあったため「都庁が東京駅近くにある＝都庁所在地は東京」とする感覚が一般的であったとみられ、都庁所在地を「千代田区」でなく「東京」と記述することに対する疑問はほとんど無かったとされる[6]。その後、1991年（平成3年）4月1日には新宿区西新宿に落成した現在の都庁舎が供用を開始しており、例規上は同日より基礎自治体としての「都庁所在地」は千代田区から新宿区へ移転したということになる。

しかし、基礎自治体としての「都庁所在地」に当たる新宿区（並びに、移転前の都庁舎所在地であった千代田区）は地方自治法上の「特別地方公共団体」とされ、法制度上は同法の「普通地方公共団体」に当たる他の市町村とは異なる扱いを受けている[6][7][8]。

これに加えて国土地理院発行の地図上では「図式適用規程」により「市町村の名称はすべて表示する」「都道府県庁の位置は◎で表示する」の2点が定められており、普通地方公共団体の「市町村」に該当しない特別地方公共団体の23特別区に関しては取り扱いが明記されていないため、便宜的に「旧東京市の後裔たる東京都区部（23区）の総称」として「東京」と記載する慣例が存在する[8][9]。国土地理院によるこの慣例は民間の地図出版社でも概ね踏襲されており、日本全土を1枚の地図に収めた日本地図や関東地方の広域地図では都庁所在地を「新宿区」でなく「東京」と表記するものが大半である[7][8][9]。

また、他の道府県庁所在地と人口や産業の集積率などを統計で比較するに当たり、基礎自治体としての新宿区単体ではなく、新宿区を含む「特別区の集合体」としての東京都区部全域（表記上は「特別区部」「23区」などの場合もある）を便宜的に1つの都市とみなした扱いがなされることが多い[注 2]。これに対し、分県地図のように東京都のみを個別に扱う（他の道府県との比較や関係を示す必要が薄い）場合、地誌や一般の百科事典等で東京都単体について解説した項目では、地方公共団体の種別に関わらず都庁所在地を「新宿区」と記載する事例がみられる[10][11][12]。このため「基礎自治体」としての「都庁所在地」は新宿区に該当するが、広域地図や都市の比較統計では慣例的に東京都区部全体を1つの都市とみなして「東京」または「特別区部」、「23区」のように記載する使い分けがなされる傾向があり、教育現場でもその扱いは一定していない[7][注 2]。

なお、この件については都民のみならず全国からも問い合わせが多いとして、東京都庁の公式サイトでは以下のとおり、新宿区西新宿二丁目であると明記している[9]。
都道府県庁所在地全ての座標を示した地図 - OSM
全座標を出力 - KML
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