運輸安全委員会の内部組織は、法律の運輸安全委員会設置法、政令の国土交通省組織令及び省令の運輸安全委員会事務局組織規則が階層的に規定している。
事務局長
審議官
総務課
国際渉外室
広報室
会計室
企画官
参事官
事故防止分析官
事故調査調整官（9名）
首席航空事故調査官
次席航空事故調査官(3名）
統括航空事故調査官（4名）
首席鉄道事故調査官
次席鉄道事故調査官(2名）
統括鉄道事故調査官（2名）
首席船舶事故調査官
次席船舶事故調査官(4名）
統括船舶事故調査官（5名）
首席地方事故調査官(4名）
次席地方事故調査官(7名）
統括地方事故調査官（15名）
首席地方事故調査官、次席地方事故調査官及び統括地方事故調査官は函館、仙台、横浜、神戸、広島、門司、長崎、那覇に配置。 地方海難審判所（那覇支所を含む）の所在地に対応して事務所を設置し、横浜、神戸、広島、門司の各事務所の所長には首席地方事故調査官を充て、函館、仙台、長崎の各事務所の所長には次席地方事故調査官を充て、那覇事務所長には統括地方事故調査官を充てる。 これらの地方事務所は組織法令上の正式な組織ではなく通称であり、組織法令は、各地方事故調査官を地域ごと置くとなっている。 地方事故調査官は、旅客の死亡を伴うなどの重大な船舶事故等以外を扱うほか、航空事故等と鉄道事故等についても初動調査を扱う。 代氏名在任期間主な前職 委員長及び委員は以下のとおりである[15]。 国土交通省の該当の項を参照 事務局の幹部は以下のとおりである[16]。
地方事務所
歴代委員長
前身の航空事故調査委員会委員長及び航空・鉄道事故調査委員会委員長も含めて記載。
前身も含め委員長の任期は3年で再任可能。同一人の連続再任は個別の代数として記載。
退任日に付した（願）は任期途中の依願退任を、（亡）は在任中死亡を、（法）は法令改正による官職名等の変更を表す。（続）は後任者未定のため任期満了者が引き続き職務を行ったことを表す（本来の任期満了日を付記）。これらの括弧書きがないものは後任者未定による継続在任のない通常の任期満了を表す。
1974年3月2日の守屋富次郎の死亡時から同年6月1日の岡田實の任命時までの間は、委員長職は空席となった。このときは第72回国会（常会）の会期中であったため、当時の航空事故調査委員会設置法第6条第2項の規定（いわゆる閉会中任命）は適用されなかった。
1977年1月10日の任期満了の翌日（1月11日）から同年2月22日の岡田實の再任命時までの間は、委員長職は空席となった。当時の航空事故調査委員会設置法第7条には、後任者未定の場合に任期満了者が引き続き在任する旨の規定はなかった。
2001年10月1日の委員会名称・委員長官職名の変更は法令の一部改正によって行われており、委員長について両議院の再度の同意手続も新たな辞令の発出も「みなし任命」規定もなく任期が継続しているため、この表での代数は更改しない。
2008年10月1日の委員会名称・委員長官職名の変更は法令の一部改正によって行われており、委員長について両議院の再度の同意手続も新たな辞令の発出もなかったが、国土交通省設置法等の一部を改正する法律（平成20年法律第26号）附則第3条第1項前段の規定により「みなし任命」が適用され、組織としてもいわゆる八条委員会から三条委員会への「格上げ」がなされているため、この表での代数の起算を改める。なお、初代の任期は同項後段の規定により（3年間でなく）旧委員長の残任期間と同一とされ、2010年2月21日満了となっている。
航空事故調査委員会委員長
1守屋富次郎1974年1月11日 - 1974年3月2日（亡）東京大学教授、防衛大学校教授、技術研究本部長
2岡田實1974年6月1日 - 1977年1月10日工学院大学学長、航空事故調査委員会委員
31977年2月22日 - 1980年2月21日
4八田桂三1980年2月22日 - 1983年2月21日東京大学宇宙航空研究所長、航空事故調査委員会委員
51983年2月22日 - 1985年10月9日（願）
6武田峻1985年10月9日 - 1986年2月21日航空宇宙技術研究所長
71986年2月22日 - 1989年2月21日
81989年2月22日 - 1992年2月21日
9竹内和之1992年2月22日 - 1995年2月21日航空宇宙技術研究所長、航空事故調査委員会委員
101995年2月22日 - 1998年2月21日
11相原康彦1998年2月22日 - 2001年2月21日東京大学教授
12佐藤淳造2001年2月22日 - 2001年9月30日（法）東京大学教授
航空・鉄道事故調査委員会委員長
12佐藤淳造2001年10月1日 - 2004年2月21日（前掲）
132004年2月22日 - 2007年2月21日
14後藤昇弘2007年2月22日 - 2008年9月30日（法）九州大学大学院教授
運輸安全委員会委員長
1後藤昇弘2008年10月1日 - 2010年2月21日（前掲）
22010年2月22日 - 2013年2月27日（続）（2月21日）
32013年2月27日 - 2016年2月26日
4中橋和博2016年2月27日 - 2019年3月31日（続）（2月26日）宇宙航空研究開発機構理事
5武田展雄2019年4月1日 -東京大学副学長・東京大学大学院新領域創成科学研究科教授
委員長及び委員
委員長：武田展雄
委員：柿嶋美子（東京大学大学院 法学政治学研究科 元教授）
委員：宮下徹（公益財団法人航空輸送技術研究センター
委員：丸井祐一（全日本空輸（ANA） 安全推進センター 元副センター長）
委員：奥村文直（公益財団法人鉄道総合技術研究所（JR総研） 元理事）
委員：石田弘明（明星大学 理工学部総合理工学科 元教授）
委員：佐藤雄二（43代・海上保安庁長官）
委員：田村兼吉（国立研究開発法人海上･港湾･航空技術研究所
委員（非常勤）：中西美和（慶應義塾大学 理工学部管理工学科 教授（現職））
委員（非常勤）：津田宏果（国立研究開発法人宇宙航空研究開発機構（JAXA） 航空技術部門飛行技術研究ユニット主任研究開発員（現職））
委員（非常勤）：鈴木美緒（東海大学 工学部土木工学科准教授（現職））
委員（非常勤）：新妻実保子（中央大学 理工学部精密機械工学科教授（現職））
委員（非常勤）：岡本満喜子（弁護士・関西大学 社会安全学部准教授（現職））
所管法人、財政及び職員
事務局の幹部
事務局長：高桑圭一
審議官：金指和彦
総務課長：堀真之助
参事官：渡辺浩昭
首席航空事故調査官：齋藤賢一
首席鉄道事故調査官：森宣夫
首席船舶事故調査官：森有司
脚注^ 「国土交通省定員規則（平成13年1月6日国土交通省令第28号）
^ 令和4年度一般会計予算
^ あくまで発生事案の原因究明を目的としており、事故の責任の所在については基本的に言及しない。また調査報告書の冒頭にもそのように記載される。
^ a b c d e f g h i j “運輸分野の事故調査制度