極東委員会の下に位置し、最高責任者は連合国軍最高司令官（連合国最高司令官とも、英語: Supreme Commander of the Allied Powers、SCAP、スキャップ）。日本では、総司令部（英語: General Headquarters）の頭字語であるGHQ（ジーエイチキュー）や進駐軍（しんちゅうぐん）という通称が用いられた。
名目上あくまで「占領支配」ではなく「ポツダム宣言の執行」が本来の役目であるものの、実質上はアメリカ合衆国単独の日本国占領機関であり、結果として1952年（昭和27年）4月28日に日本国との平和条約が発効されるまで連合国軍占領下の日本は外交関係を一切遮断され、日本と外国との間の人・物資・資本等の移動はSCAPの許可によってのみ行われた[3]。降伏文書に基づき、天皇並びに日本国政府の統治権は最高司令官の支配下におかれた[4]。
占領に要する費用（経費）は日本政府にのしかかり、敗戦国家の国家予算を圧迫した。 この節は検証可能な参考文献や出典が全く示されていないか、不十分です。出典を追加して記事の信頼性向上にご協力ください。（このテンプレートの使い方）
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出典検索?: "連合国軍最高司令官総司令部"
1945年（昭和20年）8月14日に日本政府（鈴木貫太郎内閣）が受諾通告したポツダム宣言では、日本を占領する組織はoccupying forces of the Allies（「聯合国ノ占領軍」、ポツダム宣言12条）と表現されている。同年9月2日に締結された降伏文書の中では、日本政府はSupreme Commander for the Allied Powers（「聯合国最高司令官」）の指示に従うこととされ、同時に出された降伏文書調印に関する詔書も「聯合国最高司令官」の指示に従うべきことを表明している。この後も日本の法令では「聯合国最高司令官」（連合国最高司令官）と表記されることが多い。連合国最高司令官の下に属する組織は英語表記によればGeneral Headquarters, the Supreme Commander for the Allied Powers（GHQ／SCAP）で「連合国最高司令官総司令部」「連合国総司令部」と日本語訳され、日本では多くの場合に略称のGHQ（ジー・エイチ・キュー）と呼称[注釈 1]している。
他方で「軍」を補って、「連合国軍最高司令官」や「連合国軍最高司令官総司令部」または「連合国軍総司令部」のように呼ばれることも多い[注釈 2]。
概要駐日アメリカ合衆国大使館の米陸軍マッカーサー最高司令官（左）を訪問した昭和天皇（右）、1945年（昭和20年）9月27日撮影[注釈 3]広島県呉市内を行進する英領インド陸軍の王立第5グルカ銃連隊（1946年）
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出典検索?: "連合国軍最高司令官総司令部" ? ニュース ・ 書籍 ・ スカラー ・ CiNii ・ J-STAGE ・ NDL ・ dlib.jp ・ ジャパンサーチ ・ TWL（2023年10月）
連合国軍最高司令官総司令部は、第二次世界大戦における日本の有条件降伏である「ポツダム宣言」の執行のため日本に設置された連合国による機関である。
ハリー・S・トルーマン大統領は1945年（昭和20年）8月14日（アメリカ大西洋時間）、南西太平洋戦域（英語版）最高司令官兼太平洋陸軍最高司令官[注釈 4] ダグラス・マッカーサー元帥を連合国軍最高司令官（SCAP）に任命した。
職員はコートニー・ホイットニーら弁護士資格を持つアメリカ合衆国軍人や、イギリス軍人、オーストラリア軍人、アメリカやイギリスの民間人ら多数で構成され、同年10月2日に総司令部が東京都に設置された。
