輸入先としては、細菌性赤痢や腸チフスはインドやスリランカの南アジア、コレラやデング熱はフィリピン、タイ、インドネシアなどの東南アジア諸国、マラリアはアフリカ諸国が多い。
広義の輸入感染症

結核[注釈 11]や風疹、ノロウイルス感染症、サルモネラ感染症、カンピロバクター感染症、C型肝炎、各種性感染症（エイズ、B型肝炎、梅毒、アメーバ赤痢など）、エキノコックス症などは日本国内でも多くの感染者が報告されているが、世界からの帰国者が日本に持ち込む例も多いため、広義ではこれらも輸入感染症とする場合がある。
今後、輸入が懸念される感染症

今後、日本国内への輸入が懸念される感染症として、以下のものが挙げられる。
中東呼吸器症候群 (MERS)[注釈 11][注釈 3]
新型コロナウイルスであるMERSコロナウイルスによる感染症で、感染力と致死率が高い。サウジアラビアなどの中東地域で流行している他、2015年には韓国で多数の死者が出た。2002年には、MERSコロナウイルスに類似したSARSコロナウイルスによる重症急性呼吸器症候群 (SARS) が[注釈 11]中華人民共和国で発生し世界中に拡大、東南アジアとカナダで多数の死者を出した。2019年より、SARSコロナウイルス2によるCOVID-19が発見されている。このウイルスは中華人民共和国湖北省武漢市における新型肺炎の流行の原因ウイルスである。その後、ヨーロッパやアメリカ合衆国を含めた世界中にパンデミックが拡大し、日本でも多数の感染者を出している。2020年2月より、日本の感染症法において、この新型コロナウイルスによる感染症は[注釈 3]第二類感染症（MERSやSARSと同じカテゴリ）相当の指定感染症として扱われた。「日本における2019年コロナウイルス感染症の流行状況」も参照
鳥インフルエンザ[注釈 11][注釈 3]
ニワトリからヒトへの感染例が中国や東南アジアなどで報告されている。ウイルスがヒトからヒトへ伝染するタイプに変異した場合、日本に侵入する危険性がある。
急性灰白髄炎（ポリオ）[注釈 11]