形式の呼称は名古屋市営地下鉄などと同様、「系」ではなく「形」と称す。
現有車両

浅草線 - 5500形・E5000形（電気機関車）

三田線 - 6300形・6500形[3][4]

新宿線 - 10-300形

大江戸線 - 12-000形・12-600形[5]


5500形

6300形

6500形

10-300形

12-000形

12-600形

E5000形

過去の車両

浅草線 - 5000形・5200形・5300形

三田線 - 6000形・10-000形

新宿線 - 10-000形[6]・10-300R形[7][8]


5000形

5200形

5300形

6000形

10-000形

10-300R形

運賃

2019年（令和元年）10月1日改定[9]。（小児半額・端数がある場合、ICカードの場合は1円未満の端数は切り捨て、切符利用の場合は10円単位で切り上げ）。

キロ程(km)運賃（円）
大人小児
ICカード切符利用ICカード切符利用
初乗り4km1781808990
5 - 9km220220110110
10 - 15km272280136140
16 - 21km325330162170
22 - 27km377380188190
28 - 46km430430215220


東京地下鉄との共用区間である目黒駅 - 白金高輪駅の各駅相互間では運賃計算の特例が設定されている。詳細は「東京メトロ南北線#運賃計算の特例」を参照。

蔵前駅および東日本橋・馬喰横山駅で改札を出て乗り換える場合、ICカードの場合は、ICカードの残額が乗車駅から乗換駅までの運賃に満たなければチャージ（入金）しないと乗り換えることができず、きっぷの場合はその額面が乗車駅から乗換駅までの運賃に満たない場合は、その駅までの運賃と原乗車券の額面との差額を精算しなければ乗り換えることができない。また、ICカードの場合、60分以内に乗り換えなければ運賃は通算されない（60分を超えると運賃計算がそこで打ち切られ、その駅からまた新たな乗車として運賃が必要となる）が、きっぷの場合は有効期間内であれば乗換時間の制限はない。

団体客向けに団体割引が行われている。

身体障害者手帳や愛の手帳を所有、もしくは生活保護や児童扶養手当を受給している東京都民は「都営交通無料乗車券」が発行され運賃が無料になる。

精神障害者保健福祉手帳を所有している東京都民は東京都福祉保健局より「精神障害者都営交通乗車証」が発行され運賃が無料になる。

満70歳以上の東京都民に発行されている乗車券「東京都シルバーパス」を利用することができる。

連絡特殊割引
東京地下鉄線と連絡して利用する場合は、発駅から着駅までに両社局線を1回乗り継ぐことにより、最も低廉となる経路の併算運賃から大人70円、小児40円を割り引く（都営地下鉄線・東京地下鉄線それぞれの乗り継ぎ駅との運賃を計算した場合にいずれか片方でも最も低廉となる経路の併算運賃を超える場合を除く）。

東京地下鉄線との乗換駅において改札外で乗り換える場合（連絡改札のある駅で連絡改札を通らず改札を出場して乗り換える場合を含む）、交通系ICカードのSF利用の場合は乗換駅で改札を出場してから60分以内に乗り換え先の改札を入場することで自動的に適用される（きっぷの場合は有効期間内であれば制限はない）。

北総線区間（新柴又駅 - 印旛日本医大駅）に係る連絡割引
都営地下鉄各駅（押上駅を除く）と押上、京成高砂連絡で北総線区間各駅との発着となる普通運賃は、3者の併算額から大人30円、小児20円を割り引く。また、都営地下鉄各駅（同前）と北総線区間のうち大町駅 - 印旛日本医大駅間各駅との発着となる大人普通運賃については、40円を割り引く（上記の東京地下鉄線との乗り継ぎ割引が適用される場合を除く）。
その他の連絡割引
他社との接続駅付近の、特定の区間について、大人20円、小児10円（京王線 - 大江戸線の乗り継ぎに限り、大人・小児とも10円）の連絡割引運賃が設定されている。以下に例示する。

接続駅接続会社都営線の駅乗継対象の路線の駅
押上駅京成電鉄浅草線：浅草駅 - 本所吾妻橋駅京成押上線：京成曳舟駅 - 八広駅
浅草駅東武鉄道浅草線：浅草橋駅 - 押上駅
大江戸線：新御徒町駅 - 両国駅東武伊勢崎線：とうきょうスカイツリー駅 - 東向島駅
東武亀戸線：曳舟駅 - 小村井駅
泉岳寺駅京浜急行電鉄浅草線：五反田駅 - 大門駅
三田線：芝公園駅 - 白金高輪駅京急本線：品川駅 - 新馬場駅
目黒駅東急電鉄三田線：白金高輪駅 - 白金台駅東急目黒線：不動前駅 - 西小山駅
新宿駅京王電鉄新宿線：新宿三丁目駅 - 曙橋駅
大江戸線：国立競技場駅 - 西新宿五丁目駅京王線（京王新線）：初台駅-笹塚駅
小田急電鉄新宿線：新宿三丁目駅 - 曙橋駅
大江戸線：都庁前駅 - 西新宿五丁目駅小田急小田原線：南新宿駅 - 代々木上原駅