刺客のうちの一人、仮面のデュエリスト・ダークネスは明日香が探していた行方不明の兄、天上院吹雪だった。十代に敗れたことでダークネスの力から解放された吹雪は正気を取り戻し、アカデミアに復学する。吸血鬼カミーラとのデュエルでは、これまで十代を敵視し生徒に辛くあたっていたクロノスが生徒のために自ら危険なデュエルを買って出て、命がけで生徒にデュエルの理を説いた。これ以降、クロノスの態度は軟化していき、生徒たちの良き理解者としての側面を覗かせるようになっていく。

セブンスターズの最後の一人として錬金術師のアムナエルが十代に立ちはだかる。アムナエルの正体は、オシリスレッドの寮長の大徳寺であり、彼は黒幕を倒すための後継者を育成するために学園で活動をしていた。十代との戦いに敗れた大徳寺は、自らが研究を費やした錬金術の秘伝書「エメラルド・タブレット」を十代に託し、消滅する。彼の魂はレッド寮に住む猫ファラオに飲み込まれたために、天に召されず、この後も十代の協力者として力を貸すことになる。

セブンスターズが全滅した後、セブンスターズを裏で操っていた学園の理事長・影丸が本性を現す。影丸は三幻魔のカードを使用して、デュエルモンスターズの精霊から力を吸い上げ、若返った。十代は世界を征服せんとする影丸と戦う。影丸の操る三幻魔に苦戦を強いられるが、大徳寺の残した秘伝書から生まれたカード「サバティエル」の力を借りて勝利する。三幻魔は校長の鮫島の手によって、二度と悪用されないように再び封印された。
2期目（光の結社編）

第53話 - 第104話。

一年が経ち、在校生は進級し、3年生だった丸藤亮は卒業するが、吹雪は留年した。十代のルームメイトの前田隼人はカードデザイナーになるため学園を離れた。新入生として後に十代の舎弟となるティラノ剣山が入学。編入生としてプロデュエリストのエド・フェニックス、そのマネージャーの斎王琢磨が入学する。

新入生のエドとのデュエルに勝利した十代だったが、エドが使ったデッキは売店で無造作に購入した寄せ集めのデッキだったことが分かり驚愕する[4]。エドはすでにプロとして活躍している実力者であり、同じくプロとして活動していた亮を十代と同じ「E-HERO」デッキを用いて打ち破る。エドと十代は、どちらが真のHERO使いかを決めるべく対決するが、エドの本来のデッキである「D-HERO」により、十代は敗北してしまう。十代はそのショックから、カードが真っ白にしか見えなくなり、決闘ができなくなってしまう。その後しばらくして、学園にエドのマネージャーの斎王が入学する。「運命を見通す」と言う言葉の通りに、超常的な力を操る斎王はデュエルに負けた生徒を自らを盲信する「白の結社」の信徒に変え、信徒を増やして学園内で権力を握っていく。

一方、放浪していた十代は亜空間にさまよい、宇宙の戦士ネオスペーシアンと出会い、彼らから「正しき闇の力を持つ者」と見込まれる。十代はネオスペーシアンと敵対する宇宙人をデュエルで破り、この時に手に入れた「E-HERO ネオス」のカードを新たなエースモンスターとしてデッキの中核に据える。ネオスとネオスペーシアンは十代が子供のころにデザインしたカードであり、海馬コーポレーションの手によって宇宙に打ち上げられ、宇宙の闇の波動を吸収して進化したモンスター達であった。立ち直った十代は学園に戻り、エドと再戦して勝利する。

エドに敗れた亮は、その後も連敗を続け完全に落ちぶれていた。非正規の地下デュエルによって精神を追い詰められた亮は、対戦相手やデュエルそのものをリスペクトする心を失い、ただ勝利のみをリスペクトするヘルカイザーとなってしまう。

学園は斎王の破滅の光が放つ白き波動に浸食されていき、オベリスクブルー校舎は「光の結社」と化した。万丈目、明日香、三沢などがその軍門に下るが、剣山だけはその力にあらがった。アカデミアは修学旅行をすることになり、伝説のデュエリストの出身地である童実野町を訪れた。そこでは斎王の妹の美寿知と、彼女の配下の四帝と戦った。バーチャル空間で行われた美寿知との戦いで、十代はエドとタッグを組み美寿知を倒した。美寿知は、占い師から怪しいカードを受け取って豹変した兄の琢磨を元に戻すための協力者を探しており、十代とエドを信頼に足る人物と認めた。

校長の鮫島は、世界中のプロデュエリストをも招致したデュエル大会「ジェネックス」を開催した。ジェネックスには亮も参加し、旧友の吹雪や弟の翔を容赦なく倒すが、充足感を得られず途中で大会を棄権する。一方、十代は洗脳されていた万丈目達を倒し、彼らを正気に戻した。三沢は十代とデュエルしていたツバインシュタイン博士の理論に深い感銘を受け、自力で洗脳を破って博士の助手になった。

