以後、『説文解字』に倣って、部首によって漢字を分類した書物（これを字書と呼ぶ）がいくつか作られた。『玉篇』（542部首）、『類篇』（540部首）などの字書は、親字が楷書体となり、字解の内容も漢字の成り立ちでなく字義を中心としたものに変わっている。しかし、取り上げられている部首は『類篇』では『説文解字』と全く同じであり、『玉篇』でも違いはわずかである。そのため、検索については『説文解字』と同じ欠点を持っていた。

中国では、長い間、検索の利便性の点から、漢字を部首別に並べた字書の配列よりも、漢字を韻目順に並べた韻書の配列の方が多く利用されてきた。部首分類の祖である『説文解字』も、南宋の時代に部首を韻目順に並べ替えた『説文解字五音韻譜』が出るとたいへん広く使われ、一時は『説文解字』というとこの本のことを指すほどであった。『佩文韻府』（はいぶんいんぷ）や『隷辨』（れいべん）などが韻目順であるのは、検索にもっとも便利であるからである。

その後、遼の僧侶行均の『龍龕手鑑』（242部首）、金の韓孝彦・韓道昭の『五音篇海』（444部首）など、部首の数をしぼって索引の便を図った字書が出た。特に『五音篇海』は同一部首に属する漢字の画数順配列を（部分的にではあるが）採用している。しかし、これらの字書では、まだ部首自体の配列順に画数順は採られておらず、『龍龕手鑑』では部首を四声の順に配列し、『五音篇海』では五音三十六字母の順、すなわち部首字の子音順に配列する方式が採られていた。
『字彙』による部首分類

現在の主流である、画数順に214部首を並べる形は、明の万暦43年（1615年）、梅膺祚によって編纂された『字彙』によって初めて行われた。『字彙』は部首の配列順及びその部首に属する漢字の配列順をすべて画数順とした画期的な字書である。それ以前の字書に多く見られた所属文字の極めて少ない部首を大胆に統合したこともあって、本書の出現によって字書による漢字の検索は以前に比べて極めて容易になった。

『字彙』による所属文字の少ない部首の統合の実例を挙げる。『説文解字』では「男部」に「男、甥、舅」の3字が属するが、『字彙』では「男部」は廃止され、「男」は「田部」に、「甥」は「生部」に、「舅」は「臼部」に移っている。「甥」も「舅」も形声文字であり「生」「臼」はその音符、「男」は意符にあたる。形声文字の部首は、その意符の部分とする、という原則よりも、所属文字わずか3字の「男部」を廃止し、結果として検索をより容易にしている。

『説文解字』では象形文字は部首になるべきものであるが、その象形文字を意符として作られた漢字が存在しない場合や極めて少数である場合には、部首を立てても検索をいたずらに困難にするだけである。そのため、『字彙』では象形文字は、「甲」「申」「由」がいずれも「田部」に属するように、字義と無関係な部首に移しているものが多い。また、『字彙』の部首の中には、字源ではなく字形によって分類することによって検索に役立つことだけを目的に立てられたものも一部含まれている。例えば「亠部」の部首字の「亠」は漢字としては本来存在せず、検索の便宜上作り出されたものであり、「冂部」「干部」「爻部」なども部首字自体は象形文字だが、部首としては意符というよりも字形分類のために立てられている。

以上のように、『説文解字』の部首が漢字を意味により分類し体系づけることを目的としているのに対し、『字彙』の部首は漢字を検索するための形態による分類の道具、という面が強い。しかし、全体的には意味によって漢字を分類するという要素も残している。
『康熙字典』による部首分類

『康熙字典』の部首の配列順は『字彙』におおむね従っている。違いは2か所のみであり、1つは『字彙』が5画部首の冒頭を「玉玄瓜」の順としているのを、『康熙字典』が康熙帝の御名「玄」を5画部首の冒頭にするために「玄玉瓜」の順に改めているところと、もう1つは4画で气部と氏部の配列を入れ替えているところである。それぞれの漢字の部首の決め方は、『字彙』がどちらかというと字形に傾いているのを、『康熙字典』はやや字義優先に修正している。

なお、これらの214部の分類で、同画数の部首の配列順序には、全体を貫く原則は存在しない。しかし、2画では「人」「儿」「入」「八」部が、3画では「土」「士」部が、4画では「日」「曰」部が並んでいるように字形の類似した部首を並べる配慮がされているほか、4画で「牙」「牛」「犬」部が並んでいるように意味の類似した部首をまとめようとしていることも窺える。
伝統的な部首分類と漢和辞典の改良

昭和の始めまで、日本の漢和辞典は、意味による部首分類である康熙字典の分類を踏襲するのが普通であったため、部首を引くのは必ずしも容易ではなかった。たとえば、「忄」（りっしんべん）の字を引くには「心」部を見なければならず、「承」の字は「手」部を見る必要があった。これらは、字の成り立ちに由来していることが多い。また、1946年（昭和21年）の当用漢字表、1949年（昭和24年）の当用漢字字体表による新字体への変更により、旧字体との乖離への対応も必要となった。
字形主義と字義主義

『康煕字典』の部首の選択は字義主義（形声文字の意符を部首に選ぶ）と字形主義の折衷的な方式であり、何を部首として引いたらよいのかわからないことが少なくない。

長沢規矩也は、字の見た目から引けるように工夫をした『新撰漢和辞典』を1937年（昭和12年）に三省堂から刊行した。これは字形主義の代表である。この方式は戦後の『三省堂漢和辞典』（1971年初版）にも引き継がれた。三省堂の部首は以下のような原理に従っているという[1]。

意味を考慮せず、できるだけ偏や冠で引けるようにする

多くの漢字の上半分・左半分に共通してある形で、従来の部首にないものについて、部首を新設する

人偏（?）や立刀（?）・立心偏（?）などは独立した部首として立てる

匚部と匸部、土部と士部などは統合する

逆になるべく字義主義を取ろうとしたのが角川『新字源』で、凡例で「検索に著しいさまたげがないかぎり、合理的な部首に移した」と言っているのは[2]、これを指す。『新字源』と『康煕字典』で部首の変更があったものを例示すると、以下のようになる。

字康煕字典新字源
修人部8画彡部7画
外夕部2画卜部3画
如女部3画口部3画
巡巛部4画?部3画
知矢部3画口部5画
舒舌部6画亅部11画
飲食部4画欠部8画

同一部首の変形の扱い

伝統的には、たとえば「心」の部には、「忘」の字など、「心」の形を保ったものの他に、「快」の字のように、偏で「忄」の形のもの、また「慕」の字など、脚で「㣺」の形のものを収める。艸部の「?」、?部の「?」、邑部の「?」（おおざと）、阜部の「?」（こざとへん）などのように、その部首に所属する漢字のほぼ全てが変形となっているものもある。