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出典検索?: "連合国軍最高司令官総司令部" ? ニュース ・ 書籍 ・ スカラー ・ CiNii ・ J-STAGE ・ NDL ・ dlib.jp ・ ジャパンサーチ ・ TWL（2023年10月）
当初は現在の横浜税関に置かれたが、後に皇居と東京駅に挟まれた丸の内地区一帯のオフィスビルはその多くが駐留する連合国軍によって接収され、このうち総司令部本部は第一生命館に置かれた。マッカーサー用の机は石坂泰三のものをそのまま使用した。
第一生命保険側は占領下では第一生命館の接収が免れ得ない事を承知しており、当時では最新のオフィスビルであった当館を司令部として使う優位性を説明し採用されたものである。これは、司令部として使われるのであれば丁寧に使用され将来の接収解除後は問題なく使用できるであろうことを期待した措置であり、結果としてその目論見は奏功した。なお当館地下の保険証券倉庫部分は、その重要性が理解され接収の対象外であった。
1989年から1995年にかけて、第一生命館は順次DNタワー21として再開発が行われ、建物の一部外装と6階にあったマッカーサー記念室以外は現在失われている。 この節は検証可能な参考文献や出典が全く示されていないか、不十分です。出典を追加して記事の信頼性向上にご協力ください。（このテンプレートの使い方）
機構
出典検索?: "連合国軍最高司令官総司令部"
連合国軍最高司令官総司令部（GHQ／SCAP）はポツダム宣言を執行するために日本の占領政策を実施した機関である。GHQ／SCAPに先立ち、主に軍事部門は横浜税関の建物を接収して設置した太平洋陸軍総司令部（GHQ／AFPAC）が担当していたが、GHQ／SCAPとGHQ／AFPACは完全に分離された組織ではなく両者は同じ上部機構にあり、GHQ／SCAPが東京に本部を設置後にGHQ／AFPAC本部も東京へ移転している。
連合国軍最高司令官総司令部は連合国最高司令官（太平洋陸軍司令官兼務）を長とし、その下に参謀長が置かれ、その下に参謀部と幕僚部（特別参謀部または専門部とも）が置かれていた。参謀長と参謀部はGHQとAFPACの両系統に属していたが、幕僚部についてはGHQ／SCAPとGHQ／AFPACにそれぞれ副参謀長が置かれ、その下にGHQ／SCAPの幕僚部とGHQ／AFPACの幕僚部がそれぞれ独立して置かれていた。
参謀部（General Staff Section）
参謀第1部（G1 人事担当）
参謀第2部（G2 情報担当） - 管下に民間検閲支隊（CCD）が置かれ、プレスコードの実施を担当した。
参謀第3部（G3 作戦担当）
参謀第4部（G4 後方担当）
諜報、保安、検閲を任務とする第2部（G2）の権限が強く、占領中の不明解事件はG2配下でキャノン機関と俗称される特務機関の関与を疑義する一部の者もいる。 総司令部の最大の目標は連合国にとって脅威となる日本の軍事力解体で、日本を中立・非武装化して中華民国をアジアの中心となし[注釈 6]、軍国主義を廃して親英米的な国家へ創り変えることであり、マッカーサーは『上からの革命』と称し「当初は日本を工業国から農業小国に転換し、アメリカの市場とするつもりだった」と後年に語っている[要出典][10]。初期はGHQで広く権限を有す民政局が策定して実施され、冷戦兆候以後は参謀第2部の主導でレッドパージなどを実施している。 この節は検証可能な参考文献や出典が全く示されていないか、不十分です。出典を追加して記事の信頼性向上にご協力ください。（このテンプレートの使い方）
幕僚部／特別参謀部／専門部（Special Staff Section）
法務局（LS）
公衆衛生福祉局（PHW）
民政局（GS：Government Section 政治行政）
民間諜報局（CIS：Civil Intelligence Section）
天然資源局（NRS：Natural Resources Section 農地改革など）
経済科学局（ESS：Economic & Scientific Section 財閥解体など）
民間情報教育局（CIE：Civil Information & Educational Section 教育改革など）
統計資料局（SRS）
民間通信局（CCS：Civil Communication Section）
1946年1月段階で11部局、後に14部局へ拡大している。GHQ／AFPAC側の幕僚部に、法務部（JA）、監察部（IGS）、医務部（MS）、防空部（AAS）、通信部（SS）、兵器部（OS）、広報部（PRS）など各部が置かれていた。「非軍事化・民主化」政策で主導権を発揮したGSはルーズベルト政権下でニューディール政策に携わった者が多数配属されて日本の機構改造に活動した。GSとG2は日本の運営を巡って対立し、GSは片山と芦田両内閣を、G2は吉田内閣をそれぞれ支持して政権交代や昭和電工事件に影響し、逆コース以後は国務省の意向も踏まえG2が勢力を広めている。
政策
戦争犯罪人の逮捕
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連合国軍は占領直後から戦争指導者の検挙を始めて東條英機元首相を含む数十名を逮捕し、A級戦犯として極東国際軍事法廷の判決で東條以下7名を死刑、その他多数を禁錮刑や終身刑に処している。本裁判は戦時の国際法抵触者ではなく戦争に携わった士官以上が裁かれ、日本は平和条約でこれを受諾している。 この節は検証可能な参考文献や出典が全く示されていないか、不十分です。出典を追加して記事の信頼性向上にご協力ください。（このテンプレートの使い方）
公職追放
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戦争や大政翼賛会に関与したと見做された者は、政府機関など特定の職に就くことを禁止され、軍人や戦時中に軍へ協力的と認定された政治家、思想家などの三親等内親族と血縁者も同職へ就職が禁止されるなど公職追放が行われた。政治家や思想家、旧軍人にとどまらず、中央官僚から地方の教職員まで失職し、影響は25万人とする説もあり、この公職追放直後の期間では日本の中央政府と地方自治体は事実上機能を停止した。戦中まで戦意高揚映画を製作した東宝など映画界も影響を受けている。しかし、後に首相となる吉田茂や鳩山一郎の軋轢をはじめ、追放が日本人同士の権力争いに利用された面もある。