斎王はミズガルズ王国のオージーン王子を倒し、彼を手下に加えると、ミズガルズ王国の所有するレーザー衛生「ソーラ」を使って穢れた世界を浄化しようと企む。斎王には、光の波動を受けて世界を破滅させようとする「破滅の光」の意思と、本来の優しい彼自身の人格が同居しており、二重人格のようになっていた。束の間、元の優しい自分を取り戻した斎王はソーラの鍵を十代とエドに託し、破滅の光の計画を阻止するよう頼んだ。

ジェネックスを開催した鮫島の真の目的は究極のDのカードを探すことにあった。エドは自らの後見人である世界チャンピオンのDDが、父親の命と究極のDのカードを奪い取ったことを知り、DDを倒し究極のD「Bloo-D」を手にする。エドはBloo-Dに囚われていた父の魂から、自分の運命を狂わせた究極のD-HEROの正体が「破滅の光」であり、それが親友である斎王に巣食っている事を告げられる。エドは、破滅の光（斎王）に敗北してしまうが、彼の意思は十代へ引き継がれ、「ネオス」達の力によって破滅の光は消滅した。ソーラの鍵は斎王に奪われたが、ネオス、剣山、美寿知らによって、レーザーが発射される前にソーラは破壊された。ジェネックス大会は着実に勝利を重ねていった万丈目が優勝した。大会の最後には、かつて十代と戦ったことのある早乙女レイの姿もあった。彼女はまだ小学生であったが、大会で準優勝を収めたことにより高等部への編入が認められることになった。
3期目（異次元世界編）

第105話 - 第156話。

十代は進級し3年生となった。特待生としてデュエル・アカデミアの他校のチャンピオンである、アモン・ガラム、オースチン・オブライエン、ジム・クロコダイル・クック、ヨハン・アンデルセンらが編入した。新入生として早乙女レイ、加納マルタンが入学した。

ジェネックス終了後、鮫島は生徒たちの更なる向上を目指して、デュエル・アカデミア・ウエスト校からプロフェッサー・コブラ教師を特別教師として招いた。十代は、自分と同じく精霊が見えるヨハン・アンデルセンと出会い友人となる。

コブラの方針により「デスクロージャーデュエル」、通称「デスデュエル」が学園で行われるようになる。デスデュエルとは、生徒に「デスベルト」と呼ばれる機器を装着させることで心の動きを測定し、1年間を戦い抜く実戦専従のプログラムであった。しかし、デュエルを行った者はデスベルトによってデュエルエナジーを吸い上げられ、衰弱するという危険性が明るみに出る。どうやってもデスベルトは外れなかったため、十代達はコブラを捜索する。かつて精霊の研究を行っていたSAL研究所にてコブラと対峙した十代は、壮絶なデュエルの末にコブラを倒した。コブラは亡くなった息子を蘇らせるためにユベルというカードの精霊と取引をしていたが、最後にはユベルに見捨てられてしまう。ユベルは腕だけでしか活動できないほど弱っており、デスデュエルで集めたエナジーを吸収して力を蓄えていた。

ユベルは十代達をデュエル・アカデミアごとデュエルモンスターが実体化する異世界へと転移させれた。人知れずユベルに接触していたアモンは、コブラに代わる新たな宿主になることを望むが、ユベルはラー・イエロー1年のマルタンに取り憑いた。彼はナポレオン教諭の息子であり、両親が離婚したことで孤独感を感じていたため、ユベルに付け込まれてしまった。異世界には量子力学の実験によって転移してしまった三沢の姿もあった。

操られたマルタンは学園の生徒をデュエルゾンビに変貌させ、混乱に乗じて三幻魔のカードを手に入れた。一方、元の世界から通信を送るツバインシュタイン博士とペガサスから、学園を元に戻すためには強力なデュエルエナジーが必要であり、そのために「レインボードラゴン」のカードが必要だと告げられる。亮とヨハンのデュエルによって蓄えられたエナジーによって、「レインボードラゴン」は転送されヨハンの切り札となる。

十代はマルタンと決着を付けるため、デュエルを開始する。デュエルの途中からヨハンも加わり十代に助太刀した。真の姿を現したユベルは三幻魔の融合体「混沌幻魔 アーミタイル」を召喚し、十代を攻撃する。そのとき、ヨハンは十代に後を託し「レインボードラゴン」と相殺させ、十代たちを異世界から元の世界へ帰還させた。

ゾンビ達も正気に戻り、無事学園に戻ってきた十代たちだが、ヨハンはユベルと共に消え戻ってくることはなかった。そしてアモンも戻っていなかった。十代は全ての元凶であるユベルがかつての自分のカードだったことを知り、自分の責任だと思い詰めるが、仲間たちに励まされ、ヨハンを助けるために再び異世界へと向かった。その場に居合わせた亮、エド、クロノス、アモンの同僚のエコーもそれぞれの思惑を秘め異世界へ飛んだ。