この情勢を受けて、司法省直轄の捜査機関の創設が決定され、まず1908年7月26日、シークレットサービスの現役捜査官9名・元捜査官14名の移籍を受けて、スタンレイ・フィンチの指揮下に捜査局（Bureau of Investigation, BOI）が設置された。その後、第一次世界大戦を経て順次に権限が拡張され、実績が挙がった一方、捜査官の質が不揃いであり、劣悪な捜査官による弊害も顕在化した。このことから、1924年に29歳の若さで捜査局長に就任したジョン・エドガー・フーヴァーにより綱紀粛正が徹底された。そして1935年、現在の連邦捜査局（Federal Bureau of Investigation, FBI）に改称された[6]。
組織組織図
内部部局
「長官」 (Director) 及び「副長官」 (Deputy Director) のもとに、下記の6つの部（branch）が設置されている。このうち、情報部、国家保安部、刑事・サイバー対策部、科学技術部は長官・副長官の直率下にあるが、情報技術部と人事部は「副長官補」（Associate Deputy Director）を介して指揮されている[7]。

情報部 (Intelligence Branch) 

国家保安部 (National Security Branch) 

刑事・サイバー対策部 (Criminal, Cyber, Response, and Services Branch) 

科学技術部 (Science and Technology Branch) 

情報技術部 (Information and Technology Branch) 

人事部 (Human Resources Branch) 
それぞれの部は次官補（Executive Assistant Director）によって指揮されている[7]。
地方支分部局
56ヶ所の地方局（field office）が配されており、それぞれが局長（Special Agent in Charge）によって指揮されている[8]。
指揮系統
捜査局長 (Chief of BOI) (1908-1935)


スタンレー・フィンチ (Stanley Finch) : 1908年 - 1912年

アレキサンダー・ブルース・ビエラスキ（1912年 - 1919年）

局長代行: ウィリアム・E・アレン（1919年）


ウィリアム・J・フリン（1919年 - 1921年）

ウィリアム・J・バーンズ（1921年 - 1924年）

ジョン・エドガー・フーヴァー（1924年 - 1935年）

連邦捜査局長官（Director of FBI） （1936-現在）


ジョン・エドガー・フーヴァー（1936年 - 1972年）

長官代行：クライド・トルソン （1972年5月2日 - 3日）

長官代行：L・パトリック・グレイ3世（1972年 - 1973年）

長官代行：ウィリアム・D・ラッケルズハウス（1973年）


クラレンス・M・ケリー（1973年 - 1978年）

長官代行：ジェームス・B・アダムス（1978年）


ウィリアム・ウェブスター（1978年 - 1987年）

長官代行：ジョン・オット?（1987年）


ウィリアム・セッションズ（1987年 - 1993年）

長官代行：フロイド・I・クラーク（1993年）


ルイス・J・フリー（1993年 - 2001年）

長官代行：トーマス・J・ピカード（2001年）


ロバート・S・モラー 3世（2001年 - 2013年）

ジェームズ・コミー（2013年 - 2017年）

長官代行：アンドリュー・G・マッケイブ（2017年）


クリストファー・レイ（2017年-現在）

FBIアカデミー詳細は「FBIアカデミー」を参照

FBIアカデミー（FBI Academy）は、米国バージニア州クアンティコ（英語版）に位置するFBI所管の法執行機関研修施設（Law enforcement training facilities）[9]。1935年にPolice Training Schoolとして設立され（これは現在のNational Academy（英語版）プログラムである）[10]、現在の組織はそれを拡張的に改組して1972年に設立された[10]。