運賃表ではIC運賃を導入している場合でも「きっぷの運賃（現金での運賃）」を優先して記載されているが、路線図の隅の方に「ICカード利用時の運賃」との対応表を掲載している[注 3]。対応表には種類があり、加算運賃を設定していない鉄道事業者では「きっぷの運賃（現金での運賃）」と「ICカード利用時の運賃」の額面同士での対応表が掲載されていることが多い[注 4]が、加算運賃や連絡割引運賃を設定している鉄道事業者では、1つのきっぷ運賃に対してIC運賃が複数ある場合があり、その案内も事業者により対応がまちまちである[注 5]。また、「きっぷの運賃がIC運賃を10円単位で四捨五入する鉄道事業者」の場合、掲出される運賃表でICカードの方が区間によって運賃が高いことを知らせていることがある。連絡きっぷについてはほとんどの場合「ICカード利用時の運賃」の掲出は無く、「きっぷの運賃（現金での運賃）」のみ記載される[注 6][注 7]。
ICカード利用時の割引

IC運賃を設定していないが、ICカード利用時に引き去る額を通常の運賃より一定の割合で割り引いている事業者がある。例としては広島都市圏各社のPASPY[17]、富山地方鉄道のecomyca[18]、富山ライトレールのpassca[19]、伊予鉄道のICい?カード[20]などがある。PASMOエリアでは東急バスの新横溝口線では現金支払い時より50円引きとなる[21]。また、茨城交通が独自に導入しているいばっピでは、ICカード利用時の割引運賃を1円単位としている（初乗り170円の場合、利用者割引10%が適用され153円となる）[22]。
ロンドン地下鉄

ロンドン地下鉄ではICカード利用促進と混雑解消のため、ICカード利用時の運賃の引き落し限度額が設定されており、ピーク時間帯を含まない時間帯に地下鉄を利用した場合にはその上限額が低く抑えられている[23]。
運賃計算における特例

通常の運賃計算のルールを適用すると利用実態にそぐわない場合などに、以下のような特例を設けて対処されることがある。
通過連絡運賃

他社線を挟んで2区間に分割された1社の路線を利用する場合に、その2区間のキロ数を通して計算すること。2区間に分割されることによって運賃が急増することを抑えるものである。詳細は連絡運輸#通過連絡運輸を参照。
分岐駅通過の特例

運賃計算の特例ではなく、乗車券の効力の特例であるが、分岐駅を通過する列車に乗車して分岐する他線区に乗り換えをするとき、途中下車しないことを条件に、最寄りの停車駅と分岐駅間の区間外乗車を認める制度のこと。乗り継ぐ前の列車か乗り継いだ後の列車の少なくとも一方がその分岐駅に停車せず通過することが条件である。詳細は区間外乗車#分岐駅通過列車に対する区間外乗車の取扱いの特例を参照。
特定の分岐区間に対する区間外乗車

分岐駅を経由する列車に乗車して分岐する他線区に乗り換えをするとき、途中下車しないことを条件に、その近傍の指定した駅と分岐駅の間の区間外乗車を認める制度のことである。上記の「分岐駅通過の特例」と異なり、乗り継ぐ前の列車と乗り継いだ後の列車のどちらも分岐駅に停車する場合であっても適用される。詳細は区間外乗車#特定の分岐区間に対する区間外乗車を参照。
特定の列車による折り返し区間外乗車

特急列車など、途中で折り返して一部の区間を重複して運行する列車に乗車する場合、途中下車しないことを条件に、その重複する区間のキロ数を含めないで運賃・料金を計算する制度のことである。詳細は区間外乗車#特定列車による折返し区間外乗車の取扱いの特例を参照。
経路特定区間「経路特定区間」も参照

ある区間に対して複数の経路が存在する場合、旅客営業規則等に定められた区間についてはいずれの経路を通る場合でも短い方の経路によって計算を行うもの。乗客はいずれの経路を通ってもよく、途中下車の条件を満たす乗車券の場合はいずれの経路途上でも途中下車が可能。詳細は該当項目を参照。似た制度として、列車を限って短い経路で計算する列車特定区間、複数のルートのどちらかで計算された乗車券で別のルートを経由できる選択乗車がある。
磁気式プリペイドカード利用時の運賃計算

改札口を通過可能な磁気式プリペイドカード導入各社（関西のスルッとKANSAI、関東のパスネットなど）ではカードで入場した場合には途中で改札口を通過しない限り、もっとも安い経路の運賃が適用される。
加算運賃

加算運賃（かさんうんちん）とは、鉄道会社が特に定めた区間に対して特定額だけ加算される運賃である。

このような区間が設定される理由として、路線建設時の減価償却及び維持に莫大な費用がかかるというものがある。また大規模改良工事に際して完成後に便宜を受ける利用者から運賃を前取りする、「特定都市鉄道整備促進特別措置法」（昭和61年法律42号、通称「特々法」）に定める特定都市鉄道整備積立金制度にもとづく加算制度（現在、この制度による加算適用区間はない）、鉄道駅のバリアフリー化（エレベーター・ホームドアなどの整備・更新）に使途を限定して、運賃に上乗せする「鉄道駅バリアフリー料金制度」（軌道法施行規則第21条第2項第4号及び鉄道事業法施行規則第34条第1項第4号）にもとづく加算制度もある。
加算運賃の設定例

カッコ内は記載の全区間を通しで利用した場合の加算運賃（大人運賃）。

*印は、利用区間によっては加算運賃の減額等の措置があるもの。

#印は、加算運賃が対キロで設定されている区間・会社（他は乗車区間に対して設定）。

北海道旅客鉄道（JR北海道）
千歳線（支線）：新千歳空港駅 - 南千歳駅（20円）[注 8]
西日本旅客鉄道（JR西日本）
関西空港線：全線（220円*）
四国旅客鉄道（JR四国）
本四備讃線（瀬戸大橋線）：児島駅 - 宇多津駅（110円）
九州旅客鉄道（JR九州）
宮崎空港線：全線（130円）
京成電鉄
本線：京成成田駅 - 成田空港駅（140円*）東成田線：全線（70円）
東急電鉄
東急新横浜線：新綱島駅 - 新横浜駅（70円）
京浜急行電鉄
空港線：天空橋駅 - 羽田空港第1・第2ターミナル駅（50円*）
相模鉄道
いずみ野線：全線二俣川駅 - いずみ中央駅（40円#）いずみ中央駅 - 湘南台駅（30円）相鉄新横浜線：全線西谷駅 - 羽沢横浜国大駅（30円）羽沢横浜国大駅 - 新横浜駅（40円）
名古屋鉄道
豊田線：全線（60円#）空港線：全線（80円）知多新線：全線（70円#）羽島線：全線（30円）