だが、こうして国からの要請に応える形で発足した近畿日本鉄道である[6]が、その天王寺営業局は元大阪鉄道の社員、難波営業局は元南海鉄道の社員をそのまま引き継いだような形となった[注釈 2] ため、いかにも無理矢理まとめたという印象が当初から強く、特に南海は大軌・関急との資本上・沿革上の接点がほとんどなかったのを、強引に戦時体制の名でつないだようなものであり、戦後の労働運動の高まりとともに、難波営業局では分離運動が盛り上がった。一般の利用客の間でさえ、旧南海鉄道の路線については近畿日本鉄道に併合されていた時期でも従来通り「南海」「南海電車」と呼び続けていた。なお大鉄は、昭和初期には既に大軌の傘下となっていて、大軌の路線との直通運転も行っていた。
そのため、会社発足4年目の1947年（昭和22年）に難波・天王寺営業局管轄の旧・南海鉄道の路線を、旧・南海の系列会社で現在の南海高野線高野下駅 - 極楽橋駅間と鋼索線極楽橋駅 - 高野山駅間を運営していた高野山電気鉄道が改称した南海電気鉄道へ譲渡し、関西急行鉄道時代の路線網に復することになった。
その後、奈良電気鉄道（奈良電）や信貴生駒電鉄、三重交通の鉄道線を承継した三重電気鉄道（三重電）などの合併により[注釈 3]、1965年（昭和40年）には現在の路線網がほぼ完成した。
第二次世界大戦の終戦3年目に当たる1947年（昭和22年）10月には、早くも上本町駅 - 近鉄名古屋駅間に有料特急の運転を開始している。これは日本における有料特急列車の戦後初の復活であり、現在の近鉄特急の元となった。翌1948年（昭和23年）には特急の山田線直通運転を再開し、1958年（昭和33年）には2階建て車両を連結した10000系「ビスタカー」が登場した。
元伊勢電気鉄道・関西急行電鉄の路線により成立した名古屋線は軌間1,067mmの狭軌であり、近畿日本鉄道の主流となる元大阪電気軌道・参宮急行電鉄によって建設された大阪線・山田線などといった路線群は軌間1,435mmの標準軌であって線路幅が異なっていたため、名阪間の直通客は途中の伊勢中川駅で乗り換えを強いられていた。この問題については、第2次世界大戦後に名古屋線の改軌が計画され、橋梁架け替えに伴う線路移設などと併せて準備工事が徐々に進められていたが、1959年（昭和34年）9月の伊勢湾台風による被災を機に、当時の社長であった佐伯勇の判断で改軌工事が復旧工事と同時進行で当初の計画を前倒しして実施されることになった[注釈 4]。この復旧・改軌工事は、最も手間の掛かる枕木の交換作業などの準備が前もってかなりの規模で進められていて、かつ架け替え工事中であった揖斐川・長良川・木曽川の各新橋梁が台風で致命的な被害を受けずに済んだという幸運も手伝って、被災からわずか2か月後の同年11月27日に名古屋線および神戸線（現在の鈴鹿線）の工事が完了し、さらに同年12月には新造の10100系ビスタカー2世による名阪間直通特急の運転が開始された。
1970年（昭和45年）に大阪の千里丘陵で日本万国博覧会（大阪万博）が開催されることになり、万博来場者を奈良や伊勢志摩など沿線観光地へ誘致する計画を立て、孤立路線だった志摩線の改良と鳥羽線建設による直通化に取り組み、同年3月に完成させた[注釈 5]。さらに同月には、難波線も完成し、1947年（昭和22年）6月1日の南海分離以来となる悲願の難波乗り入れを自力で果たした。
特急列車網も整備され、1988年（昭和63年）には「アーバンライナー」、1990年（平成2年）には「さくらライナー」、1994年（平成6年）「伊勢志摩ライナー」、2013年（平成25年）「しまかぜ」、2020年には「ひのとり」などといった、特色・個性あふれる車両を登場させている（その他の車両の登場年は年表参照）。
2009年（平成21年）3月20日には大阪難波駅まで延伸開業した阪神なんば線との相互直通運転により、奈良方面から西宮・神戸方面への乗り入れを開始した（当該路線の記事および「他社線との直通運転」の節も参照）。
2010年（平成22年）9月16日に、創業100周年を迎えた。また、2014年（平成26年）4月30日に最初の営業区間である上本町 - 奈良間の開業から100周年を迎えた。
2015年（平成27年）4月1日に、これまでの（旧）近畿日本鉄道を近鉄グループホールディングスに社名変更した上で、会社分割により鉄軌道事業を近畿日本鉄道分割準備（2014年4月20日設立）に、不動産事業を近鉄不動産に、ホテル・旅館事業を近鉄ホテルシステムズ、流通事業を近鉄リテールサービスにそれぞれ継承させ、持株会社制に移行した[7][8]。鉄軌道事業を継承した近畿日本鉄道分割準備は（新）近畿日本鉄道に社名変更し[7]、近鉄グループホールディングス傘下の事業会社となった。 本表では現在の近畿日本鉄道の母体会社である大阪電気軌道の創業より記述する。阪堺鉄道（南海鉄道）・河陽鉄道（大阪鉄道）などの創業についてはそれぞれの記事を参照のこと。 また、特急列車の歴史は「近鉄特急史」を、第二次世界大戦後のダイヤの変遷は「近畿日本鉄道のダイヤ変更」を、各路線の歴史は各路線ごとの項目を参照のこと。公式サイトの「 ⇒近鉄ストーリー」も参照のこと。
年表
大阪電気軌道・関西急行鉄道